前兩天遇到了一個小問題：初步注釋細胞發現，使用RenameIdents后細胞類型的levels與我想要的排序不符。例如，我實際得到的level為: cancer_cell1 ...
IP屬地：湖南
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seurat對象中細胞identity的獲取、設置與操縱
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單細胞之軌跡分析-2：monocle2 原理解讀+實操軌跡分析系列： 單細胞之軌跡分析-1：RNA velocity[http://www.lxweimin.com/p/ee0f7a8e6a06] 擬時間序列分析（Pseudot...
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seurat-ScaleData()源碼解析一、ScaleData()簡介 單細胞基因表達counts矩陣數據經過NormalizeData()歸一化處理后，還需要進行scale標準化。ScaleData()[http...
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Seurat之細胞周期評分1. 細胞周期背景介紹 細胞周期(cell cycle)是指細胞從一次分裂完成開始到下一次分裂結束所經歷的全過程，分為間期與分裂期兩個階段。在細胞周期過程中，細胞的遺傳物質復...
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GPL17586、GPL19251和GPL16686平臺芯片ID轉換
原文載于生信技能樹我寫此文是為了致敬生信技能樹團隊！感謝他們無私分享！ 以下是生信技能樹學員筆記投稿 芯片分析中經常會遇到Affymetrix Human Transcrip...
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Lazygit的安裝與使用。
使用LazyGit來管理你的項目。 Git的強大是所有開發者都心知肚明的事情，但是其多樣的命令令人很是難受。不過在Github上有著這么一個開源項目lazygit。 Lazy...
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2.2 愉快寫文檔：VSCode + Markdown Preview Enhanced本章導航： 1. 介紹 MPE。 2. 簡要介紹幾個十分好用的 MPE 的功能。 使用電腦環境：Windows10。本章主要參考 MPE 官方中文文檔。 3.1 Markdo...
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高通量測序中，read、contig和Scaffold分別是什么
1.什么是Reads? 高通量測序平臺產生的序列就稱為reads。 2.什么是Contig？ 拼接軟件基于reads之間的overlap區，拼接獲得的序列稱為Contig（重...
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一文看懂三代組裝軟件——Flye
作者：童蒙編輯：angelica 一、介紹 Flye是用于單分子組裝數據的denovo基因組裝的軟件。這個軟件可以用于各種數據集，從小的細菌到大的哺乳動物。 輸入是原始的Pa...
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multiple whole genome alignment寫在前面：在上億年的進化歷程中，基因組經歷了大大小小的改變。從小的核苷酸突變、插入、缺失到大的基因缺失、重復、基因組重排和水平基因轉移。基因組比對可以通過比對序列中的同源區域...
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LASTZ說明文檔（一）LASTZ說明文檔(v1.04.15, Aug27 2021 build)本文參考自LASTZ發行版[http://www.bx.psu.edu/~rsharris/last...
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醫學事務部的前景及MSL是做什么的？
1. 醫學事務部在公司的地位如何？ 醫藥商業模式歷經多次變化，從一開始的銷售驅動，到后續的市場驅動，再至現在的醫學驅動。醫學驅動（medical driven）是在2015年...
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Seurat包之導入單細胞數據方式匯總挖掘公共單細胞數據集時，會遇到常見各種單細胞測序數據格式。現總結如下，方便自己日后調用，以創建Seurat對象（1）barcodes.tsv.gz、features.tsv....
