1. 下載所需樣本的maf文件
網(wǎng)址：https://portal.gdc.cancer.gov/
simple nucleotide varaition→masked somatic mutation→感興趣的癌種→cart下載
2. 整理成一個maf文件
參考：http://www.lxweimin.com/p/718fd6d34696
3. 將maf文件轉(zhuǎn)換成0-1突變矩陣
maf <- maf[maf$Variant_Classification != "Silent", ] # Filter silent mutation
mut <- pmin(table(maf$Hugo_Symbol, maf$Tumor_Sample_Barcode), 1)
mut <- as.data.frame(mut)
mut <- dcast(mut, formula = Var1 ~ Var2)
rownames(mut) <- mut$Var1; mut <- dplyr::select(mut, -Var1)
# mut[1:5,1:5]
完成。
