常常有讀者朋友在后臺(tái)問(wèn)我，我的qPCR程序如何使用，程序能不能識(shí)別三個(gè)樣本，四個(gè)基因，五個(gè)平行之類(lèi)的

所以今天特地出一個(gè)教程，順便給程序增加了一個(gè)貼心的小功能！

話(huà)不多說(shuō)，我們開(kāi)始咯！

01 數(shù)據(jù)格式

所有的數(shù)據(jù)分析，無(wú)論是計(jì)算還是作圖，數(shù)據(jù)格式都是關(guān)鍵。合適的數(shù)據(jù)格式才能清楚、高效、準(zhǔn)確的表達(dá)數(shù)據(jù)。

我相信，大家很多時(shí)候做qPCR的時(shí)候，表格格式是這樣的：

但是，這樣會(huì)面臨非常大的問(wèn)題，就是平行怎么放？

如果你一定要放，平行自然可以放進(jìn)去，比如三個(gè)平行可以并排橫著或者豎著放進(jìn) ...的位置。

但是，這樣格式的數(shù)據(jù)，限制很大， 比如

你可以很方便的求出平均值嗎?

如果你使用公式計(jì)算，怎么兼容不同平行個(gè)數(shù)的情況?

如果你的樣本有好幾個(gè)水平的處理，又要怎么表示？

結(jié)果，許多同學(xué)的表格就成了這樣：

為了表示用了4種質(zhì)粒，每種質(zhì)粒三種處理，每種處理要測(cè)三個(gè)基因，每個(gè)基因三個(gè)平行（圖中的一個(gè)單元格...，實(shí)際是三個(gè)單元格，一組平行，我偷個(gè)懶）

image.png

不夸張的說(shuō)，我見(jiàn)過(guò)太多這樣的表了。除了看起來(lái)好理解一些，靈活性和表達(dá)能力上欠缺很多。

那要怎么才能清楚、高效，準(zhǔn)確的表達(dá)數(shù)據(jù)呢？

其實(shí)很簡(jiǎn)單，標(biāo)簽化。

什么叫標(biāo)簽化，其實(shí)很簡(jiǎn)單，就是通過(guò)對(duì)每一個(gè)數(shù)值附加標(biāo)簽的方式來(lái)標(biāo)注信息。

比如，我有一次實(shí)驗(yàn)，有2個(gè)樣本，3個(gè)基因，4個(gè)平行，也就是我最后的Ct值有2x3x4 = 24個(gè)值，我們給這24個(gè)值貼標(biāo)簽，每個(gè)值有兩個(gè)標(biāo)簽，分別是對(duì)應(yīng)的樣本和所檢測(cè)的基因。如圖：

image.png

注意，qPCR技術(shù)相對(duì)定量計(jì)算中，因?yàn)槲覀儾粎^(qū)分平行，所以這里不標(biāo)。

我再舉個(gè)例子：（就那用上面的例子，四種質(zhì)粒，三種處理，三個(gè)平行）

image.png

我們使用一列記錄Ct值，一列記錄基因，一列記錄處理?xiàng)l件，還有一列記錄質(zhì)粒等。

大家可以看到，這種方法下數(shù)據(jù)由寬變長(zhǎng)，所以這種數(shù)據(jù)格式也叫長(zhǎng)數(shù)據(jù)格式，利用這個(gè)原理，可以對(duì)每個(gè)孔添加非常多列的信息。

那么，我說(shuō)了那么多，他有哪些好處呢？

• 這樣的數(shù)據(jù)格式支持無(wú)限維度的數(shù)據(jù)，不是只有樣本和基因兩個(gè)維度
• 這樣的數(shù)據(jù)，利用Excel的pivot table可以幾秒計(jì)算每個(gè)分組的均值，方差等
• 這樣的數(shù)據(jù)在主流數(shù)據(jù)編程語(yǔ)言中做統(tǒng)計(jì)和作圖都無(wú)比方便，有時(shí)這種格式是必須的（ggplot）
• 最最重要，絕大多數(shù)的qPCR機(jī)器，ABI或者Roche，導(dǎo)出的數(shù)據(jù)都是這種格式，這就意味著，在使用我的程序時(shí)，你導(dǎo)出數(shù)據(jù)后Ctrl C + V就完事了。

02 統(tǒng)計(jì)計(jì)算

來(lái)到了愉快的一鍵出圖的環(huán)節(jié)了，不過(guò)在開(kāi)始計(jì)算之前，還需要再做一件事，那就是指定內(nèi)參基因和對(duì)照組。

本次更新就非常人性化地自動(dòng)統(tǒng)計(jì)了數(shù)據(jù)表中的基因和樣本，無(wú)需手動(dòng)輸入，只需要在下拉選擇框中點(diǎn)選就可以啦，從此避免了輸錯(cuò)的可能。

然后，輕輕按下計(jì)算鍵！

Demo.gif

本程序?qū)蚝蜆颖静蛔鋈魏蜗拗疲憧梢匀我饷郑我鈹?shù)量，任意平行，甚至某些分組三個(gè)平行，某些兩個(gè)平行（有時(shí)點(diǎn)樣失誤，刪除單個(gè)孔）都不受影響，這就是標(biāo)簽化的數(shù)據(jù)格式帶來(lái)的便利！

另外，該程序不僅可以計(jì)算相對(duì)表達(dá)量（2^-ddCt法），還自動(dòng)出圖，自動(dòng)添加誤差線(xiàn)，自動(dòng)進(jìn)行T-test計(jì)算p值。

有了它，真正讓少兒科研成為可能，小學(xué)生也可以做qPCR數(shù)據(jù)分析啦！

心動(dòng)了嗎？

【qPCR計(jì)算工具】領(lǐng)取，請(qǐng)微信公眾號(hào)后臺(tái)回復(fù)qPCR。

喜歡的話(huà)，記得三連哦！我們下期再見(jiàn)！