最近研究中遇到個問題，就是翻來覆去似乎并沒有找到類似IGV那種看read比對的基于圖型泛基因組的基因組瀏覽器emmm。。
因此，我們決定，自己做一個！
VAG誕生了效果如下and上鏈接 （https://github.com/lipingfangs/VAG）。
怎么說呢？這是一個以圖形泛基因組作為參考的基因組比對的瀏覽器，提供從區間提取到可視化的一站式服務。還支持利用Pair-end信息過濾False-Positive tracks or Segements in Graph（其實就是是提供reliable比對區間的參考的意思）。
針對現在比較多圖形泛基因組都會做群體PAV的一個分型，我們也集成些方法能夠將群體間的PAV frequency（差異）展示在圖形泛基因組中。比如下面水稻秈梗分化的一些分化位點的示例:
順手（花大力氣）也做了一個的用戶友好型的web-sever（https://ricegenomichjx.xiaomy.net/VAG/sequenceextraction.php）來讓有關的朋友們上傳文件+點點點點就可以完成操作。
如果您在使用中有任何問題或意見，歡迎與作者聯系(fangping.li@scau.edu.cn)，我們會及時回復!
如果軟件參與您的研究，請引用論文:
Visualization and review of reads alignment on the graphical pan-genome with VAG Fangping Li, Haifei Hu, Zitong Xiao, Jingming Wang, Jieying Liu, Deshu Zhao, Yu Fu, Yijun Wang, Xue Yuan, Suhong Bu, Xiaofan Zhou, Junliang Zhao, Shaokui Wang bioRxiv 2023.01.20.524849; doi: https://doi.org/10.1101/2023.01.20.524849,
非常感謝。
