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16.1 前言 單細(xì)胞RNA-seq為了解不同條件、組織類型、物種和個體之間細(xì)胞類型的變化提供了前所未有的信息。單細(xì)胞數(shù)據(jù)的差異基因表達(dá)分析幾乎...

15.1 前言 除了基因表達(dá)模式的變化之外，細(xì)胞組成（例如細(xì)胞類型的比例）也會在不同條件下發(fā)生變化。例如，特定藥物可以誘導(dǎo)細(xì)胞類型的轉(zhuǎn)分化，這將...

14.1 前言 本篇是細(xì)胞注釋章節(jié)的更詳細(xì)的延續(xù)，該章節(jié)已經(jīng)介紹了差異基因表達(dá)（DGE）作為用細(xì)胞類型注釋簇的工具。在這里，我們重點(diǎn)關(guān)注更復(fù)雜的...

12.1 前言 單細(xì)胞數(shù)據(jù)集允許以高分辨率研究生物過程，例如早期發(fā)育。例如，雖然分析的是單個細(xì)胞而不是整個組織，但細(xì)胞表型的變化無法隨著時間的推...

11.1 前言 單細(xì)胞測序分析提供生物組織的高分辨率測量。因此，此類技術(shù)可以幫助破譯和理解細(xì)胞異質(zhì)性和生物過程的動態(tài)。相應(yīng)的研究包括量化細(xì)胞命運(yùn)...

10.7 基于圖的整合模型Graph-based integration 我們要介紹的下一個方法是BBKNNBatch-Balanced k-N...

10. 數(shù)據(jù)整合 10.1 總論 大多數(shù)scRNA-seq數(shù)據(jù)分析的一個核心挑戰(zhàn)是批次效應(yīng)。批次效應(yīng)是測量的表達(dá)水平的變化，這是處理不同組或“批...

9.4 自動注釋 9.4.1 總論 這一篇討論的方法將是自動化的方法，而不是手動注釋數(shù)據(jù)。與上一篇展示的方法不同，這些方法中的每一種都可以使您以...

9. 細(xì)胞注釋Annotation 為了更好地理解數(shù)據(jù)并利用現(xiàn)有知識，弄清楚數(shù)據(jù)中每個細(xì)胞的“細(xì)胞身份”非常重要。根據(jù)已知（或有時未知）的細(xì)胞表...

8. 聚類Clustering 預(yù)處理和可視化使我們能夠描述我們的scRNA-seq數(shù)據(jù)集并降低其維度。到目前為止，我們嵌入并可視化了細(xì)胞以了解...