先列出大綱，內容填充中，鏈接填充中，大綱也根據情況不定時更新

• 畢業論文相關word的技能-v1

• 生信分析數據下載篇

  • 生信分析數據下載篇①GEO 數據下載
    • 生信分析數據下載篇①GEO 數據下載之官網下
    • 生信分析數據下載篇①GEO 數據下載值sangerbox下
    • 生信分析數據下載篇①GEO 數據下載R包下
  • 生信分析數據下載篇②TCGA數據下載
    • 生信分析數據下載篇②TCGA數據下載之R包TCGAbiolink
    • 生信分析數據下載篇②TCGA數據下載之網站xx-ucsc firehose cbioportal
    • 生信分析數據下載篇②TCGA數據下載之小工具sangerbox
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• 生信分析數據預處理篇

  • 探針注釋基因（GEO數據 R包/R代碼）
  • 探針注釋基因（TCGA：sangerbox/R包）

• 生信分析差異分析篇

  • FC
    • 倍數法（Fold change）R代碼實現
  • T-test
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• 生信分析之富集篇

  • go 富集
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    • DAVID
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  • 官方軟件

• gsva

  • GSVA: gene set variation analysis for microarray and RNA-Seq data

• 富集整合clusterprofiler詳細介紹

• 生信分析之聚類方法

  • 距離測度？
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  • 層次聚類
  • kmeans?
  • ...

• 生信分析之生存分析篇

  • 生存數據
  • cox單因素
  • cox多因素
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• 生信分析之可視化篇

  • 火山圖
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  • 小提琴圖
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  • 互作網絡繪制
  • cytoscape介紹
  • z-scorebarplot
  • 更多可視化文章:請訪問生信可視化專題:http://www.lxweimin.com/c/5ffe0f7e0561

• 生信分析之bioconductor流程

  • 十幾個流程翻譯

• 生信分析之子通路識別

  • esea
  • 思瑤師姐提到的幾篇文章
  • MiRSEA identify the pathways regulated by dysfunctional miRNAs
  • LncRNA2PATHWAY
  • Inference of patient-specific subpathway activities reveals a functional signature associated with the prognosis of patients?with breast cancer
  • 【ICDS:】Identification of cancer dysfunctional subpathway by integrating DNA-methylation, copy number variation, and gene-expression data
  • R包ICDS使用簡介

• 生信基礎知識之標準化問題

  • 批次效應的概念
  • 標準化RMA算法、MAS5.0算法、dChip算法、LVS算法
  • 1.標準化①基因表達譜數據標準化問題(RMA算法、MAS5.0算法、dChip算法、LVS算法)
  • 2.標準化②甲基化數據標準化問題（Quantile算法、Lowess算法）
  • 3.標準化③拷貝數數據標準化問題
  • 4.標準化④各大標準化方法的R代碼實現

• 生信基礎知識

  • 1. 生物信息z-score解析

• NGS？

  • rnaseq
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  • ...

• GATX4

• samtool....

• 生信分析之學習資料

  • 教程分享
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• 獲取一些公眾號授權:專門把一些系列教程鏈接整合起來

• 哈醫派系的數據庫集合(數據庫數目>30,正在搜集中)

  • 1-4.哈醫數據庫①Lnc2Cancer、Lnc2Meth、LncACTdb、MSDD
  • 5-7.哈醫數據庫②miRSponge、Co-LncRNA、FACER
  • 8-9.哈醫數據庫③LncMAP、LNCat
  • 10-11. 哈醫數據庫④CellMarker、GPA
  • 12-13. 哈醫數據庫⑤TIP、SEECancer
  • 1-13.哈醫數據庫①-⑤小結Lnc2Cancer、Lnc2Meth、LncACTdb、Co-LncRNA、Lncmap、LncCat等數據庫
  • 14-15. 哈醫數據庫⑥LnChrom、DiseaseEnhancer
  • 16-17. 哈醫數據庫⑦miRNA targets、NSDNA
  • 18-19. 哈醫數據庫⑧Ubetis-LncDB、LincSNP
  • 20-21. 哈醫大數據庫⑨LncRNA Ontology、BioM2MetDisease
  • 22-23. 哈醫大數據庫⑩CRADIO-LNCRNAS、IndividualizedPath
  • 24-25. 哈醫數據庫①①cardio_ncrna、lncSubpathway
  • 26. 哈醫數據庫①②HCOC
  • 27-32. [哈醫數據①③FAM、CHG、medic、ncRi、LncMad、MetpriCNet、ncdr](http://www.lxweimin.com/p/8bd4d766bc68
  • 14-32. 哈醫數據庫⑥-①③小結LnChrom、Ubetis-LncDB、LincSNP、LncRNA Ontology、CRADIO-LNCRNAS、LncSubpathway等
  • 4.學習其中幾個框架，嘗試讓自己有建庫實力

• Linux三大件awk sed grep

  • awk
  • sed
  • grep

• Rshiny

• rmarkdown

• rnotebook

• jupyter

• conda

• weka

• docker

• pipeline

• github

• 生信熱點技術

  • cibersort
    • 用R執行cibersort，根據組織的基因表達譜獲取細胞的百分比
    • 若想查看更為詳細的初學教程:含數據下載，預處理，cibersort完整流程可以參看生信小白荼茶的【CIBERSORT】超詳細，從數據下載到數據分析（初學者筆記）
  • 互斥共發生
  • discover

• r包開發技術

  • 《R包開發》讀書筆記

• 報錯解決類

  • 1.報錯解決①EOF within quoted string
  • 2.報錯解決②：replacing previous import ‘graphite::edges’ by ‘igraph::edges’ when loading ‘xxx包’
  • 3.報錯解決③There were 50 or more warnings (use warnings() to see the first 50)
  • 4.報錯解決④Error in matrix non-numeric matrix extent
  • 5.報錯解決⑤Error in matrix non-numeric matrix extent

• 給生信技能樹生信菜鳥團等做一個安卓app？

• 文獻閱讀-做到對文章方法流程的基本了解，不要求達到復現程度

  • 1.DSEA:Drug-set enrichment analysis: a novel tool to investigate drug mode of action
  • 2.【ICDS:】Identification of cancer dysfunctional subpathway by integrating DNA-methylation, copy number variation, and gene-expression data
  • 3.Correlation of Somatic Mutation and Expression Identifies Genes Important in Human Glioblastoma Progression and Survival
  • 4.

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to do list

• 設計一個已完成符號用于區分大綱中已完成和未完成的文章
• 日書千字計劃,起步比較難可以先把目標定在200字，后期逐步提到千字

少一點功利主義的追求，多一點不為什么的堅持--from朱偉老師
別讓二十多歲的年紀虛度-自勉

• 生信婚戀圈搭建（付費加入）
  • 什么？生信婚戀圈上線了！
• 生信網址導航搭建
  • 已完成初稿，待美化UI投遞github綁定域名
  • [網站]生信客部落導航-基礎版上線了！！！
• 生信版知乎搭建（底層使用wecenter）
  • 已完成大部分，待完成，域名備案，推廣等
• 后期計劃：錄制視頻？（免費觀看）
  • 參考前面列的大綱錄制幾期視頻？
• 培養起粉絲群，把自己強化到生信cto程度？
• 以上內容同步到生信客部落公眾號？
• 是否創建一個生信分析的接單投單兼職平臺，用于服務非生信組織的部分生信分析服務（繪圖，分析代碼等）
• 感受
  • 那些年在生信路上所經歷的彷徨-寫于2016年
  • 如對生信的理解
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  • 對...
• 設計一個R code模板（代碼function化）
  • 包含信息：標題、日期、作者、輸入、輸出、參數解釋、函數功能