autoprokka.py這個Python腳本可以方便地批量地使用prokka去進行注釋，自動按照輸入文件名去命名輸出文件，并且每個樣本單獨一個...
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autoprokka:使用prokka批量注釋
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【動植物研究動態(tài)】20220815文獻(xiàn)解讀
Hortic Res | 武漢大學(xué)李家儒：盾葉薯蕷高質(zhì)量基因組解析與薯蕷皂苷生物合成進化[https://mp.weixin.qq.com/s/...
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對生成的bin進行合并、注釋、評估
四個環(huán)境gtdbtk、pangenome、minigraph、drep、metawrap-env gtdbtk可以對所有bin進行注釋，可以看...
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人類泛基因組草圖發(fā)布近日，人類泛基因組參考聯(lián)盟（HPRC）在《Nature》雜志上發(fā)表了《人類泛基因組草圖》。相較于我們常用的GRCh37、GRh38 等線性參考基...
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比較基因組學(xué)在細(xì)菌基因組中的應(yīng)用
更多案例分享： 基因組測序在細(xì)菌基因組中的應(yīng)用[https://link.zhihu.com/?target=https%3A//mp.weix...
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利用泛基因組挖掘目標(biāo)細(xì)菌的靶標(biāo)基因-Roary,gbksplit和TBtools準(zhǔn)備 1.基因組序列下載與注釋，使用prokka進行注釋，獲得gff文件。參考我前一篇：autoprokka:使用prokka批量注釋 - 簡書...
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“人類泛基因組項目”-將人類的遺傳變異一網(wǎng)打盡！（轉(zhuǎn)）
研究人員正在創(chuàng)建一個體現(xiàn)全人類基因變化的人類“泛基因組”，然而不是每個人都想?yún)⑴c。 幾年前，美國華盛頓大學(xué)的遺傳學(xué)家Evan Eichler徹底...
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文獻(xiàn)導(dǎo)讀：小立碗蘚三維發(fā)育的細(xì)胞特異性轉(zhuǎn)錄組分析在上一篇導(dǎo)讀中提到，目前在做小立碗蘚的單細(xì)胞測序，相關(guān)的maker gene已經(jīng)能發(fā)掘到很多，還缺少轉(zhuǎn)型期相關(guān)的maker gene，看到了20...
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國家基因組科學(xué)數(shù)據(jù)中心（NGDC）---組學(xué)原始數(shù)據(jù)如何上傳GSA前言 在發(fā)表文章之前我們需要將測序的原始數(shù)據(jù)上傳到一個公共庫，并在文中提供accession number，實現(xiàn)數(shù)據(jù)的公開共享，這是國際慣例。以...
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公共數(shù)據(jù)庫+泛癌分析，全基因組DNA甲基化相關(guān)也能輕松6分+Genome-wide DNA methylation profiling and identification of potential pa...
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