論文是
Environmental factors shaping the gut microbiome in a Dutch population
數據和代碼的github主頁鏈接
https://github.com/GRONINGEN-MICROBIOME-CENTRE/DMP
這個也是數據代碼的下載鏈接，可以看目錄結構
https://zenodo.org/record/5910709#.YmAcp4VBzic
今天的推文重復一下論文中的 Extended Data Fig. 10
image.png
論文中做數據計算和做這個圖定義了一個很長很長的函數，這里只介紹作圖代碼，數據計算的過程我還看不懂
這里主要有兩個數據，一個是熱圖顏色的數據，另外一個是加減號的文本數據，部分示例數據集如下
image.png
image.png
讀取數據
dat01<-read.csv("ExtendedFig10_01.csv",
header=TRUE,
row.names = 1)
dat02<-read.csv("ExtendedFig10_02.csv",
header=TRUE,
row.names = 1)
他這里還設置了一些額外參數，我保存到abc.Rdata這個數據集里了，加載這個數據集
load("abc.Rdata")
作圖代碼
pheatmap(dat01,
annotation_row = NULL,
annotation_names_row = T,
labels_row = rownames(dat01),
legend = T,
show_rownames = T,
cluster_rows = clusterFeatures,
cluster_cols = clusterPhenos,
angle_col = 90,
fontsize_number = textSize,
border_color = "#EEEEEE",
na_col = "white",
fontsize = legendTextSize,
treeheight_row = 0,
treeheight_col = 0,
legend_labels = "sig*log(p-value)",
color = myColor,
fontsize_col = colTextSize,
fontsize_row = rowTextSize,
display_numbers = dat02,
breaks = myBreaks,
cellwidth = cellWidth,
cellheight = cellHeight,
filename = NA)
image.png
這里參數有點多，就不在推文里介紹了，爭取錄制視頻介紹吧
示例數據和代碼可以在公眾號后臺回復 20220531 獲取
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