有時候不得不感慨，時間已經來到了2024年的尾聲，但是對于許多非模式的物種來說，各種工具、數據集、參考等等依然還在寒冬。今天帶大家手動的構建屬于小眾物種的富集分析全攻略。 1...
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【生信實戰】最詳細的非模式物種的GO/KEGG富集分析全攻略
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@dab0d5db93de 關于這個其實官網提到了，The fq2bam tool requires at least 38 GB of GPU memory by default; the --low-memory option will reduce this to 16 GB of GPU memory at the cost of slower processing.
可以使用--low-memory參數，這樣可以在16GB的顯存下計算GATK太慢？利用GPU加速讓WGS/WES分析按分鐘交付
目前，隨著測序成本的降低，越來越多的WGS/WES項目開始普及，也更多的課題組擁有自己的服務器，但是大數據帶來的計算緩慢問題也越發凸顯。這里和大家分享基于英偉達GPU的 Cl...
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免費使用，提供付費的商業支持
GATK太慢？利用GPU加速讓WGS/WES分析按分鐘交付
目前，隨著測序成本的降低，越來越多的WGS/WES項目開始普及，也更多的課題組擁有自己的服務器，但是大數據帶來的計算緩慢問題也越發凸顯。這里和大家分享基于英偉達GPU的 Cl...
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【生信實戰】從馬賽克到4K，極度震撼的Visium HD空間轉錄組近日10X終于發布了他們擁有亞細胞分辨率的空間轉錄組產品，并給出了一些列的測試數據。今天帶大家進行一些基本的探索與實戰 1 數據下載 這里筆者選擇了10X給到的小鼠的腦組織進...
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單細胞VDJ分析背景知識背景：單細胞VDJ的背景、原理等。 1.為什么做單細胞VDJ？ 理論上生物體內的基因組DNA是完全相同的，除了腫瘤細胞會發生頻繁的DNA突變。因此，常規的單細胞研究不用關心D...
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【生信實戰】空間轉錄組反卷積——帶你了解Spot里究竟都有點啥細胞隨著空間轉錄組技術的普及，越來越多的課題開始使用這一技術。當前，以10X Visium為代表的空間轉錄組技術是目前最常見的技術。然而，10X Visium由于技術本身的局限性...
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【生信實戰】scRNA單細胞/ST空間轉錄組細胞注釋完全指導手冊隨著單細胞技術的發展和普及，越來越多的課題組開始使用單細胞技術進行自己的課題研究。然而，在單細胞的注釋上，商業公司提供的流程化注釋往往難以滿足實際的需求，甚至得到牛頭不對馬嘴...
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GATK太慢？利用GPU加速讓WGS/WES分析按分鐘交付目前，隨著測序成本的降低，越來越多的WGS/WES項目開始普及，也更多的課題組擁有自己的服務器，但是大數據帶來的計算緩慢問題也越發凸顯。這里和大家分享基于英偉達GPU的 Cl...
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TCGA數據差異分析后生存分析（批量單因素cox回歸/Lasso篩選，多因素cox建模，時間依賴ROC曲線及KM plot可視化）測序上游分析系列： mRNA-seq轉錄組二代測序從raw reads到表達矩陣：上中游分析pipelinemiRNA-seq小RNA高通量測序pipeline：從raw r...
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14高通量測序-edgeR and DESeq2, part2-獨立過濾edgeR and DESeq2, part2-獨立過濾 ? 過濾低read計數的基因，又名獨立過濾(Independent Filtering)。 ? ...
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空間轉錄組的幾個分析要點及經典文獻分享作者，Evil Genius~~ 空間轉錄組的運用方向：轉錄、蛋白 ST最適合回答三種生物問題：首先可以闡明組織的細胞類型組成；第二類問題與細胞相互作用有關；最后可以幫助闡明...
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brew lust gcc路徑中gcc后面跟著的大版本就是
如何在MAC M1芯片上安裝R的Bioconductor包
蘋果的m1芯片已經出到了第二代的m1pro/max版本了，不少同學也是用上了新的macbook，m1芯片的優點我們已經有目共睹。雖然新版本的R的新版本和cran上的標準包如g...
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用readxl包里面有read_excel
【R實戰】如何優雅智能的畫出帶標注的火山圖
本來說這期是要更新LncRNA鑒定思路的，但是看到上一期人氣低迷，就暫時晚點在弄了，這次就來跟大家分享一下火山圖 什么是火山圖？ 顧名思義，火山圖就是一個長得有點像火山的圖形...
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已知的直接通過gtf去選擇類型為lncRNA的，然后可以用gffread提取已知的序列。當然這個和不同的gtf有關，需要你自己先去觀察你的gtf哪類是lnc
【轉錄組學】LncRNA鑒定思路與軟件比較分析
1.非編碼RNA簡介 非編碼RNA是一類被認為不具備編碼能力RNA，目前已知的已經有十多種，主要包括了：小RNA(sRNA) <40nt、小干擾RNA、miRNA(18-24...
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一文闡述鏈特異性測序——stranded? reverse-stranded? un-stranded?小小的眼睛里，裝著……大大的疑惑 全文2800字，傷腦筋…… 今天嘗試把自己對于 stranded、reverse-stranded、un-stranded 這個問題的理解給...
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【生信基礎】深入理解FPKM/TPM，只有GTF文件如何將count轉為FPKM/TPM相信學習生信的小伙伴不難發現，在定量的時候大多的文章或者公司的結果都有這幾種定量的方式：FPKM（RPKM），TPM，CPM(RPM)還有count等等，這些究竟該如何使用，...
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【生信實戰】只會GO/KEGG，何不試試Reactome數據庫進行富集分析REACTOME 是一個開源、放開、人工整理并經過同行評審的通路數據庫。目標是為各個通路提供可視化、可解釋的分析，以支持基礎研究、臨床研究、基因組分析、建模、系統生物學等。 ...
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data.table簡介
data.table語法介紹 因為這篇文章主要是data.table，所以在詳細對比之前，先來介紹一下dplyr的情況 dplyr的優點在于語法優雅，符合人的邏輯，簡單易懂；...