數據好不好，影響到結果的準確性，所以我們要來對數據進行過濾，過濾前，我們應該對數據的部分特征進行統計描述，以此為依據來進行過濾。 這里介紹的幾個...
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2018-11-01GWAS實戰（四）plink 進階之數據過濾 -
GWAS全基因組關聯分析流程（BWA+samtools+gatk+Plink+Admixture+Tassel）
我梳理了GWAS全基因組關聯分析的整個流程，并提供了基本的命令，用到的軟件包括BWA、samtools、gatk、Plink、Admixture...
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Fst的含義、計算與應用一、Fst含義 群體間遺傳分化指數（Fst）：是種群分化和遺傳距離的一種衡量方法，分化指數越大，差異越大。Fst居于０~1之間，越接近1表示兩個...
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跟著Nature Genetics學畫圖：R語言ggplot2畫點和連線展示群體間Fst值和群體內Pi值看論文 Genomic insights into the origin, domestication and diversification ...
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2021-01-03如何繪制選擇性清除圖（fst、pi、tajimad等）、）一、轉載https://blog.csdn.net/yangl7/article/details/109323644 vcftools --vc...
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基于VCF文件做基因滲入分析(Dsuite)Dsuite軟件文章：Malinsky, M., Matschiner, M. and Svardal, H. (2021) Dsuite ‐ ...
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泛基因組分析流程ppsPCP
論文 https://academic.oup.com/bioinformatics/article/35/20/4156/5372683?lo...
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潛在因素混合模型：LFMM—— R包lfmm在自然群體（區別于強人工選擇）中，如果我們感興趣的數量性狀表現出與特定的地理環境變量有高度的關聯性，隨著環境變量的改變而變化，則這些環境變量往往...
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基于圖形泛基因組的Reads比對的審閱與可視化最近研究中遇到個問題，就是翻來覆去似乎并沒有找到類似IGV那種看read比對的基于圖型泛基因組的基因組瀏覽器emmm。。 因此，我們決定，自己做...
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bwa+samtools+picardtools+GATK call SNP 流程call SNP GATK bwa+samtools 參考文檔 一、原始數據處理 測序得到的RAW DATA，使用NGSQCTool...
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