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當我們得到差異的探針或者差異的甲基化區(qū)域之后，通常都會分析這些差異區(qū)域對應的基因是否在特定功能上有富集。在ChAMP中，通過champ.GSEA...
對于甲基化芯片的差異分析，除了有探針水平的差異分析，還有差異甲基化區(qū)域DMR分析。 差異甲基化區(qū)域的示意圖如下： 該圖片來自Bumphunter...
經(jīng)過預處理之后的數(shù)據(jù)，就可以進行差異分析了。對于甲基化芯片而言，有兩個方面的差異分析 DMP 差異甲基化探針 DMR 差異甲基化區(qū)域 在ChAM...
分析DNA甲基化的手段有很多，除了甲基化芯片外，還有WGBS和RRBS等實驗與高通量測序相結合的手段，不管是哪種策略，都需要對DNA進行亞硫酸氫...
DNA甲基化會調(diào)控基因的表達水平，進而影響基因的相互作用。將基因的相互作用網(wǎng)絡和差異甲基化信息結合起來，基于那些甲基化水平發(fā)生差異的基因，從整個...
bismark 軟件根據(jù)序列的比對情況就可以識別甲基化位點，首先需要對基因組建立索引，建好索引之后，就可以開始比對了。 我用的軟件自帶的單端測序...
在bismark中，根據(jù)甲基化的C所處的上下文環(huán)境，分成以下3類； CpG CHG CHH p代表磷酸二酯鍵，CpG指的是甲基化的C的下游是1個...
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