事情源于，我在寫腳本的時候，在腳本里面插入了一句 conda activate 環(huán)境名, 然后出現(xiàn)如下的報錯提示
CommandNotFoundError: Your shell has not been properly configured to use 'conda activate'.
To initialize your shell, run
$ conda init <SHELL_NAME>
Currently supported shells are:
- bash
- fish
- tcsh
- xonsh
- zsh
- powershell
See 'conda init --help' for more information and options.
IMPORTANT: You may need to close and restart your shell after running 'conda init'.
conda認(rèn)為我沒有初始化環(huán)境，我腳本是在bash環(huán)境下運(yùn)行的，我也用conda init bash初始化過。因此，問題肯定不是出在這里。
利用關(guān)鍵詞"conda activate in bash script"檢索，我找到了兩種解決方法。
方法1: 在腳本中多加一句
source $HOME/miniconda/etc/profile.d/conda.sh
注意，我的conda是安裝在家目錄下的miniconda目錄中，對于非家目錄的安裝方式，要修改 $HOME/miniconda。
方法2: 我們可以通過 conda run 來運(yùn)行給定環(huán)境下的命令，假如，我們安裝了一個環(huán)境rna-seq, 里面有一個程序叫做STAR, 我們可以隨便寫一個tmp.sh腳本，內(nèi)容為
conda run -n rna-seq STAR --help
那么，此時運(yùn)行 bash tmp.sh 就不會報錯。也就是說，你并不是一定要用conda activate 啟動環(huán)境，才能調(diào)用命令，你其實(shí)可以調(diào)用某個環(huán)境的給定指令。
方法2相對于方法1有個非常大的優(yōu)勢，那就是，如果你有多個不同python版本的環(huán)境，你不用擔(dān)心寫腳本的時候?qū)懥藛樱峭藢懲顺觥Ｄ阒恍枰谠瓉淼拇a前加上一句， conda run -n 環(huán)境名。
