對于甲基化芯片的差異分析，除了有探針水平的差異分析，還有差異甲基化區域DMR分析。
差異甲基化區域的示意圖如下：
該圖片來自Bumphunter的文獻，圖中綠色矩形代表的就是一個差異甲基化區域。
A 圖代表的是甲基化位點的在cancer和normal 兩個group的分布, 每組包含8個生物學重復；B 圖代表的是DMR 檢測的原理，在正負0.1的兩條紅線是自定義的差異閾值，而黑色的線是根據CpG位點差異程度擬合出來的線，只有當差異超出了閾值，也就是說黑色的線在兩條紅色線定義的區域之外的時候，才認為是1個候選的DMR。 從圖上來看，每個DMR可以看作是從紅色線條定義的區域凸出來的部分，叫做bump。
在ChAMP 中，通過champ.DMR函數進行差異甲基化區域分析
用法示例
myDMR <- champ.DMR()
champ.DMR 集成了3種差異甲基化區域分析算法：
Bumphunter
DMRcate
-
ProbeLasso
默認使用的是Bumphunter算法，三種算法對應的參數會有所不同，具體可以查看函數的幫助文檔。
DMR分析完成之后，為了控制假陽性率，都會有一定的過濾手段。在ChAMP中，通過下列兩個條件對結果進行過濾
minProbes
DMR區域包括了許多的CpG位點，每個Cp位點對應1個探針，這個參數指定包含的探針的最少個數，默認為7，如果一個DMR覆蓋的探針數目少于7個，則不會輸出。
adjPvalDmr
這個參數就是我們最常用的校正之后的p值，默認參數為0.05。
如果你的操作系統支持圖形界面，可以運行DMR.GUI()命令，在瀏覽器中交互式的查看結果
DMRtable
差異甲基化區域的染色體區域和p值等基本信息
DMR heatmap
DMR 甲基化水平分布圖
每個DMR區間兩組樣本甲基化水平分布圖
