最近想用infercnv，然后我就安裝R包，會出現一個問題就是rjags安不上，問題checking version of JAGS library... link erro...
發簡信
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configure: error: Runtime link error linux安裝rjags找不到JAGS動態鏈接庫 -
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biomaRt基因同源轉換時 使用中遇到Timeout was reached的解決辦法
根據之前別人po文中的代碼進行，發現行不通 出現了下面這樣子的報錯： 看了下bioconduct上管理員還是誰回復的說是近期biomaRt上有很多下載大量數據的人，導致速度變...
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如何從CisBP數據庫生成ArchR使用的Motif PWM文件1. 下載Cisbp數據庫中的motif文件 (1) 下載文件 CISBP數據庫[http://cisbp2.ccbr.utoronto.ca] 點擊Bulk downloa...
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解決RStudio Server: R is taking longer to start than usual
主要原因：當使用RStudio Server處理占內存極大的數據后，長時間不清理內存，不關閉rstudio，可能會產生此種問題，建議計算完畢后，盡快清理內存。 當再次打開rs...
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讀《Computational-method-for-single-cell-data-analysis》跟著運來兄搭建自己的生物信息小書房。趁年輕，讀幾本硬書，到老了慢慢反芻。 如果讓我推薦一本比較全面的單細胞數據分析教材，我想會是《Computational-method-f...
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單細胞數據科學四大過程組兩大知識領域與三重境界很多朋友問是如何保持閱讀量的，其實，大部分是之前的存貨。有一部分是每有會意，把之前的舊書拿出來再翻一翻，做個導圖放上來的。今天，我想和大家分享一點最近對單細胞數據科學的理解，...
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使用MAESTRO整合分析scRNA和scATAC
Wang, C., Sun, D., Huang, X. et al. Integrative analyses of single-cell transcriptome a...
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使用lftp上傳數據到GEO，賊快！推薦我之前在2021年寫過上傳數據到GEO數據庫獲得GEO號[http://www.lxweimin.com/p/003ef56dd311]，那時候使用ncftpput上傳數據，...
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SCI文章寫作以及文章修稿的一點體會情感: 離上次寫筆記快半年之久了，這半年來基本都把心思花在了一個課題上。這兩日終于把文章修回去了，靜下來心來整理這個課題的結果，想著總結自己這半年來文章寫作以及文章修稿的一些...
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感謝，好棒呀，最近剛好需要這個！！
如何給Seurat對象的基因重命名？【基因名轉換】2022-07-27
適用背景 在單細胞分析中，必要的一步是對每個細胞進行注釋，這相當于給每個細胞打個標簽，或者說起個別名，這些信息都存在@meta.data信息里，所以不用特意去更改細胞名字，S...
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clustree ： 聚類可視化利器我們知道在研究問題時，分組是很重要的，有分組才有故事可講。比如，兩塊田一塊施肥一塊不施肥，可以做比較嘛。在單細胞數據分析中用到較多的數據分組技術是聚類（clustering）...
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STRINGDB包的簡單使用String是一個很好的蛋白互作網絡數據庫，其不僅包含了直接物理作用的互作關系，還包含了蛋白之間以間接作用的互作關系。除了有實驗證據支持的數據外，還有整合其他數據庫中的互作數...
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如何給Seurat對象的基因重命名？【基因名轉換】2022-07-27
適用背景 在單細胞分析中，必要的一步是對每個細胞進行注釋，這相當于給每個細胞打個標簽，或者說起個別名，這些信息都存在@meta.data信息里，所以不用特意去更改細胞名字，S...
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利用Linux下載阿里云以及諾禾云(諾禾致源)提供的測序數據早上在處理數據的時候，發現花的時間比預期多出一半，原本計劃45分鐘完成，花了一個半小時，當然啦，也有摸魚的水分在啦，哈哈哈哈，然后我想著還是整理出來一下數據下載流程，這樣方便...
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R語言1----桑基（sankey diagram）圖的繪制--sankeyD3在生信分析或者一些其他的數據分析中，經常會需要繪制桑基圖，在這里推薦一個非常nice的R包-sankeyD3（類似于networkD3，但是比其功能更加完善），其出的桑基圖比...
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R 數據可視化 —— 聚類熱圖 ComplexHeatmap(一)前言 使用 pheatmap 已經能夠繪制滿足大多數要求的聚類熱圖了。 受 pheatmap 包的啟發，ComplexHeatmap 提供了對熱圖更多更靈活的控制，如多數據熱...
個人介紹
愛生活愛學習愛運動的超級無敵鄭一一同學。偶爾郁悶，偶爾低沉，但大多數都是積極向上。慢慢學會認識自己的不足，坦然接受自己的平凡，努力去做好手頭上的工作，并慢慢去探尋自己喜歡并且熱愛的東西。如果我的一輩子注定平凡，那么希望自己享受著平凡而美好的生活