Trimmomatic 是基于java的多功能的工具，用于預處理讀段。Trimmomatic 可以刪除接頭，而且以基于質量的不同的方式對讀段進行...
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trimmomatic 的使用循環語句 -
如何正確理解菌群alpha-beta多樣性@(Dayueban)[腸道菌群|alpha多樣性|beta多樣性] 導讀 很多時候我們往往拿著現成的數據就開始分析了（因為有師兄師姐的代碼啊教...
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群落多樣性之Beta多樣性（一）0 導語 再過不到一個月，就要高考了。考試固然重要，它檢驗的是努力，決定了起點的高度；報考更重要，它是方向，讓考生從無限可能步入可能中的一種，決...
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群落多樣性之Alpha多樣性（二）相信不少人看過下面這個類型的故事，我把它稍作了個改編。超逸和艾斯發現有兩個比自己來的晚的同事，山農和辛普森，都已升職加薪，而自己卻一直原地不動。...
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群落多樣性之Alpha多樣性（一）
學習生物學，一項很重要的事情就是理解概念。有一種方法就是直接從名字上理解概念。小RNA，是不是就是很小的RNA？宏基因組，是不是就是很“宏”的基...
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R學習筆記(2)：用pheatmap畫個熱圖安裝pheatmap包創建測試矩陣畫個熱圖顯示色塊的數值或文本調整色塊或文本大小行列注釋列名的文本角度調整切分熱圖自定義顯示哪些行列的名字用距離...
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LDA Effect Size (LEfSe) Analysis（LEfSe豐度差異分析）LEfSe[1]是一種用于發現高維生物標識和揭示基因組特征的軟件。包括基因，代謝和分類，用于區別兩個或兩個以上生物條件（或者是類群）。該算法強調...
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ASV和OTU有什么不同？哪個更好？遇到了一個16S的課題，于是開始認真學習ASV和OTU的差別，順手整理一下。 擴增子測序和鳥槍法測序已經成為微生物組領域最常見的研究手段。盡管鳥...
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16S rRNA 流程目錄 - qiime2
QIIME 2不僅可用于處理標記基因分析，而且 在廣泛的用戶和社區人員參與開發下，已經產生了很多 可用插件 ，在未來還有更多的插件整合到QIIM...
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微生物多樣性（擴增子/16S rDNA測序）—差異分析方法描述一、差異分析內容及意義 a)隨機森林模型（Random Forest） 一種非線性分類器，挖掘變量之間復雜的非線性的相互依賴關系。 意義：找到能...
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