之前小編已經給大家推薦過幾個單細胞數據庫：PanglaoDB、CancerSEA...
這次，一次性推薦兩大單細胞經典數據庫：scRNASeqDB和SCPortalen。
scRNASeqDB：第一個人類單細胞轉錄組數據庫
這個數據庫是由美國的研究人員開發的，包含了目前幾乎所有可用的人類單細胞轉錄組數據集（n=38），覆蓋200個人類細胞系或細胞類型和13440個樣本。
scRNASeqDB能做什么？
用戶可根據基因或細胞類型搜索基因表達的信息，同時scRNASeqDB還提供可查詢和可視化工具，包括基因、細胞類型或群體間差異表達基因的注釋信息，另外用戶還可以通過Dataset View功能瀏覽數據庫的數據信息。
按基因名稱搜索
用基因名稱或ID搜索，得到目標基因在各數據集中的表達情況，點擊gene view按鈕，即可查看基因的一般信息、表達的熱圖/盒形圖及列表、與目標基因最相關的100個基因的功能注釋。
按細胞類型搜索
用細胞類型搜索，得到細胞類型相關的數據集列表，點擊細胞類型名稱進入Cell view，用戶可以查看查詢的Cell類型中排序的基因以及該特定Cell類型中兩個基因之間的關系。
Browse
用戶可使用Browse功能通過Dataset View查詢數據集的全面描述信息，通過歸因和降維聚類的方法用于基于數據集構建細胞簇。同時，顯示數據集中兩個細胞類型之間差異表達基因的列表以及差異表達基因的GO和KEGG注釋。
SCPortalen：以人類和小鼠為中心的單細胞數據庫
這個數據庫是由日本的研究人員開發的，涵蓋了人類和小鼠單細胞轉錄組學全面的元數據和轉錄組數據以及細胞圖像信息。
SCPortalen能做什么？
通過SCPortalen的web界面，用戶可以輕松地搜索、瀏覽和下載感興趣的單細胞數據集。
SCPortalen數據庫功能示例
用戶可通過細胞圖像數據集和轉錄組數據集兩個模式使用SCPortalen數據庫，以轉錄組數據集模式為例，點擊進入轉錄組數據集頁面，可以了解數據集的基本信息，數據保存地址，下載PCA，t-SNE等圖片信息，還可以搜索某個基因表達的FPKM值。
以上兩大數據庫中收錄了目前已發表的單細胞數據信息，大家可以下載這些數據自行分析，或利用數據庫自帶的工具查詢驗證自己的實驗結果。??
scRNASeqDB訪問地址：https://bioinfo.uth.edu/scrnaseqdb/.
SCPortalen訪問地址：http://single-cell.clst.riken.jp/.
首發公號：國家基因庫大數據平臺
參考文獻
[1] Cao Y, Zhu J, Jia P, et al. scRNASeqDB: a database for RNA-Seq based gene expression profiles in human single cells[J]. Genes, 2017, 8(12): 368.
[2]?Abugessaisa I, Noguchi S, B?ttcher M, et al. SCPortalen: human and mouse single-cell centric database[J]. Nucleic acids research, 2018, 46(D1): D781-D787.
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