發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：山西
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方法匯總---Xenium、CosMx大panel細(xì)胞通訊的分析思路作者，Evil Genius 今天我們繼續(xù)分享分析思路，針對(duì)Xenium、CosMx大panel，Xenium現(xiàn)在更新到5000+了，CosMx...
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繪圖代碼---細(xì)胞鄰域聚類(lèi)與CN細(xì)胞熱圖（Xenium、CODEX、CosMx）作者，Evil Genius 今天我們來(lái)畫(huà)畫(huà)圖 需要做的內(nèi)容 1、獲取空間細(xì)胞鄰域矩陣 2、針對(duì)細(xì)胞鄰域矩陣進(jìn)行聚類(lèi)（leiden） 3、聚類(lèi)的...
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思路分享---關(guān)于WES聯(lián)合單細(xì)胞RNA檢測(cè)CNV的討論作者，Evil Genius 之前提到過(guò)，對(duì)于腫瘤來(lái)講，絕大部分的誘發(fā)因素并不是CNV，而是突變，隨著認(rèn)識(shí)的越來(lái)越深入，單細(xì)胞檢測(cè)CNV的準(zhǔn)確性...
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多組學(xué)文獻(xiàn)分享--高危神經(jīng)母細(xì)胞瘤的縱向單細(xì)胞多組圖譜揭示了化療誘導(dǎo)的腫瘤微環(huán)境重建作者，Evil Genius 今天我們分享文獻(xiàn)，Xenium 5k的文章。 WES + scRNA + scATAC + Xenium + CO...
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內(nèi)容復(fù)習(xí)--Xenium 5k (包括CosMx大panel)基礎(chǔ)與多樣本整合分析作者，Evil Genius 今天偷個(gè)懶，梳理一下Xenium 5k的多樣本整合分析。 為什么要說(shuō)明是多樣本整合呢？因?yàn)橐粡埿酒蠹叶挤藕脦讉€(gè)樣...
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思路分享---單細(xì)胞亞群注釋策略作者，Evil Genius 隨著粉絲的分析能力越來(lái)越高，大家的要求也越來(lái)越高了，很多我做項(xiàng)目壓箱底的東西都拿出來(lái)了。 不過(guò)也要感謝大家的支持，...
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腳本更新----cellular neighborhood作者，Evil Genius 4月中旬了，時(shí)間飛快。 經(jīng)過(guò)一段時(shí)間的項(xiàng)目積累，文獻(xiàn)閱讀以及方法調(diào)試，關(guān)于最新的空間分析腳本也逐漸成熟了，后續(xù)可以...
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方法更新----關(guān)于HD、Stereo-seq在bin模式下的細(xì)胞鄰域分析作者，Evil Genius 今天我們分享一個(gè)分析方法思路。 在HD 16um（8um通常不采用）、Stereo-seq bin50以下（25...
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文獻(xiàn)分享---抗體-藥物偶聯(lián)物SHR-A1811在HER 2陽(yáng)性乳腺癌新輔助治療中療效的空間決定因素（WGS + Xenium）作者，Evil Genius 空間轉(zhuǎn)錄組慢慢走向臨床了，細(xì)胞之前的空間關(guān)系推斷藥物的療效已經(jīng)取得了很好的進(jìn)展。 今天我們分享文獻(xiàn) 知識(shí)積累 乳...
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