該劇講述了日本戰國時代，以男兒之名繼承家業的女城主、井伊家的當家人井伊直虎的生平。
第1集 井伊家的少女
屯子里的三個青梅竹馬的小伙伴，阿永（女）、阿鶴（男）、阿龜（男）在村子里魔法師（阿永的叔公--阿永爸爸的叔父）（我不會告訴你他是深夜食堂里的老板？）的教導下學習。其中阿永和阿龜一個姓，都叫井伊，阿永的爸爸是阿龜的侄子，阿龜算是阿永的叔叔，但實際上以兄妹相稱。阿永的爹地是村長，阿永是村花，阿龜的爹也是個村干部。阿鶴他爹是村支書，但是姓小野，背地里勾結縣長今川義元一家，想取井伊一家而代之，可是阿鶴不知道呢。但是目前村子里的形式一片大好，但是小野家的陰謀才剛剛開始。因為阿永他爹只有阿永一個閨女，按常理講女的不能當村長，但又怕大權旁落，決定讓阿永嫁給阿鶴，這樣一來，村長的職位永遠都是井伊家的。但是阿鶴的爹地一封舉報信送到縣長今川義元那里，阿龜他爹第一集就便當啦~古代也要連坐，阿龜也在通緝之列，因此大家決定讓阿龜出去避避風頭。
（阿龜的爹便當）
第2集 懸崖邊上的公主
阿永自然不會讓自己的小情人阿龜白白送死，巧施金蟬脫殼之計助阿龜逃亡，阿鶴的爹地的陰謀實現了一半，想讓阿鶴與阿永結婚，這樣下任村長就是小野家的啦~~~哈哈~~阿永為了阿龜，決心剪掉自己的長發來逃避結婚……
第3集 阿永千鈞一發
阿永的行動引起了今川家的不滿，今川家要阿永來縣城當人質，這時在魔法師的幫助下，以及魔法師的妹妹（阿永的姑奶）和她的女兒瀨名（阿永的表姑）的幫助下，通過一場不要臉的足球比賽（和今川家的）阿永擺脫了成為人質的命運。
第4集 女性的次郎法師
阿永出家，成為次郎法師，跟隨魔法師學習。次郎法師成為了守護井伊家的龍宮小僧。
第5集 龜之丞歸來
九年后，（公元1554）的春天，阿永的未婚夫阿龜回到了屯子里，小情人見面啦。阿鶴長大改名小野政次，惡貫滿盈的阿鶴的爹爹終于走到了生命的盡頭，不過阿鶴可能就要走上他爹的老路了。
第6集 初戀的殊途
阿龜行成人禮，更名井伊直親。直親想讓次郎法師還俗成為自己妻子，但迫于政治壓力不能成功。直親只好迎娶奧山朝利的女兒阿莜，奧山家算是井伊家的旁系。
第7集 檢地來訪
今川家打算查明井伊家的土地，但井伊家想隱瞞自己的土地，在檢察官即將來臨之際，次郎法師在瀨名的助攻下化險為夷。瀨名嫁給了大名鼎鼎的德川家康，不過他此時還是今川家的人質。
第8集 還沒有小嬰兒呢
阿莜和直親婚后4年無子，原來阿莜嫉妒出家的次郎法師。今川義元終于要攻打織田信長，井伊家當然要出兵了。瀨名已為家康誕下一子一女，這次家康也會出兵。
第9集 殞命于桶狹間
歷史上著名的桶狹間發生了，這次今川義元、次郎法師的爹、小野政次的弟弟等許多人都戰死了。家康趁機獨立。阿莜懷孕，小野政次意外殺死了奧山朝利。
（這集中大部分男性角色都領便當了）
第10集 奔跑吧，龍宮小僧
次郎法師一方面保護了小野政次，另一方面拯救了家康的妻子瀨名。阿莜沉浸于喪父之痛，生下一子，就是日后的井伊直政，不過現在的乳名是虎松。不幸的是瀨名的母親自殺了。
第11集 再見了，我的摯愛
此時井伊家的當家人是直親，今川家為他設計了一個陰謀，找人冒充德川家康與之會面，不知其詐的直親上當，由于小野政次的叛變，直親被今川家殺死。
第12集 女城主直虎
此時井伊家的繼承人僅僅是虎松這個幼兒，為了保護他的生命，井伊家的男兒們幾乎都付出了生命的代價。今川家讓小野政次當監護人，但在魔法師的幫助下，次郎法師給自己起了個男人的名字井伊直虎，并順利成為監護人。終于，女城主直虎由此誕生！
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至此，直虎真正成為名正言順的村長代理人，在喪父喪未婚夫自身出家，家族力量衰退之際，直虎接收的實際上是個爛攤子，外有今川家的虎視眈眈，內有小野政次的野心勃勃，繼承人虎松還只是一個孩子，織田、德川、武田的戰國爭霸，又會給井伊這里帶來怎樣的腥風血雨呢？直虎如何做才能保全自己的家族和領土，在戰國大名的壓迫下求得一線生機呢？后面又有那些人物會幫助直虎呢？雖然我們已經大致知道角色最終的歷史命運，知道悲劇的無可避免，但我們都想見證井伊直政的成名之路。本劇的收視率一直不高，從開播以來，還沒有一集的收視率超過第一集，看來女主并不討觀眾的歡心，但收視率應該會比15年的《花燃》稍好些，畢竟后半段織田、德川的崛起，還有瀨名信康之死，本能寺之變等歷史疑云，期待演員們的演繹。
第13集 當城主真辛苦
井伊直虎當上城主后，很多家臣不服她，連阿莜也不肯承認直虎的地位。井伊家因為連年作戰元氣大傷，陷入財政危機中，村民想讓直虎頒發“德政令”（大赦天下），此時一位商人出現在直虎面前——瀨戶方久。
第14集 德政令的去向
直虎想讓瀨戶減免因連年戰亂而欠下的貸款，瀨戶卻回絕了，而且德政令也并非長久之計。直虎決定收方久為家臣，將祝田村作為封地，讓方久幫助村民發展。但是在小野的唆使下，村民直接向今川請愿，而阿莜趁機想剝奪直虎的管理權。
第15集 女城主對女大名
今川家的女領導壽桂尼打算叫直虎來縣里匯報工作，實際上是想半路殺死直虎，小野只想奪權也不忍心看著直虎去送死。但機智的直虎巧施金蟬脫殼之計，終于來到壽桂尼面前，展示村民的請愿書，博得了壽桂尼的歡心，也鞏固了自己的地位。
第16集 棉毛的方案
為了促進村里的發展，提高GDP產量，方久建議在村子里種植棉花，可是井伊家因為連年征戰，人丁不夠。在小野的幫助下，直虎成功地募集了人手，但直虎始終無法原諒小野之前的背叛。
第17集 消失的種子島
直虎看到新式火槍——種子島，想讓村子里的工匠仿造。轉眼間，阿莜的兒子虎松和小野的侄子都在大師處學習，但是虎松卻十分怯弱，在直虎如父親般的鼓勵下，虎松終于成長為小小的男子漢。小野發覺直虎私造武器的事實，偷走了種子島，并向直虎攤牌，要求直虎把村長的職務讓給自己。
第18集 名為背叛的鶴
小野要求直虎和自己一起去駿府縣城說明情況，方久為了證明直虎的清白，搶先一步去縣里說明情況。直虎意識到政次一直以來的所作所為貌似是想爭權奪利，實則是為了保護井伊家的安全，政次要想瞞住敵人首先就要瞞住身邊的人。此外，武田家的嫡長子武田義信被其父武田信玄幽閉，武田義信的妻子是今川義元的女兒，也就是壽桂尼的孫女。行將就木的壽桂尼為了挽救武田-今川同盟，又一次力挽狂瀾，要求武田信玄釋放他的兒子，但這一切都是徒勞。武田義信之死和今川家的滅亡已經是無可挽回的啦。政次雖然被洗白了，但是還要一直偽裝下去。
第19集 罪與罰
壽桂尼大難不死，還在苦苦支撐著今川家，今川-武田聯盟破裂，今川要與德川（現在的松平）結盟，但今川家氣數將盡，歷史上是武田-松平聯手瓜分今川，今川氏真逃到妻子的娘家北條。神秘男偷偷砍伐井伊和附近村子的樹木，結果被抓，還引發了與鄰村的矛盾。直虎想救他一命，政次也暗中幫助。奈何神秘男偷偷越獄，直虎有苦難言。
第20集 私生女
一個聲稱父親是阿龜的女兒高瀨來到井伊認父，阿龜（直親）早已去世，直虎想證實她的身份，小野卻懷疑她是武田的間諜。阿莜和直虎雖然不能原諒直親當時在逃亡中的背叛，卻意外地促成了阿莜和直虎的和好。高瀨唱起了直親當年的曲子，直虎和小野肯定了她的身份。于是高瀨正式成為井伊家的一員。直虎意識到武田-今川聯盟破裂的主謀竟是織田，松平無力與今川結盟幫助對抗武田，武田要與織田結盟，所以今川要與武田結盟一起瓜分今川。
第21集 你的名字
神秘男在無意中綁架了直虎，并向井伊索要贖金，在大家的通力幫助下直虎順利逃脫。直虎和神秘男之間有著奇妙的緣分，神秘男告訴直虎他的名字是云龍丸。直虎邀請云龍丸去砍伐井伊的樹木來賺錢，云龍丸答應了直虎的請求。
第22集 龍與虎
云龍丸帶著他的一幫屬下到了井伊的地盤，開始伐木工作，但是由于之前他們的偷盜習慣引起了原住民的不安。小野建議讓原住民偷學技術，到時候再把云龍丸們趕走。可是愛民如子的直虎不忍心趕他們走，并把云龍丸的遭遇和當年未婚夫直親的經歷聯系起來，想把云龍丸收為家臣。但是之前想抓云龍丸他們的領主前來井伊要人。小野和直虎會如何處理接下來的矛盾呢？
第23集 盜賊兩度偷佛像
井伊家附近村子的村長知道了龍云丸們藏匿在井伊前來找直虎要人，政次派阿夏提前通知龍云丸們逃走。隔壁村的村長聲稱是龍云丸們偷走了他們的佛像，老和尚知道他們是賊喊捉賊，將計就計讓龍云丸把藏起來的佛像放回原處，當面揭穿了他們的陰謀。直虎和龍云丸的感情漸深，想收龍云丸為家臣，但龍云丸卻沒有答應。
第24集 唯有離別才是人生嗎？
本集萬眾矚目的織田大魔王終于上線了，在桶狹間的時候并沒有露臉。公元1567年，信長上洛擁立足利義昭成為幕府將軍。此時今川家的衰退已經是不可避免的了，德川家康名為織田信長的盟友，實則是其家臣?？椞镄砰L要把女兒德姬嫁給德川家康與筑山殿的兒子德川信康，直虎母親家（新野家）的三女兒阿櫻要作為今川的人質嫁給太原雪齋本家的庵原家的兒子，二女兒桔梗要嫁到北條家臣的兒子，直虎的奶媽阿竹年老決定離開，直虎不舍，阿竹的侄女阿梅代替阿竹照顧直虎。
戰國時期的女人們大都作為政治工具嫁來嫁去，身不由己。比如家康的母親和祖母，家康的兒媳阿江與，阿江與的母親阿市，但是最可憐的莫過于家康的妻子筑山殿，是被家康派家臣所殺。
第25集 抱木而飛
今川氏真有感于德川家的威脅，決定打擊和德川家頗有淵源的井伊家。龍云丸們砍伐的木材通過中間商人運往德川，今川家決定以此罪名打擊井伊家。在龍云丸的運作下木材如數交給了今川家，使得今川家不能懷疑井伊家的忠誠。今川家為了打擊武田信玄，解救武田義信，決定聯合北條家一起對武田家斷鹽，而仁義的上杉謙信卻不想以此手段制服武田。
第26集 城是為誰而存在的
今川家把井伊家送來的木材送到氣賀筑城，龍云丸等想阻擾，直虎主動挺身而出，幫助氣賀重新恢復生機。直虎贏得人心，想在氣賀筑城歸井伊管轄。
第27集 氣賀在我手中
時間來到1567年底，武田家的武田義信切腹自殺，這標志著甲駿相三國同盟的正式破裂，武田信玄即將侵占今川的領地，而軟弱無能的今川氏真沉溺于蹴鞠和能樂中，直虎派家臣收買今川家臣，成功得到了統治氣賀的權利并在氣賀筑城。龍云丸等利用氣賀附近的水域，在湖里筑城，利用潮汐原理使城池易守難攻。
第28集 遺愿清單
壽桂尼知道自己大限將至，想為今川家做最后的事情。先是不辭辛苦地拜訪武田信玄，想解救武田義信的妻子阿玲和她的女兒，雖然武田信玄當場沒有答應，在早川殿和北條幻庵的幫助下解救了她們。壽桂尼接見了直虎，并斷言直虎今后肯定會背叛今川家，讓今川氏真殺死直虎。直虎能不能逃過這一劫呢？
第29集 女人的挽歌
公元1568年（永祿11年）3月24日，為今川家盡忠到最后一刻的壽桂尼終于離開了人世，享年80歲，她不會想到短短1年后，今川家就被武田家和德川家聯手瓜分。直虎想讓德川和上杉結盟以遏制武田的野心，可是德川最終與武田結盟，小小的井伊不得不投靠德川，德川讓直虎交出阿莜作為人質，虎松和阿莜不得不含淚作別。
第30集 ?潰敗的諸人
今川氏真貫徹壽桂尼的遺言，認為直虎和政次勾結在一起不可信任，一定要至井伊家于死地，今川氏真下達密令給瀨戶方久，讓他在氣賀準備修筑倉庫。瀨戶方久不得不答應，然而政次在龍云丸的幫助下了解了事情的真相。今川氏真派遣心腹讓直虎下達原來的德政令，百姓們愛戴直虎，決定向今川家請愿收回德政令。氣急敗壞的今川氏真決定殺死虎松，直接讓井伊家絕后。
第31集 虎松的首級
小野突然發難，直虎不得不實施德政令，井伊家族的所有成員被趕出井伊谷。小野作為今川家的代理人，然而今川氏真還是不相信小野的忠心。小野被迫殺死虎松表忠心，在家臣的保護下虎松已經安全逃離，小野殺死了一個病重的男孩作為虎松的代替。直虎對小野雖然信任，但還是有所疑心。不過戰火即將到來，小野和井伊家的命運又會如何呢？
第32集 復仇之火
武田和德川滅亡今川的戰役打響，武田和德川一路勢如破竹，今川的家臣見大勢已去，紛紛投降于武田和德川。直虎與政次商量要依附于德川，但是之前的井伊三人眾搶先向德川投誠，并設計陷害政次。
第33集 被嫌棄的政次的一生
為了救政次，直虎被井伊三人眾抓住，而德川家康在得知武田家已經攻破駿府，趕走今川氏真之后，不能停下腳步處理井伊的家事。為了解決直虎的危機，政次挺身而出，被三人眾抓住殺死。龍云丸想救出政次，政次拒絕他的好意，并囑托龍云丸好好照顧直虎。在政次要被處以碟刑的時刻，直虎強忍悲痛親手將政次用槍刺死，政次死在心愛的人面前，死也瞑目了。。。
約君縱黑白，獨坐待君至。夕陽照斜暉，其間亦可喜。 ——政次的辭世詩
第34集 隱藏于港的龍云丸
直虎在親手殺死政次之后精神恍惚，默默地在下棋，還沒有接受政次已死的事實。德川面臨著兩面夾擊的困境，瀨戶方久向家康獻上武器和糧草，但氣賀又被今川方占領了，瀨戶方久只好逃到德川的領地。龍云丸帶著手下逃到船只上，也被今川家控制住，德川家與今川家在氣賀進行激烈的爭奪，龍云丸的弟兄們紛紛戰死，最后德川家占領了這里。
第35集 蘇醒的人們
龍云丸被直虎救起，在直虎的精心照料下恢復了健康。瀨戶深感自己販賣武器給人們帶來的傷亡，決心剃度出家研習醫術，做起藥材生意。德川家康一路勢如破竹，攻打了今川家的掛川城，與今川氏真議和，今川氏真和妻子早川殿過上了平凡的生活，今川家滅亡了。武田信玄面對德川家康的成功，有所不滿，決定殺殺德川家的威風。
第36集 井伊家最后的一天
面對即將到來的戰爭，直虎已經決定暫時不復興井伊家，并且讓眾人到近藤家和松下家謀生?；⑺?、阿夏等去了松下家，虎松成為松下家的養子；其他家臣和高瀨姬去了近藤家。盡管大家都舍不得，但是為了繼續生存下去，選擇了韜光養晦。龍云丸向直虎表白，二人隱居起來。今川氏真逃到了妻子的娘家北條家，北條-德川-上杉一起對抗武田，達到了暫時的平衡。但是北條氏康的突然死亡，武田-北條重新結盟，今川氏真和早川殿又不得不尋求德川家康的庇護。瀨名姬質問家康為何要滅亡井伊家，家康的母親于大之方出面訓斥了瀨名，并且向家康介紹側室。元龜三年（公元1572年）武田終于出兵上洛，前方的命運又是如何呢？
第37集 武田踏火而來
直虎和龍云丸過上了男耕女織的生活，并想去堺，開始新的生活。瀨戶方久也找到了自己的伴侶，就是直虎母親的侄女，直虎的表妹——菖蒲小姐。可是，武田信玄的上洛野望終于開始了，首先派兵攻打德川家康的遠江領地，武田赤備一路勢不可擋，德川家康向織田信長乞求援兵，可是久盼不至，德川家康想割讓遠江求和。正在此時，織田家派遣大將前來增援，德川家康不得以面對數倍于己的武田大軍，在三方原大敗，屁滾尿流地逃到了濱松城。井伊的地盤被殺死小野的近藤所占，高瀨竟是武田的間諜，武田忍者讓高瀨伺機殺死近藤，高瀨猶豫不決。直虎等人希望近藤投降于武田，但是不肯屈服的近藤，放火燒毀了井伊谷城。
第三十八回 隨井伊而去?
武田信玄得知城池被燒、領民皆逃，下令直接放火燒毀井伊谷城。高瀨向近藤下毒，被直虎識破，直虎和龍云丸看到了高瀨的反常舉動，知道了高瀨是武田的間諜，也原諒了她。壽桂尼的冤魂找武田信玄索命，武田信玄橫死，德川家康順勢大舉反攻。龍云丸去了堺，直虎留下來幫助井伊復興。公元1574年，在直親13周年祭的日子里，虎松歸來了。
第三十九回 虎松的野望
虎松為了振興井伊家，打算去德川家入仕，但是是以生父井伊家的名義，還是以養父松下家的名義，虎松陷入了兩難的境地。德川家康把選擇權交給了虎松，虎松堅定地選擇了井伊家的姓氏，不惜得罪養父松下家。德川家康為他的忠義所感動，將其改名為井伊萬千代，小野的遺孤也被改名為小野萬福。但是，德川家康卻讓虎松去當草履夫——進門看鞋的工作。
第四十回 天正的草履夫
管理草鞋的工作十分辛苦，也收到了德川家臣們的刁難和難為，井伊萬千代很快調整了心態，并且改正了工作方法。直虎本來想勸說萬千代恢復松下家的名字，但意外受到德川家康的鄭重接待，并且德川家康因為之前對井伊的見死不救十分遺憾，打算復興井伊家，直虎與未來的天下人家康推心置腹，深受感動?；⑺傻酿B父終于體諒了萬千代的行為，井伊家和松下家合為一體。另一方面，在京都游覽的今川氏真受到信長所邀，為信長表演蹴鞠。今川氏真平靜地接受了殺父仇人信長的邀請，兩家冰釋前嫌。井伊萬千代將這一平凡的工作完成的十分出色，德川家康決定將這個青年培養成德川家出色的武將。
第四十一回 在玄關的一角
井伊萬千代的工作順利進行，德川家康及眾家臣對其才智充分肯定，一個神秘的男人——本多正信出現在萬千代面前，這也是未來在本能寺之變后幫助家康伊勢穿越的重要人物之一。直虎此時正在協調井伊家、松下家、近藤家的關系，家康讓井伊家準備500根木材，直虎寫信告知家康現在井伊歸近藤管轄，讓近藤準備即可。但近藤手下并無擅長伐木之人，這時一直被嫌棄的奧山右衛門大展身手。公元1575年，萬千代15歲了，想參加長筱之戰，但家康拒絕了他。
第四十二回 柵欄佇立于長篠
時間已經來到了公元1575年夏天，根據織田信長的命令，德川-織田聯軍在設樂原利用木材打造了三重木柵欄以抵抗武田家的騎兵赤備，武田勝賴久攻長筱城不下，不聽山縣昌景等老臣的勸告，遺憾敗北，山縣昌景等武田家的重臣相繼戰死，武田家從此一蹶不振，這就是史上有名的長筱之戰?？椞镄砰L想把珍貴的茶碗送給女婿德川信康，但信康婉言謝絕，織田信長有點畏懼自己的女婿。最終織田信長把茶碗送給了近藤家，但近藤認為此過于貴重，送給了龍潭寺。與此同時，井伊萬千代在長濱留守，不辭辛勞，他的努力終于贏得了德川家康及眾家臣們的肯定。
第四十三回 恩賞之彼方
長筱之戰后，需要對有戰功的將領論功行賞，德川家康需要協調各方面的利益，不得不犧牲瀨名和信康的利益，這也為未來二人之死埋下了伏筆。井伊萬千代順利升為了家康身邊的小姓，得到了家康的信任，做好了論功行賞的工作，也代表家康前往岡崎安撫了信康和瀨名。甚兵衛發現井伊家因為伐木出現了山體滑波的現象，直虎和近藤只好尋求松下家的幫助，萬千代幫助畫好了植樹的圖紙，但不肯直接向直虎索要藥材，拜托松下家幫忙索要。1578年，松樹已經種好，但是甚兵衛不幸去世了，這時萬千代和萬福要上戰場的事情傳來，阿夏決定出家為他們祈福，這時直虎的母親生病了。
第四十四回 井伊谷的玫瑰
萬千代和萬福在戰場上立功，成功抓住了潛入家康臥室的武田間諜，被家康授予1萬石的領地，萬千代想趁機恢復井伊家的家名，并且成為家督，直虎對此既感欣慰，又感到無奈。此時，直虎的母親生了重病，自知時日無多，親友們紛紛前來安慰，直虎和萬千代見面后針鋒相對，互不讓步。1578年夏，直虎的母親安詳去世，井伊萬千代成功地在德川家嶄露頭角。隨之而來的是德川信康和瀨名姬無以復加的悲劇。
第四十五回 魔王的祭品?
被萬千代抓住的間諜竟然是信康的侍從，德川家康所率的濱松派與德川信康所率的岡崎派發生了不可調和的矛盾，家康命令信康的家臣不得居住在岡崎城下，信康及其家臣只得拼命殺敵建立功勛。1579年夏，家康的側室生下一子長丸（日后的二代將軍德川秀忠，阿江的第三任丈夫），消息傳到岡崎，筑山殿和信康感到了危機。筑山殿為信康納妾，可側室卻是武田舊臣的女兒?？椞镄砰L不想看到德川家做大，想拉攏德川信康，授予信康官位，信康不想成為信長的棋子，果斷拒絕。信長捏造德姬的信件，在酒井忠次面前指責德川信康勾結武田意圖謀反，酒井忠次為了德川家康只得承認信康謀反。于大之方讓家康殺掉信康，瀨名苦苦哀求，信康卻相信家康會還自己一個清白。
第四十六回 關于惡女?
德川家康想救信康的性命，一方面拜托今川氏真讓德川家與北條家結盟一起對抗武田家，另一方面將信康不斷變更關押地點，以此來拖延時間。但是心急如焚的瀨名為了兒子的性命，要求石川數正偽造自己與武田家勾結的書信，并偽裝成畏罪潛逃的假象。家康看到偽造的書信，明白了瀨名的苦心，一方面要求萬千代讓瀨名躲到直虎那里，一方面派出家臣追殺瀨名。瀨名包攬下所有的罪名，拜托石川數正幫助信康后，慷慨赴死。瀨名的首級被送給了德川家康，今川氏真也趕來，卻見不到瀨名最后一面。德川家康把瀨名的首級獻給信長，信長卻執意要信康的首級，信康無奈自殺。德川家康在短短的一月里喪妻喪子，百感交集，于大之方也為二人的死深感惋惜，直虎鼓勵萬千代代替瀨名和信康繼續照顧家康，萬千代安慰痛苦不堪的家康，使之重新振作起來。
第四十七回 決戰于高天神
家康很快從喪妻喪子的悲痛中走了出來，首先團結了在岡崎城信康原來的家臣，石川數正本來想為瀨名和信康殉死，但被其他家臣救了下來，所有的家臣都團結到了德川家康的身邊。德川想要占領武田攻占的駿河，先要拿下武田在遠江的據點高天神城。家康采用斷水斷糧的策略逼迫武田守軍投降，奈何織田拒絕讓武田投降，家康只好與走投無路的武田對決，最后成功拿下高天神城。井伊萬千代的領地也增加至兩萬石，原來井伊家的家臣中野和新野也成為萬千代的家臣輔佐萬千代。1582年武田家滅亡，德川家如愿加封駿河一國，家康回想當初在駿河當今川人質，與瀨名、信康在一起辛福生活的時光，令人唏噓不已。
第四十八回 信長，濱松來了喲
武田家滅亡后，織田信長率一行人到家康的領地駿河、遠江一帶視察，德川家康不敢怠慢，盛情款待了信長一眾。然而，信長此行的真正目的是調查家康的底細，并回請家康攜家臣前往安土赴宴，趁機殺死家康及其家臣。明智光秀是計劃的具體執行人，并對信長不滿許久，想借刀殺人殺死信長，便把計劃告知了今川氏真，并把自己的兒子交給氏真作為人質。今川氏真覺得把人質放在駿河會被信長所知，便偷偷把孩子送到井伊家。直虎收留了這個來路不明的小孩，并且用計得知氏真的所作所為，直虎與氏真攤牌，氏真把明智光秀的計劃全盤告知。家康與直虎相商，決定參與此次鴻門宴，既是為瀨名信康報仇，也是為了天下太平。
第四十九回 本能寺之變
德川家康一行人如約來到安土城，發現穴山信君一行人也來到了這里，家康不由得懷疑明智光秀是否有詐，但是他們受到了明智光秀的熱情招待，明智光秀告訴家康打算執行暗殺計劃，然而織田信長得知羽柴秀吉進攻四國計劃受挫，要求明智光秀率兵支援，光秀情急之下惹怒了信長，信長當著眾人的面把光秀打得頭破血流。晚上，信長親自招待家康向他表示歉意。與此同時，直虎來到了堺，遇到了九年未見的龍云丸，二人商量起家康的逃亡路線。然而，光秀對于謀反一事猶豫不決，家康也看出信長并無謀害之意，這一切都是光秀自導自演的一出戲。直虎讓龍云丸假裝成從京都逃走的商人，借機騙家康離開，但是本能寺之變還是發生了，家康一行人狼狽逃走，穴山信君被蒙在鼓里，被野武士殺死。家康想為信長報仇，但是考慮到以后未來局勢仍不明朗，家康決定先占領穴山信君的領地。
第五十回 石之繼承者
明智光秀謀反的消息傳來，羽柴秀吉邀請德川家康出兵為信長報仇，家康立即出兵，但是秀吉在短短數日內擊敗光秀，光秀兵敗被殺，家康立即率兵攻打武田舊領。與此同時，直虎和龍云丸告別，龍云丸乘船出海，直虎回到井伊谷要把光秀的兒子——自然安頓好，但是家康的生母于大為了避免德川家再次陷入謀反的嫌疑中，要求萬千代殺死自然，織田家的家臣也得知光秀之子的事情，前來問罪。直虎謊稱自然是信長的私生子，并拿出當年信長賜給井伊的茶碗和信件，織田家臣悻悻離去。直虎在讓自然出家，安排好新野家的桔梗、櫻的出路后，積勞成疾，風寒加重而死，直虎在死前看到了已經去世的直親和小野，還有死于海難的云龍丸。家康、萬千代得知直虎的死訊甚為悲傷，萬千代不負眾望，成功幫助德川與武田締結和約，元服后改名“井伊直政”，也建立了威風凜凜的赤備軍，在小牧山—長久手之戰中擊敗羽柴軍，后來在關原之戰中幫助德川取勝，成為大大名，并輔佐了德川幕府260年，不過這都是后話了。
唯一的遺憾是直虎并沒有看到戰國亂世的真正結束，但是得以看到亂世結束的曙光也是最大的欣慰了。井伊作為亂世中一個地方土豪，沒有辦法像毛利家一樣成為戰國大名，前期受今川家壓迫，后期受武田的侵略，家臣虎視眈眈，外界強敵環伺，最后跟對了成為幕府將軍的德川家，才確保了三百多年來的富貴榮華，可謂來之不易。直虎的一生大多都是在小小的井伊谷城中，家族幾番瀕臨滅絕，但就是在這樣的逆境中才得以涅槃重生，從井伊直親，到小野政次，再到龍云丸，直虎的人生也許并不孤單。
