2021-03-31 親們，簡書很少更新啦！ 有和簡書內容相關的問題的話可以發郵箱： haifengsun123@163.com
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@APengs 這個建議自個寫個腳本
seqkit的安裝與使用
安裝： conda install seqkit ref:seqkit一個FASTA/Q序列處理神器 - 遺世獨立的愚公 - 博客園 一、序列操作： 1.取反向序列 seqk...
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@徐沫沫 用gtf，找UCSC的有倆個工具可以gtf轉pred再轉bed
Dapars尋找APA
1.下載ref：https://github.com/ZhengXia/dapars/releases 2.github主頁：https://github.com/Zheng...
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@看_菜鳥在天上飛 這個軟件的確是比較舊，得折騰下
Dapars尋找APA
1.下載ref：https://github.com/ZhengXia/dapars/releases 2.github主頁：https://github.com/Zheng...
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@hopi_5dab 咋會呢，報錯的話就按照報錯的調整下
m6A-seq_analysis_workflow
github：https://github.com/scottzijiezhang/m6A-seq_analysis_workflow 網頁：https://scottzij...
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count normalization的方法
count normalization的方法 這應該會是一個小系列，我會簡單介紹下現在的一些count normaliztion的方法，以及對應的代碼解釋、思考，從而最后得出...
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精準大海撈針--CRISPR screening專題由于Addgene的篇幅太長，因此決定分為至少兩個部分來介紹。上期：來自Addgene的CRISPR指南（1）參考：CRISPR Guide 由于這個部分已經不是簡單的看CR...
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DNA-RNA互作檢測技術
作者：馬可菠蘿審稿：童蒙編輯：angelica 引言 隨著Hi-C技術的建立和發展，越來越多的技術可以用于DNA-DNA相互作用的研究，類似的RNA-RNA相互作用檢測技術業...
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TCGA甲基化數據質量控制和差異分析（使用ChAMP包）參考文章：1.甲基化芯片入門學習-ChAMP包（二）2.TCGA數據庫的癌癥甲基化芯片數據重分析3.TCGA甲基化芯片數據質控和過濾4.甲基化芯片數據的差異分析5.甲基化芯片...
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liftover基因組轉換中的bed文件
今天用liftover做基因組轉換的時候，hg38轉hg19，所有的位點都轉失敗了。看到提示為“#Deleted in new”。一般這個錯誤為是由于hg19 (要轉換的基因...
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@親愛的暮雨晨風 什么意思？有問題改下或者去掉唄
m6A-seq_analysis_workflow
github：https://github.com/scottzijiezhang/m6A-seq_analysis_workflow 網頁：https://scottzij...
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單細胞轉錄多樣性是發育潛能的一個標志
單細胞轉錄多樣性是發育潛能的一個標志 本篇文章首發于單細胞天地 單細胞RNA測序（scRNA-seq）是重建細胞分化軌跡的有力方法。然而，同時推斷分化的狀態與方向是一項具有挑...
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轉錄調控：轉錄因子特征總結[轉載]轉錄調控：轉錄因子特征總結 典型的轉錄因子功能示意圖(Schematic of a prototypical TF). 轉錄因子一般具有兩種結構域： 1. DNA-bindi...
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FPKM數據該怎么分析？
前天同事幫領導寫基金，看文獻找思路，突然問我能不能幫她分析一下數據，我看了一下數據是FPKM的文件。第一反應是可以。我就試試了一下。 1.數據下載 2、差異基因分析 3.如何...
