模塊化之level 1---簡單封裝
Snakemake包裝器存儲庫是可重復(fù)使用包裝器的集合，可用于快速使用Snakemake規(guī)則和工作流中的流行工具
input:
"mapped/{sample}.bam"
output:
"mapped/{sample}.sorted.bam"
params:
"-m 4G"
threads: 8
wrapper:
"0.2.0/bio/samtools/sort"
在這里，Snakemake將自動從https://bitbucket.org/snakemake/snakemake-wrappers/src/0.2.0/bio/samtools/sort/wrapper.py下載相應(yīng)的包裝器。因此，0.2.0可以替換為您要使用的version標(biāo)記或commit id。由于包裝器實現(xiàn)中的更改不會自動傳播到您的工作流程中，因此可確保可重復(fù)性。替代地，例如，對于開發(fā)而言，包裝程序指令還可以指向完整的URL，包括本地URL file://。
每個包裝器都定義必需的軟件包和版本。結(jié)合--use-condaSnakemake 的標(biāo)志，這些將自動部署。
模塊化之level2---大型分析流程的整合
對于應(yīng)集成到通用工作流程中的較大的可重復(fù)使用的部件，建議編寫小的Snakefile，然后通過include語句將其包含在主Snakefile中。在這種設(shè)置中，所有規(guī)則都共享一個公共配置文件。
include: "path/to/other/snakefile"
默認(rèn)的目標(biāo)規(guī)則（通常稱為all-rule）不會受到include的影響。也就是說，無論您有多少個包含在第一個規(guī)則之上的內(nèi)容，它始終將是Snakefile中的第一個規(guī)則。包含是相對于出現(xiàn)它們的Snakefile目錄的。例如，如果以上Snakefile駐留在directory中my/dir，則Snakemake將在處搜索include my/dir/path/to/other/snakefile，而與工作目錄無關(guān)。
模塊化之level 3---構(gòu)建子工作流程
除了包括其他工作流程的規(guī)則外，Snakemake還允許依賴于其他工作流程的輸出作為子工作流程。在執(zhí)行當(dāng)前工作流程之前，將獨立執(zhí)行子工作流程。因此，Snakemake可以確保在必要時創(chuàng)建或更新當(dāng)前工作流程所依賴的所有文件。這允許在原本單獨的數(shù)據(jù)分析之間創(chuàng)建鏈接。
subworkflow otherworkflow:
workdir:
"../path/to/otherworkflow"
snakefile:
"../path/to/otherworkflow/Snakefile"
configfile:
"path/to/custom_configfile.yaml"
rule a:
input:
otherworkflow("test.txt")
output: ...
shell: ...
在這里，子工作流被命名為“ otherworkflow”，它位于工作目錄中../path/to/otherworkflow。snakefile位于同一目錄中，并稱為Snakefile。如果snakefile未為子工作流定義，則假定它位于workdir位置并稱為Snakefile，因此，在上面我們也可以省略snakefile關(guān)鍵字。如果workdir未指定，則假定與當(dāng)前相同。（可選的）定義configfile允許根據(jù)需要參數(shù)化子工作流。從我們依賴的子工作流輸出的文件將標(biāo)有otherworkflow功能（請參見規(guī)則a的輸入）。此功能自動確定文件的絕對路徑（在此處../path/to/otherworkflow/test.txt）。
在執(zhí)行時，snakemake首先嘗試通過執(zhí)行子工作流來創(chuàng)建（或更新，如果需要）test.txt（以及所有其他可能提到的依賴項）。然后執(zhí)行當(dāng)前的工作流程。這也可以遞歸發(fā)生，因為子工作流也可能有其自己的子工作流。
