嘉靖四十一年，申時行以狀元身份開始了他的仕途，時年僅二十七歲。萬歷五年，受到張居正的器重，出任吏部右侍郎，并且進入內閣，接著進為禮部尚書兼文淵閣大學士，萬歷十一年，成為內閣首輔，接著就是九年的首輔生涯。
后世對申時行的評價用一個詞概括，就是“和事佬”，說他是一個首鼠兩端，左右逢源，既無主見，也無能力，更無作為的人。他在皇上面前替百官周全，在百官面前替皇帝說話，到頭來他離職之后，竟無一人說其好處，倒不如褒貶參半的張居正，主要有幾件事：
皇儲問題上，萬歷寵愛的鄭貴妃生下了朱常洵，欲廢長立少，但是不合乎封建禮法的，大臣怕萬歷真的走這步棋，遂推內閣首輔申時行為首，聯名上疏，請立朱常洛為皇儲。萬歷置之不理，申時行徹底明白了萬歷的心意，申時行既想討好皇帝，贊同他廢長立少，又怕此舉得罪公卿大臣。想來想去，他決定采取首鼠兩端的策略，在萬歷面前贊同廢長立少；在群臣面前，則裝作恪守禮法，反對廢長立少。
萬歷十五年開始，萬歷漸漸廢棄朝政，遠離百官，申時行作為內閣首輔，被百官給予最大的希望，去勸說萬歷臨朝，可是申時行雖然預感到萬歷皇帝的退縮，但是卻沒有主動地向皇帝施壓，也沒有同百官向萬歷做抗爭，強烈要求他不要放棄朝政。
萬歷十五年，京察之年，這本是一個極好的機會宣稱他作為大政治家的誠意以及建立威望的時機。京察是張居正搞出來的制度，每六年一次，對全部京官進行考察。張居正憑借這個機會，罷免了大批的京官，安插了眾多心腹，因此也得罪了朝野上下。申時行力主人事上的穩定，京察的結果，只有三十三個被罷免，而且沒有一個是吏部，督察院和翰林院這些敏感機關的人。
萬歷十五年，遼東巡撫注意到建州酋長正在開疆擴土，遂派兵征討，卻出師不利，遂卻引起了朝野上下對巡撫和其部下參政的議論和爭吵，申時行又以和事佬的身份出現調停，他認為這小事不值得引起內外官的不和睦，建議皇上不再作是非可否的追究，于是這位酋長得以為所欲為。這位酋長是誰呢？據當時人記錄，他叫努爾哈赤，若干年后，他的廟號是清太祖。
在文淵閣八年半的任期中，申時行接觸過各種復雜的人和事，他都是以這種“大事化小，小事化了”的辦事方針，但并不能永遠的彌患補闕，相反，有時候會造成嚴重后果，大大超出他的始料所及。
申時行與張居正
張居正可以說是明朝第一首輔，最出色的政治家，沒有之一。它的歷史標簽是政治家、權謀家、天才、權臣、性情中人、心胸狹窄之人……他推行萬歷新政，鞏固了明朝的統治，但他聯合太監，然后毀書院、禁講學、鉗制輿論，以及不算良好的生活作風，幾乎得罪了天下讀書人，他過分重用戚繼光和李成梁，又被言官們所仇視，他為了推行萬歷改革，搞京察，在重要崗位安插親信，排除異己，再次得罪了一大群官員。
然而，“以孤身拯救朱明將傾之廣夏，以孤焰照亮王朝復蘇之通途”，風雨飄搖中大明王朝，如果沒有張居正這般雷厲風行，甚至不擇手段，此時面對著內部腐敗，北方蒙古，海上倭寇，民不聊生，即刻就將傾倒。要改革，就必須要破除舊制度，推行新政策，要推行，就必須要任用親信的人，掃清障礙。救時宰相張居正，他一心想挽救大明王朝于狂瀾，想徹底動搖整個腐敗的官僚體系，然則他的雷厲風行的手段，卻失掉了人和，使自己成為眾矢之的，死后如山倒。
張居正是這樣的一個政治家，而申時行，卻是另外一種政治家。和張居正大刀闊斧的改革相比，實在是過于平靜，以至于有點波瀾不驚，他溫文爾雅，諸事求和。張居正的矛盾斗爭手段可以直接消除矛盾，使自己的改革措施得以推行，但它也使自己走上了擅權專政之路，最終身敗名裂。 申時行采取的是溫和的矛盾和解手段。隱藏矛盾，采取中立態度，從中斡旋，讓“矛”與“盾”趨向和解，以此來消除矛盾。申時行的矛盾和解手段可使人間免遭許多血腥，但它只是表面上消解了矛盾，“矛”與“盾”都還存在，二者時刻都有劍拔弩張的可能。
張居正是變革現狀的意識，申時行則只是在維系現狀。但是最終他們的結果是相同的，都走向了失敗，他們無法認識到本質的矛盾所在，無法理清本質的“矛”與“盾”，這是所有張居正與申時行這些身懷抱負的能臣之悲劇所在。
申時行與文官
科舉制度造就了讀書人，也使得文官自行成了一個具有共同思想的集團。他們無一例外地熟讀四書五經，奉為正宗，全盤接受，因此對事物的看法，也更為一致，他們對仁義禮智信深信不疑，而且推己及人，理想的道德成為了約束別人和自己的標準。但是現實中，他們真的一個個是道德模范嗎，不是的。比如按照他們自己口中的道德，做官就應該勤政廉潔，實際上呢，一部分官員覺得似合法又非法地取一部分額外灰色收入，一部分則搜刮自肥劣跡斑斑，還一部分清高自負，像海瑞一樣，這三者的差別，就是文官中不能和諧的一大原因。
申時行深刻地認識到了理想和事實的脫節，他把這些文官口頭上公認的理想稱為“陽”，把他們不能告人的私欲稱為“陰”，張居正的一個錯誤，就是他忽略了文官的雙重性格，他甚至撇開文官集團自起爐灶，他的所作所為也就無法避免矛盾。而申時行要做的事，就是調和陰陽。對于陽的一面，要鼓勵，對于陰的一面，消除文官不愿公開的私欲是不可能的，他知道各個官員背后的小秘密，私人派系，他深知人性的弱點不能完全避免，與其暴露各人的陰，不如提倡他們的陽。所以，他處處做和事佬，竭力避免皇帝與文官，文官與文官之間的糾紛。
申時行是這樣一個主張“和”的位極人臣的臣子，算是成功地制衡了文官們之間的利益沖突，這在當時張居正事件后，也是當務之急的事情，這是他非常精明的一面，也是張居正所缺少的。但是也給人以軟弱無能的印象。他在位的幾年，沒有突出的政績，也沒有致命的朝廷動蕩，是萬歷一直強調的“無為而治”。
申時行處世方法在某種程度上是對的，畢竟唯有人和才能做事，也正是因為他這種類似潤滑劑作用的人物的出現，才使大明帝國的經濟和民生得以短暫的休養，才能期待以后的發展。然而，他只是調和好了人與人之間的關系，卻沒有利用好這關系去做事情。作為一人之下萬人之上的臣子，不能改變流民失所的狀況，不能改變官僚貪污腐敗的現狀，其本身應該算是個失敗的首輔。
申時行與萬歷
萬歷二年，10歲的朱翊鈞寫下了“責難陳善”四個大字賜給了他的老師申時行，申時行感到了極大的榮幸，盡心盡力輔助皇帝。申時行與萬歷之間，是君臣，也是師生。
申時行是萬歷的首輔，就像是高級顧問，是皇帝與文官之間的聯絡員，他的辦公地點是大明的神經中樞文淵閣，所做的事情，就是以抽象的原則，施用于實際問題，或者說把實際問題抽象化。例如萬歷的批準人事的任免，文淵閣公布原因的時候，總是以道德的名義去掩飾實際的利益，因為法令缺乏對具體問題評判是非的標準，即使有時候對爭執加以裁處，也只能引用經典中抽象道德的名目作為依據。
申時行很清楚大明的矛盾，那就是皇帝與文官，皇權和禮教的不可調和。
多少年呢，文官已經形成了一種強大的力量，強迫坐在寶座上的皇帝在處理政務時摒棄他的個人意志，皇帝沒有辦法抵御這種力量，因為他的權威產生于百官的俯伏跪拜之中，名義上是天子，實際上也受制于延臣。但是皇帝并不是什么天之子，他只不過是一個普通人，被頂上了一個集體中最高統治者的帽子，這個集體中的其他人，都在用儒家思想，用傳統道德來約束，綁架其他人，最高統治者高高在上，是被約束和綁架最深的人。他可以以最高的權威施加給任何人，生殺予奪，無限權力，但是他的一舉一動也都在所有人眼中，會被以道德的標準來衡量，來贊揚，或者來批判。
萬歷慢慢地發現，做一個皇帝是多么的難，當他要冊封他最喜歡女人的鄭氏為皇貴妃，最喜歡的兒子朱常洵為太子時，在大部分文臣看來，這是以幼凌長，不合倫常之道。他慢慢發現自己想做的事情招到群臣反對，這類事如果擱在他爺爺嘉靖身上，那就直接在左順門前將幾百官員按翻了打屁股唄。如果是在他叔伯爺爺正德身上，就不管什么文臣言官，把這些都當耳旁風，嬉游玩樂，追求我的自由去吧，可是萬歷呢，他缺乏叔祖的勇氣，積極性和尋找快樂的樂趣，他選擇了躲起來，心里的愿望難于實現又無法明言，讓他感到了孤獨，對這生活產生了厭倦，從此端坐深宮，任你們鬧去吧。
正德，嘉靖，萬歷，他們的性格都是環境賦予給他的，時光和制度又他塑造至此，這由不得他們。不管哪個皇帝的的選擇，都是皇權和禮教之間不可調和矛盾的產物，不管是哪種結局，這種矛盾都只會越來越激化。要解決，只有讓一方主動退讓，比如他的曾叔祖父弘治就做出來榜樣，弘治謙抑溫和，聽從文臣的擺布，文臣們稱頌他是有道明君。
申時行作為離萬歷最近的人之一，深知萬歷的心思，他本應該以首輔的身份勸說萬歷，然后竭誠幫助年輕的萬歷治理國家，但是他卻沒有，他不愿意主動去打破現狀。如果張居正的改革能和申時行的為人處世相結合，加以小皇帝的配合，萬歷年間，大明朝會向好的方向開始發展。但是無論如何，那只是個假如，事實卻殘酷。從萬歷開始，帝國還是衰退，勢不可擋。
我要做一個什么樣的人呢
夜幕，燈下，申時行獨自坐在窗前，他看著外面無盡漆黑的夜空，陷入了沉思，從我身邊剛剛過去的那些人，徐階，高拱，張居正。這些人都是能臣，他們才華橫溢，治國有方，可是結果呢，或許他們都錯了，或許大明朝現在不需要這樣的人。大明朝剛剛經歷了一場變革，驚恐的氣息還沒有散去，大臣們一個個誠惶誠恐，皇上近日又無心朝政，我要做的，就是想辦法改變這種局面。
申時行知道自己該怎么做了。
天亮了，申時行緩步向文淵閣走去，開始了他第一天首輔的日子。
----《萬歷十五年》讀后感（一）
