@(Dayueban)[腸道菌群|alpha多樣性|beta多樣性]
導讀
很多時候我們往往拿著現成的數據就開始分析了（因為有師兄師姐的代碼啊教程啊），或者干脆是公司測序和分析一并搞定，自己只要寫paper就好了（往往有很多人連公司給的結題報告都看不懂）。其實我差不多也是這樣，但是好在我
懸崖勒馬，知道應該在會做的同時應該知道點基本原理的東西（雖然并不懂得什么高大上的算法）
菌群分析的基本點
我是做豬的腸道菌群方面的，腸道菌群也是生態學的范疇，所以評判生態學的一些指標常常運用到此，比如最基本的
alpha多樣性，beta多樣性。
alpha多樣性
- alpha多樣性運用到腸道菌群分析中，是用來衡量
個體內菌群的一個多樣性如何，注意是單個個體，不涉及個體間的比較。
beta多樣性
- 而beta多樣性的計算是為了表征個體間微生物組成
相似性的一個指標，個體之間物種的有無和不一致性通常影響beta多樣性指數，當然alpha多樣性指數也會影響beta多樣性指數。
一圖看懂
為了言簡意賅，我將alpha多樣性和beta多樣性手寫了出來，如下圖所示
圖1 alpha-beta多樣性
參考
[1] Sex, Microbes, and Polycystic Ovary Syndrome
