我生活在一線城市，每逢節假日或者需要用車的時候都是采用租車方式，對于買車，已經搖號了好幾年，還沒有搖到號，反正聽天由命吧！能中再說。 長期的租車生活方式讓我經常思考和...
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長期租車好還是買車好？ -
7. vegan包進行PCoA分析和可視化簡介 PCoA分析，即主坐標分析（principal co-ordinates analysis），是一種非約束性的數據降維分析方法，可用來研究樣本的相似性或差異性，與PCA...
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如何正確理解菌群alpha-beta多樣性@(Dayueban)[腸道菌群|alpha多樣性|beta多樣性] 導讀 很多時候我們往往拿著現成的數據就開始分析了（因為有師兄師姐的代碼啊教程啊），或者干脆是公司測序和分...
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2021-06-18 兩組間差異分析之t檢驗在R中實現來源：小白魚的生統筆記 如有侵犯，立刪做統計學分析的其中一個重要目的就是尋找組間差異，在研究中，我們最常關注的問題莫過于處理組與對照組是否存在了顯著不同。就兩組間比較而言，t...
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Adonis與ANOSIM檢驗究竟是什么？做微生物16S測序的時候，公司的報告里經常會給到兩種檢驗Adonis和ANOSIM，聽過t.test、wilicox、anova各種檢驗，那么Adonis和ANOSIM檢驗是...
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R: adonis進行permannovaadonis文檔：https://www.rdocumentation.org/packages/vegan/versions/2.4-2/topics/adonis[htt...
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【vscode設置對應版本的R】最近蹭一波熱度，重新開始用vscode寫R。但是在配置過程中還是會遇到一些問題，遇到有意思的就記錄下來。當通過Rpath修改/添加了R可執行文件，如下： 但還是發現無法設置成...
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繪制堆疊柱形圖（ggplot 2）使用群落微生物物種豐度表數據
群落微生物物種豐度表-繪制堆疊柱形圖（ggplot 2） 今天我們先來講一下如何利用細菌群落的高通量測序數據來繪制堆疊柱形圖來展示不同樣品中優勢菌的相對多度。 話不多說，直接...
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R語言創建空數據框(Empty Data Frame )用于追加數據
創建指定列數的空數據框 方法一 通過填充行再刪除行生成空數據框 方法二 通過創建空矩陣轉換成空數據框 方法三 通過填充初始化向量生成空數據框 通過向空數據框循環填充等長向量實...
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web scraper入門1.下載與安裝 網頁下載[https://crxdl.com/]網頁下載 我的網盤分享(提取碼n302)[https://pan.baidu.com/s/1F4KeEfmeR...
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R繪圖：ggplot2繪制火山圖火山圖是測序分析報告中最為核心的圖片之一。繪制火山圖的方法有許多，Excel和第三方軟件等，本文主要運用ggplot2和ggrepel兩個R包演示[1][2]。橫坐標為Fol...
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clusterProfiler包做GO分析1、加載需要的包 2、導入數據 我這里的數據其實就是一列基因名，是通過其它分析挑選出來的幾百個基因，想要看看這些基因是否能夠富集到某些特殊的通路3、ID轉化做GO分析是不能直...
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科研狗，生物信息學
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從官網上下載TCGA數據不知從TCGA下了多少次數據了，每次都像失憶了一樣重新研究……果然凡事都該動筆記下來 TAT本次以肝癌數據為例操作系統：MAC OS 1. 登陸TCGA網站 https://...
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CondaHTTPError: HTTP 000 CONNECTION FAILED for url <https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda...
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