使用Spark讀取并分析二進制文件

需求

客戶希望通過spark來分析二進制文件中0和1的數量以及占比。如果要分析的是目錄,則針對目錄下的每個文件單獨進行分析。分析后的結果保存與被分析文件同名的日志文件中,內容包括0和1字符的數量與占比。

要求:如果值換算為二進制不足八位,則需要在左側填充0。

可以在linux下查看二進制文件的內容。命令:

xxd –b –c 1 filename

-c 1是顯示1列1個字符,-b是顯示二進制

Python版本

代碼

# This Python file uses the following encoding: utf-8

from __future__ import division
import os
import time
import sys
from pyspark import SparkConf, SparkContext

APP_NAME = "Load Bin Files"


def main(spark_context, path):
    file_paths = fetch_files(path)
    for file_path in file_paths:
        outputs = analysis_file_content(spark_context, path + "/" + file_path)
        print_outputs(outputs)
        save_outputs(file_path, outputs)


def fetch_files(path):
    if os.path.isfile(path):
        return [path]
    return os.listdir(path)


def analysis_file_content(spark_context, file_path):
    data = spark_context.binaryRecords(file_path, 1)
    records = data.flatMap(lambda d: list(bin(ord(d)).replace('0b', '').zfill(8)))
    mapped_with_key = records.map(lambda d: ('0', 1) if d == '0' else ('1', 1))
    result = mapped_with_key.reduceByKey(lambda x, y: x + y)

    total = result.map(lambda r: r[1]).sum()
    return result.map(lambda r: format_outputs(r, total)).collect()


def format_outputs(value_with_key, total):
    tu = (value_with_key[0], value_with_key[1], value_with_key[1] / total * 100)
    return "字符{0}的數量為{1}, 占比為{2:.2f}%".format(*tu)


def print_outputs(outputs):
    for output in outputs:
        print output


def save_outputs(file_path, outputs):
    result_dir = "result"
    if not os.path.exists(result_dir):
        os.mkdir(result_dir)

    output_file_name = "result/" + file_name_with_extension(file_path) + ".output"
    with open(output_file_name, "a") as result_file:
        for output in outputs:
            result_file.write(output + "\n")
        result_file.write("統計于{0}\n\n".format(format_logging_time()))


def format_logging_time():
    return time.strftime('%Y-%m-%d %H:%m:%s', time.localtime(time.time()))


def file_name_with_extension(path):
    last_index = path.rfind("/") + 1
    length = len(path)
    return path[last_index:length]


if __name__ == "__main__":
    conf = SparkConf().setMaster("local[*]")
    conf = conf.setAppName(APP_NAME)
    sc = SparkContext(conf=conf)

    if len(sys.argv) != 2:
        print("請輸入正確的文件或目錄路徑")
    else:
        main(sc, sys.argv[1])

核心邏輯都在analysis_file_content方法中。

運行

python是腳本文件,無需編譯。不過運行的前提是要安裝好pyspark。運行命令為:

./bin/spark-submit /Users/zhangyi/PycharmProjects/spark_binary_files_demo/parse_files_demo.py "files"

遇到的坑

開發環境的問題

要在spark下使用python,需要事先使用pip安裝pyspark。結果安裝總是失敗。python的第三方庫地址是https://pypi.python.org/simple/,在國內訪問很慢。通過搜索問題,許多文章提到了國內的鏡像庫,例如豆瓣的庫,結果安裝時都提示找不到pyspark。

查看安裝錯誤原因,并非不能訪問該庫,僅僅是訪問較慢,下載了不到8%的時候就提示下載失敗。這實際上是連接超時的原因。因而可以修改連接超時值??梢栽?code>~/.pip/pip.conf下增加:

[global]
timeout = 6000

雖然安裝依然緩慢,但至少能保證pyspark安裝完畢。但是在安裝py4j時,又提示如下錯誤信息(安裝環境為mac):

OSError: [Errno 1] Operation not permitted: '/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/share'

即使這個安裝方式是采用sudo,且在管理員身份下安裝,仍然提示該錯誤。解決辦法是執行如下安裝:

pip install --upgrade pip

sudo pip install numpy --upgrade --ignore-installed

sudo pip install scipy --upgrade --ignore-installed

sudo pip install scikit-learn --upgrade --ignore-installed

然后再重新執行sudo pip install pyspark,安裝正確。

字符編碼的坑

在提示信息以及最后分析的結果中都包含了中文。運行代碼時,會提示如下錯誤信息:

SyntaxError: Non-ASCII character '\xe5' in file /Users/zhangyi/PycharmProjects/spark_binary_files_demo/parse_files_demo.py on line 36, but no encoding declared; see http://python.org/dev/peps/pep-0263/ for details

需要在代碼文件的首行添加如下編碼聲明:

# This Python file uses the following encoding: utf-8

SparkConf的坑

初始化SparkContext的代碼如下所示:

conf = SparkConf().setMaster("local[*]")
conf = conf.setAppName(APP_NAME)
sc = SparkContext(conf)

結果報告運行錯誤:

Error initializing SparkContext.
org.apache.spark.SparkException: Could not parse Master URL: '<pyspark.conf.SparkConf object at 0x106666390>'

根據錯誤提示,以為是Master的設置有問題,實際上是實例化SparkContext有問題。閱讀代碼,發現它的構造函數聲明如下所示:

    def __init__(self, master=None, appName=None, sparkHome=None, pyFiles=None,
                environment=None, batchSize=0, serializer=PickleSerializer(), conf=None,
                gateway=None, jsc=None, profiler_cls=BasicProfiler):

而前面的代碼僅僅是簡單的將conf傳遞給SparkContext構造函數,這就會導致Spark會將conf看做是master參數的值,即默認為第一個參數。所以這里要帶名參數:

sc = SparkContext(conf = conf)

sys.argv的坑

我需要在使用spark-submit命令執行python腳本文件時,傳入我需要分析的文件路徑。與scala和java不同。scala的main函數參數argv實際上可以接受命令行傳來的參數。python不能這樣,只能使用sys模塊來接收命令行參數,即sys.argv。

argv是一個list類型,當我們通過sys.argv獲取傳遞進來的參數值時,一定要明白它會默認將spark-submit后要執行的python腳本文件路徑作為第一個參數,而之后的參數則放在第二個。例如命令如下:

./bin/spark-submit /Users/zhangyi/PycharmProjects/spark_binary_files_demo/parse_files_demo.py "files"

則:

  • argv[0]: /Users/zhangyi/PycharmProjects/spark_binary_files_demo/parse_files_demo.py
  • argv[1]: files

因此,我需要獲得files文件夾名,就應該通過argv[1]來獲得。

此外,由于argv是一個list,沒有size屬性,而應該通過len()方法來獲得它的長度,且期待的長度為2。

整數參與除法的坑

在python 2.7中,如果直接對整數執行除法,結果為去掉小數。因此4 / 5得到的結果卻是0。在python 3中,這種運算會自動轉型為浮點型。

要解決這個問題,最簡單的辦法是導入一個現成的模塊:

from __future__ import division

注意:這個import的聲明應該放在所有import聲明前面。

Scala版本

代碼

package bigdata.demo

import java.io.File
import java.text.SimpleDateFormat
import java.util.Calendar

import com.google.common.io.{Files => GoogleFiles}
import org.apache.commons.io.Charsets
import org.apache.spark.rdd.RDD
import org.apache.spark.{SparkConf, SparkContext}

object Main {
  def main(args: Array[String]): Unit = {
    val conf = new SparkConf().setAppName("Binary Files").setMaster("local[*]")
    val sc = new SparkContext(conf)

    if (args.size != 1) {
      println("請輸入正確的文件或目錄路徑")
      return
    }

    def analyseFileContent(filePath: String): RDD[String] = {
      val data = sc.binaryRecords(filePath, 1)
      val records = data.flatMap(x => x.flatMap(x => toBinaryStr(byteToShort(x)).toCharArray))
      val mappedWithKey = records.map(i => if (i == '0') ('0', 1L) else ('1', 1L))
      val result = mappedWithKey.reduceByKey(_ + _)

      val sum = result.map(_._2).sum()
      result.map { case (key, count) => formatOutput(key, count, sum)}
    }

    val path = args.head
    val filePaths = fetchFiles(path)
    filePaths.par.foreach { filePath =>
      val outputs = analyseFileContent(filePath)
      printOutputs(outputs)
      saveOutputs(filePath, outputs)
    }
  }

  private def byteToShort(b: Byte): Short =
    if (b < 0) (b + 256).toShort else b.toShort

  private def toBinaryStr(i: Short, digits: Int = 8): String =
    String.format("%" + digits + "s", i.toBinaryString).replace(' ', '0')

  private def printOutputs(outputs: RDD[String]): Unit = {
    outputs.foreach(println)
  }

  private def saveOutputs(filePath: String, outputs: RDD[String]): Unit = {
    val resultDir = new File("result")
    if (!resultDir.exists()) resultDir.mkdir()

    val resultFile = new File("result/" + getFileNameWithExtension(filePath) + ".output")
    outputs.foreach(line => GoogleFiles.append(line + "\n", resultFile, Charsets.UTF_8))
    GoogleFiles.append(s"統計于:${formatLoggingTime()}\n\n", resultFile, Charsets.UTF_8)
  }

  private def formatLoggingTime(): String = {
    val formatter = new SimpleDateFormat("yyyy-MM-dd HH:mm:ss")
    formatter.format(Calendar.getInstance().getTime)
  }

  private def getFileNameWithExtension(filePath: String): String = {
    filePath.substring(filePath.lastIndexOf("/") + 1)
  }

  private def fetchFiles(path: String): List[String] = {
    val fileOrDirectory = new File(path)
    fileOrDirectory.isFile match {
      case true => List(path)
      case false => fileOrDirectory.listFiles().filter(_.isFile).map(_.getPath).toList
    }
  }

  private def formatPercent(number: Double): String = {
    val percent = "%1.2f" format number * 100
    s"${percent}%"
  }

  private def formatOutput(key: Char, count: Long, sum: Double): String = {
    s"字符${key}的數量為${count}, 占比為${formatPercent(count/sum)}"
  }
}

運行

通過sbt對代碼進行編譯、打包后,生成jar文件。然后在spark主目錄下運行:

$SPARK_HOME/bin/spark-submit --class bigdata.demo.Main --master spark://<ip>  $SPARK_HOME/jars/binaryfilesstastistics_2.11-1.0.jar file:///share/spark-2.2.0-bin-hadoop2.7/derby.log

最后的參數"file:///share/spark-2.2.0-bin-hadoop2.7/derby.log"就是main函數接收的參數,即要分析的文件目錄。如果為本地目錄,需要指定文件協議file://,如果為HDFS目錄,則指定協議hdfs://。

遇到的坑

byte類型的值

在Scala中,Byte類型為8位有符號補碼整數。數值區間為 -128 到 127。倘若二進制值為11111111,通過SparkContext的binaryRecords()方法讀進Byte數據后,其值為-1,而非255。原因就是補碼的緣故。如果十進制為128,轉換為Byte類型后,值為-128。

而對于-1,如果執行toBinaryString(),則得到的字符串為"11111111111111111111111111111111",而非我們期待的"11111111"。如下圖所示:


執行結果

針對八位的二進制數值,可以編寫一個方法,將Byte類型轉為Short類型,然后再調用toBinaryString()方法轉換為對應的二進制字符串。

  private def byteToShort(b: Byte): Short =
    if (b < 0) (b + 256).toShort else b.toShort

而對于不足八位的二進制數值,如果直接調用toBinaryString()方法,則二進制字符串將不到八位??梢岳肧tring的format進行格式化:

  private def toBinaryStr(i: Short, digits: Int = 8): String =
    String.format("%" + digits + "s", i.toBinaryString).replace(' ', '0')

當然,可以將這兩個方法定義為Byte與Short的隱式方法。

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