現在我們已經具備采用pysam模塊統計比對信息的知識了，這里我們編寫一個程序來統計BAM/SAM文件的信息并使用samtools flagstat進行驗證。 NA12891_...
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71. 《Bioinformatics Data Skills》之使用pysam統計比對信息
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生信實用工具：快速的多線程分割bam文件工具
前言 如果對較大的bam文件進行操作時，往往相當耗時，所以將一個很大的bam文件分割為幾個較小的bam文件，在并行進行分析可以大大縮短所需要的時間。通常來說分割的方法是用ba...
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samtools常用命令詳解
samtools是一個用于操作sam和bam文件的工具集合。 1. view view命令的主要功能是：將輸入文件轉換成輸出文件，通常是將比對后的sam文件轉換為bam文件，...
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使用Pysam操作BAM文件
Pysam操作BAM文件 Pysam包是一個處理基因組數據的python模塊，它打包了htslib-1.3、samtools-1.3 和 bcftools-1.3的核心功能，...
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利用python中的pysam模塊做一些簡單的數據統計（BAM文件）說點閑話 起因是因為有個朋友問我能不能處理BAM文件，我找了一下python的確有處理BAM文件的模塊，在沒有搞清楚能不能做的情況下，我說可以沒問題，這B可裝上了天。然后，這...
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deepTools 使用指南deepTools 是一套基于python開發的工具，適用于有效處理分析高通量測序數據，可用于ChIP-seq, RNA-seq 或 MNase-seq。 #1. deepT...
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awk常用功能--持續更新
1. awk命令實現文本內容行列轉化 awk -F '\t' '{for(i=1;i<=NF;i=i+1){a[NR,i]=$i}}END{for(j=1;j<=NF;j++...
個人介紹
簡書是我在學習別人東西的過程中記筆記的地方，以便自己不斷查閱復習，同時通過不斷的輸出來暴露自己的短處從而不斷的進步。大家留言問的問題我都看到了，沒有回復是因為自己學藝不精不能準確答復，望諒解~