KEGG Drug 數據庫

kegg drug 數據庫是一個藥物相關信息的綜合數據庫,包括了在日本,美國,歐洲上市的的藥物。所有在日本上市的藥物,不論處方藥還是非處方藥,包括天然藥物和中藥,都會在Drug 數據中有對應的記錄;對于在美國和歐洲上市的藥物, 只有一部分處方藥的信息在drug 數據庫中有記錄。

根據化學結果和化學組分的不同,將藥物進行區分 ,酶中藥物 用D number 進行標識,比如 D014441 , 是一種作用于慢性粒細胞白血病的藥物。對于每種藥物,記錄了其通用名,化學結構,靶標基因,相關的代謝酶,轉運蛋白等各種信息,以D014441 為例,來詳細看下。

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字段 含義
Entry D number
Name 通用名和注冊的商品名
Products Generic DailyMed 數據庫的鏈接
Formula 分子式
Exact mass 質量
Mol Weight 分子量
Structure 化學結構
Simcomp 結構相近的其他分子
Class DGROUP 數據庫定義的分類
Efficacy Diseasee 作用的疾病
Target Pathway 藥物的靶標對應的人類基因和這些靶標參與的通路
Metabolism 藥物代謝相關的酶
Structure map pathway數據庫的通路圖
Brite 在brite 數據庫中的分類信息

在結構相似性和功能相似性的基礎上,建立了KEGG DGROUP 數據庫,對藥物進行了分類,每個group 用DG 編號開頭。在DGROUP 數據庫中,有兩種類型的group:

1. 第一種下面只包含對應的藥物,這些藥物的化學結構相近, 比如DG00710包含D08066D01441 兩種藥物

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2. 第二種group還會包含下一級的group,這種其實是按照功能,分成了不同的層級,比如DG01918 同時包含了藥物D10223和group DG01917;

除了KEGG DGROUP 數據庫,brite 數據庫也有藥物的分類信息,但是分類的標準特別多。

很多的新藥,其實只是在已有藥物的基礎上,保留核心的化學結構,其他基團稍作變化而成的,了解這種化學結構的變化,可以為我們在藥物開發領域提供一定的參考。所以kegg 專門在pathway 數據庫中,將各種藥物化學結構的轉變繪制了對應的通路圖,叫做Structure map , 所有是Structure map組成了pathway 數據庫中的一大類別,叫做 Drug Development。

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map07011 對應的圖片如下

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總結

1. drug是藥物相關信息的綜合性數據庫,涵蓋了所有在日本上市的藥物以及部分在美國和歐洲上市的處方藥;
2. 根據化學結構的不同,對每種藥物進行區分,用D Number 來唯一標識每種藥物,在數據庫中記錄了藥物的化學結構,靶標基因,代謝相關的酶等基本信息;
3. 對于藥物的分類,KEGG GROUP 數據庫根據結構和功能的相似性對藥物進行分類,brite數據庫則提供了更加多的分類標準;
4. 關于不同藥物間化學結構的改變,在pathways數據庫中專門有一個叫做Drug Development的類別來進行記錄;

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