@今天能畢業了嗎 把官方的primer-barcode 放到一起給lima 他會判斷那種組合能拆出最多的序列
PacBio數據拆分之lima一、背 景 PacBio最新三代測序儀Sequel II芯片實現了更高通路，同時已經支持barcode測序，這樣方便混合多個組織、處理、物種等樣本。 那么如何從poolin...
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@今天能畢業了嗎 目前 Seque II Seque IIe測序的不需要糾錯了； LoRDEC用三代數據平行的二代數據合并（同一個三代樣本，對應的二代有生物學重復）后糾錯
PacBio長序列糾錯軟件之LoRDEC
三代數據中錯誤主要是隨機錯誤和Indel，一方面可以通過CCS、Arrow等三代內部自糾錯，另一方面也可借助二代高通量短序列進行進一步糾錯。目前已經有幾款工具，本文主要介紹L...
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>99% + 校正
全基因組甲基化分析簡述
DNA甲基化是一種非常基礎且重要的表觀修飾，在調控基因表達、轉錄因子結合和抑制轉座子元件中起到關鍵的作用。 目前，DNA甲基化檢測的技術已經比較成熟，例如高通量的WGBS、R...
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下載鏈接仍然是 1.3 尚未更新
yasm/nasm not found or too old on linux
去到http://yasm.tortall.net/Download.html 找到最新的版本號記住 1. 輸入wget http://www.tortall.net/pro...
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GATK FastaAlternate ReferenceMaker 只能做SNP的替換吧
通過VCF文件制作定制化的參考基因組
前言 最近做的項目要對reference genome基于突變進行一些modify，制作personalized genome或者說是psuedo-genome偽基因組。其實...
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為啥沒用自帶的meth ratio python腳本 計算甲基化率
DNA甲基化數據分析全流程
2021-01-01 更新 簡單記錄一下平時的分析過程 和RNA-seq前期流程類似 -- 質控、去接頭、比對參考基因組、排序 后期就是要提取甲基化位點，包括CpG、CHG、...
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conda 安裝R語言及其R包
00 緣起 最新的R 3.5 版本特別難安裝，而且很多新的包只能在R3.5版本上工作。之前用 make source 的方式總是出錯，R3.5的更新依賴太多，需要安裝很多依賴...
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@磚頭機的靈感 現在PacBio平臺數據的準確性已經很準確了 基本不用二代校正， 校正的話用更新的軟件吧
PacBio長序列糾錯軟件之LoRDEC
三代數據中錯誤主要是隨機錯誤和Indel，一方面可以通過CCS、Arrow等三代內部自糾錯，另一方面也可借助二代高通量短序列進行進一步糾錯。目前已經有幾款工具，本文主要介紹L...
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Intervene: BED文件的intersect和繪制韋恩圖一、背景介紹 通常，BED文件的overlap/intersect的操作，可以BEDtools intersect功能完成overlap和統計：Bedtolols inter...
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如何理解BAM文件的flags每次遇到BAM文件flag值都有一些困惑，時間越久越迷惑。在此，針對BAM文件中的flag信息進行梳理和解釋： 記錄于BAM文件的第2列，以bwa軟件比對結果為例 可以使用s...
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轉錄組 體細胞突變檢測呢 ？
GATK Best Practices — step4 轉錄組SNP/INDEL（RNAseq SNPs + Indels）
一、轉錄組SNP/INDEL（RNAseq SNPs + Indels）的介紹 GATK官網介紹：RNAseq short variant discovery (SNPs +...
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學習一下
你熟悉的GSEA GO KEGG的局限性在哪里？
2020年3月美國馬里蘭州巴爾的約翰霍普金斯大學彭博公共衛生學院動物實驗替代中心（CAAT），德國 University of Konstanz發表了[Maertens A]...
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水印完美擋住
circos 可視化手冊- heatmap 篇
heatmap將一系列的數值映射到一個顏色梯度中，是最常用的圖表之一。在circos中，通過plot這個block進行設置。 用法如下： heatmap的數據和scatter...
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你好 諾禾致源的小伙伴
10X空間轉錄組Visium:基本概念
2019年12月3日10X空間轉錄組Visium流程發布了，不再是Coming soon...。流程打包Space Ranger軟件里面，感興趣的小伙伴可以安裝下來學習了，自...
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用python seaborn吧
ggplot畫圖-01
最近在準備文章出圖，本人對ggplot使用不是很深入，僅總結一些個人的經驗，希望對大家有所幫助。 先解釋theme中的幾個概念： vjust：控制標題（或標簽）和繪圖之間的垂...
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有個pipeline圖就更好了
宏基因組數據分析流程代碼
熊金波實驗室出品 整理歸納：Larry 本次學習使用的服務器IP地址和其用戶名賬戶密碼如下： 地址：gs0.genek.tv 用戶名：u3276 密碼：genek.tv（建議...