Traditional Chinese Medicine Integrated Database
1. 什么是 TCMID？
中醫藥綜合數據庫是一個提供信息、縮小中醫藥與現代生命科學差距的綜合數據庫。我們收集了有關中藥各方面的信息，包括配方、草藥和草藥成分。我們還收集了現代藥理學和生物醫學所深入研究的藥物、疾病的信息。我們將兩組單獨的知識與藥物靶點或疾病基因/蛋白質進行橋梁連接。
眾所周知，中醫和傳統醫學是基于不同的哲學。但他們都可以治療人類疾病它們的共同方面是，它們都通過化學分子來治療疾病，這些化學分子與與疾病有關的功能失調的蛋白質相互作用。兩套知識的銜接，不僅將促進中醫藥的現代化，而且有助于傳統醫學領域的研究人員發現潛在的新藥和藥物相互作用的機制。
2. TCMID 是如何建造的？
為了將中藥草本成分和它們相互作用的蛋白質聯系起來，我們采用了兩種方法。首先，由于中醫研究的投入日益加大，已經發現了大量的生物活性化合物，并推斷出其相互作用的蛋白質靶點。我們進行了文本挖掘來收集這類信息。其次，現在已經有一些數據庫托管關于復合蛋白相互作用的信息，一些書籍和論文也記錄了有關中藥材及其成分的相關信息。我們手動收集了有關草藥及其成分的信息，然后采用STITCH（一個收集化學物質和蛋白質之間的相互作用的數據庫）將成分（化合物）與蛋白質聯系起來。
3. 中醫國際有限公司與其他中醫網站有什么區別？
雖然有一些數據庫記錄有關中醫的信息，但它們要么只含有少于1500種草藥和少于5000種草本成分，要么缺乏有關蛋白質-復合相互作用的信息。我們的 TCMID 含有 8159 種草藥、46914 種中藥配方和 25210 多種草本成分。
TCMID 的另一個亮點是，它使用草藥和化合物作為橋梁，將 TCM 配方與蛋白質連接。因此，它可用于分析公式的多目標效應，并探索每種公式的潛在分子機制。
我們還將藥草成分與疾病 （OMIM）、藥物 （藥物庫） 聯系起來。它將提供豐富的信息，以幫助研究人員的藥物發現。例如，如果化合物和經批準的藥物瞄準相同的蛋白質，該化合物可能是新藥最有希望的候選藥物。如果化合物和疾病具有相同的蛋白質，含有化合物的藥草可能對此病有一定影響。
4. 如何在 TCMID 中搜索信息？
當前版本中有六種查詢 TCMID 的方法
處方查詢：現在可用的處方信息是中文的，所以用戶可以用漢語拼音的名字搜索處方。
草本查詢：草本可以查詢其名稱在漢語拼音名稱或英文名稱。
成分查詢：查詢都接受復合名稱、STITCH 數據庫 ID、CAS 編號。
疾病查詢：我們已經從 OMIM 收集了疾病信息，因此用戶可以使用 OMIM 表型名稱或表型 ID 進行查詢。
藥物查詢：可以使用藥物名稱及其藥物庫 ID。
目標查詢：接受任何類型的蛋白質名稱或 Uniprot AC ID。
5. 藥草的五個屬性是什么？
藥草有五個屬性。它們是自然，味道，通道性，功能和指示。自然是指基于患者對藥草反應的基本特征，它有四種特性：冷、冷、暖、熱;味道表示藥草對人體的行為，它包括五個字：辣，酸，甜，苦，鹽;通道性研究描述了藥草對身體某一部位的選擇性治療效果，它包括十二種不同的器官：心臟、肝臟、脾臟、肺、腎、胃、大腸、小腸、膀胱、膽囊、腹水、三個加熱器;功能說明了藥草的治療效果的機制。例如，一種常見的藥草"中國安吉莉卡"具有"協調血液"，"調節男性"和"濕潤腸"的功能;指示是指藥草治療的疾病或癥狀。幾種草藥按大師、顧問、士兵和公會的順序組成一個公式，而后來的草本則表示不太重要。
6. 中醫百科全書的數據資源是什么？
處方主要是通過從書籍和發表文章的文本挖掘收集的。草藥信息主要從中醫ID數據庫和文本挖掘中提取。通過梳理來自中藥、TCM-ID和文本挖掘方法的信息，輸入了有關草藥成分的數據TCM@Taiwan，如名稱和結構。從藥物銀行和OMIM檢索到疾病及其相關蛋白質、藥物及其靶點的信息。
SymMap
Nucleic Acids Research, Volume 47, Issue D1, 08 January 2019, Pages D1110–D1117,?https://doi.org/10.1093/nar/gky1021
介紹
SymMap通過內部分子機制和外部符號ptommapping將中醫（TCM）與現代醫學（MM）集成在一起。
它含有499種在中國藥典中注冊的草藥，含有19，595種成分，以及1，717種在中藥（TCM交集）中使用的相應癥狀。這些中醫癥狀被嚴格映射到現代醫學中使用的961個癥狀術語（MM癥狀）。此外，SymMap 收集了這些草藥的關聯目標（基因）和疾病，無論是通過癥狀-疾病關聯，還是通過成分-目標關系。總共列入了4 302個目標和5 235種疾病。
目前，SymMap 提供了大量有關草藥、中醫癥狀、MM 癥狀、成分、靶點和疾病的描述性信息。它還通過直接關聯或間接統計推理，提供這六種組件之間的成對關系。總之，它顯示了一個網絡，用于所有六個組件之間的綜合關系。
YaTCM
YaTCM（另一個中醫數據庫），一個免費的基于網絡的工具包，它提供全面的中醫信息，并配備了分析工具。它包含47，696種天然化合物、6，220種草藥、18，697個目標（包括3，461個治療目標）、1，907個預測目標、390個通路和1，813個處方。YaTCM允許用戶（1）通過相似性搜索和子結構搜索識別對中藥材至關重要的潛在成分，（2）通過通路分析和網絡藥理學分析調查中藥或處方的作用機制，（3）通過多投票化學相似性組合方法預測中藥分子的潛在靶點，（4）探索功能相似的草布對。所有這些功能都可能導致一個系統網絡，用于可視化中醫食譜、草藥、成分、明確或應定蛋白質靶點、通路和疾病。本網絡服務有助于揭示中醫的作用機制，揭示中醫理論的精髓，進而促進藥物的發現過程。
TCMSP - Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform (tcmspw.com)
Jinlong Ru; Peng Li; Jinan Wang; Wei Zhou; Bohui Li; Chao Huang; Pidong Li; Zihu Guo; Weiyang Tao; Yinfeng Yang; Xue Xu; Yan Li; Yonghua Wang; Ling Yang. TCMSP: a database of systems pharmacology for drug discovery from herbal medicines.?J Cheminformatics. 2014 Apr 16;6(1):13.
TCMSP是中草藥獨特的系統藥理學平臺，可以捕捉藥物、靶點和疾病之間的關系。該數據庫包括化學品、靶點和藥物靶點網絡，以及相關的藥物靶點疾病網絡，以及涉及口服生物利用性、藥物性、腸道上皮滲透性、血腦屏障、aq尿溶性等天然化合物的藥代動力學特性。這一突破引發了對各種中藥材候選藥物尋找的新興趣。
