哈醫數據庫①Lnc2Cancer、Lnc2Meth、LncACTdb、MSDD
- 5.miRSponge
miRSponge簡介
a manually curated database for experimentally supported miRNA sponges and ceRNAs.
miRNA的失調表達可導致破壞增殖，分化和凋亡。新出現的證據表明，miRNA本身受含有miRNA結合位點的內源性分子的調節，例如假基因，長非編碼RNA和環狀RNA。這些競爭性抑制劑被稱為'miRNA海綿'，可以競爭性地隔離miRNA，阻止它們與其天然靶標相互作用。內源性miRNA海綿和靶標或競爭性內源性RNA（ceRNA）動態地起作用以平衡彼此的表達。這種平衡對于各種生理過程很重要，并且破壞可導致病理狀態。統計：經過實驗驗證的miRSponge數據庫（miRSponge）記錄了來自近1000篇文章的手工整理后的11個物種中的576個sponge-miRNA互作和457個ceRNA關聯。海綿類包括內源性生成的分子，如編碼基因、假基因、長非編碼RNA和環狀RNA，以及外源性引入的分子，如病毒RNA和人工工程海綿(such as viral RNAs and artificial engineered sponges)。
大約70％的相互作用是在疾病狀態下通過實驗確定的。 每個條目包含 detailed information on sponges, miRNAs and competing targets, species, miRBase accession, HGNC and GeneCards annotation, tissue distribution, conditions for detection, corresponding literature, PMIDs, a brief description of the sponge-miRNA interaction, and the experimental method。miRSponge提供用戶友好的界面，方便瀏覽，檢索和下載。 此外，miRSponge還提供了新驗證的miRNA-sponges和ceRNA關聯數據的提交頁面。
總之，miRSponge數據庫可以顯著提高我們對不同RNA類別之間轉錄組通信的理解，并為miRNA研究和臨床應用提供及時和有價值的資源。
mirSponge
- 6.Co-LncRNA
Co-LncRNA簡介:
基于人類RNA-Seq數據，研究lncRNA在GO注釋和KEGG通路中的組合效應.（investigating the lncRNA combinatorial effects in GO annotations and KEGG pathways based on human RNA-Seq data.）
Co-LncRNA，這是一種基于Web的計算工具，allows用戶識別可能受單個或多個lncRNA共表達的蛋白質編碼基因（CEG）影響的GO注釋和KEGG通路。目前發布的Co-LncRNA包括涉及28個人組織/細胞系的高通量RNA測序數據，包括來自241個數據集的6,560個個體（29,012個樣品）。基于RNA-Seq數據集的重利用，我們分析了這些RNA-Seq數據以鑒定lncRNA CEG。值得注意的是, Co-LncRNA performs an enrichment analysis of individual/multiple lncRNA(s) CEGs to all known GO annotations and KEGG pathways in individual datset。此外，還開發了一個靈活的查詢引擎，通過對多個數據集的同時分析來生成高置信度輸出。此外，用戶可以上傳自己的數據，以分析特定背景下的lncRNA組合效應。Co-LncRNA是公開的，允許用戶通過不同的搜索標準查詢lncRNAs組合效應。該系統提供基于網絡的應用程序，用于分析GO注釋和KEGG通路中的lncRNA組合效應，這有助于通過lncRNA探索人類復雜的調節。
Co-LncRNA
網站的help部分包含了下方信息：(對網站使用進行了詳細的描述)
help.png相關文獻
Co-LncRNA: investigating the lncRNA combinatorial effects in GO annotations and KEGG pathways based on human RNA-Seq data.
其他資料：
Co-LncRNA:lncRNA與蛋白編碼基因的共表達網絡數據庫
- 7.FACER
FACER簡介
表觀遺傳染色質調節劑的分子和功能的綜合表征（comprehensive molecular and functional characterization of epigenetic chromatin regulators）
FACER (Functional Atlas of Chromatin Epigenetic Regulators) FACER 提供搜索和下載640個功能CRs（33種癌癥類型）的基本信息和多組學特征。
FACER
help部分也提供了詳細的使用幫助。
help-
相關文獻
補充:FACER簡介部分我寫的內容比較少你可以訪問獲取更詳細的FACER的描述文章解讀 |FACER：表觀遺傳染色質調節因子的綜合分子和功能表征
