記得小時候掉到餐桌上的小丸子，再抓起來吃的話，大人會打手手，并告知上面有細菌哦。這是對微生物最開始的認識，雖然沒有像”化學物品“那么可怕，但是微生物似乎和不干凈聯系到一起。直到自己真的學習了相關的課程之后才知道原來在自然界和動物生物體內原來起著如此大的作用。2017年開始我的第一份工作，做的就與微生物組相關：應用高通量測序技術分析環境（生物的和生態的）微生物組。這些年也看到了微生物組從基礎研究到臨床應用的演進過程，剛好借助這本書的導圖來回顧一番：
本書關注點在腸道微生物組，這方面的基礎研究和應用都的確是最廣泛的，但是人體微生物組的概念要比腸道微生物組大得多，如皮膚微生物，口腔微生物。還記得我們介紹過的人類口腔微生物組數據庫（eHOMD）簡介嗎？但是研究的一般方法和工具是通用的，包括目前比較火的mNGS在病原微生物檢測中的應用。
在讀本書的過程中感受較深的qiime2平臺的上線，因為2018年的時候有老師要求換掉qiime1.9的分析結果，用新版的再分析一次。盡管兩者的基本流程：質控比對注釋統計分析沒有變，但是qiime2的推出也反映微生物組數據分析的成熟。不僅體現在NGS方法的成熟，還體現在數據分析概念方法與工具的成熟，這也為醫學微生物組在臨床中的應用提供了保障。2019年新冠肺炎的檢測中mNGS技術功不可沒，也催生了許多做病原菌檢測的企業，我們看到微生物組從基礎研究到消費級產品發展的趨勢。
作為一篇讀書筆記，不能只談個人感受而不論書籍本身吧。
這本書是我讀的第三本有服務公司推出的微生物分析工具書，第一本是諾禾的《高通量測序與大數據分析》系列，第二本是基迪奧《微生物研究寶典》。這三本書的主要的立腳點都是面向基礎研究的，但是程度有所不同。而聯川的這本《醫學微生物組實戰指南》則側重在醫學方向，而且如導圖的目錄所示：既有25個里程碑事件又有mNGS在病原菌檢測中的應用這樣的內容，顯得更貼近應用一些。
在這本書的讀后感里面寫一些單細胞轉錄數據分析的啟發是不是不太好？管他呢，咱就寫：
- 生態學的三個基本問題：
Who is there（有哪些細胞類型？）
What can they do（這些細胞類型可以做什么？細胞類型特異性的XXX）
What are they doing（在當前的臨床條件下這些細胞正在做什么，細胞間通訊，基因調控等）
發現沒有，毫無違和感。
- 微生物組測序的核心問題及其對應的單細胞數據分析的核心問題
可見在單細胞水平上的許多核心問題其實可以從生態學中找到模體。簡而言之，這本《醫學微生物組實戰指南》確實是一本開卷有益的書籍，勾起了我一段回憶也思考了目前所作的單細胞數據分析。
