通過上述操作,可以得到藥物對應基因的信息。
借助cytospace 可以做很多事情
比如做一個美妙的網絡可視化圖
準備數據
network 數據
制作需要導入的文件信息
最簡單的例子:
藥物A
藥物A有對應三個成分:TD1~TD3
不同的成分也對應不同的target
因此表格可以做成下面這樣
為了顯示更加簡潔,我將TCMSP中的MOLID替換為了ID。
導入數據
點擊cytospace 中的這個圖標。
就可以完成導入了。
其中導入后的信息還需要指代信息。其中經常使用的包括:綠色圓圈:信息節點;橙色??圈:靶標節點。
為信息分類
可以多創建一個type 文件,記載了不同節點的具體內涵。
導入到cytospace中
接著便可以在左側的操作板中設置相關的select filter,并設定為type
基準。
便可以做一個統一的處理調節。
除此之外,還可以根據attribute cycle layout
進行布局調節,使其更加好看一些。
但其實還是比較丑,而且只是描述了藥物-靶點的簡單關系。只能作為一個cytospace的簡單嘗試。