大家好，今天開始新的內容，蛋白-蛋白互作網絡（PPI），這里我會更3種方式完成PPI，分別是：string在線制作，Cytoscape軟件、R供大家選擇哦。
因為string在線做的圖比較丑（比如今天的圖），在PPI實際制作中，大家可以用string結合Cytoscape一起做。
今天我們示例用前面分析出來的DEGs做PPI，首先找到我們差異分析中的差異基因，也就是之前保存的diff表格
如果有小伙伴的表格中沒有前面那一列，是因為你當時保存的時候沒有保存基因名字哈，那把保存的R環境打開，再重新保存一邊就行了（第13章中的內容，如下圖標紅的代碼所示一樣的道理，保存diff變量），如果沒保存R文件的，就只有重新跑一遍差異基因哦。
打開string在線網站https://cn.string-db.org/
點擊SEARCH，進入搜索頁面，選擇左側Multiple proteins，多種蛋白
將diff種差異基因名字全部復制到List of names中（或者大家也可以用文件的方式在第二個框中輸入），第三個框物種選擇智人Homo sapiens.(注意：string上不超過2000個基因，格式每一行一個基因名），點擊搜索。
這樣網站會給出每個基因檢索的結果，我們檢查一下對應的蛋白名稱是否正確，如果正確，在前面小方框中打√。
核對完畢后，點擊continue,PPI的圖形就出來了（個人認為比較丑，后期可以用Cytoscape軟件調整一下），在圖形的下方點擊exports即輸出按鈕，可以選擇輸出的形式，第一二個為png,第二個的png質量更高。這里推薦大家把第四個tsv格式下載保存，我們下一章將用這個tsv的文件在Cytoscape中美化及計算。
這下面有幾個功能菜單，我們可以通過Viewers看到目前展示的是網絡
在Legend說明菜單中，我們可以看到節點和連線、蛋白的注釋信息。
在setting設置頁面，就可以對結果進行調整，比如我們minimum required interaction score置信度選擇的0.4，可以將其調整的更高，讓圖形更加緊湊
在Analysis分析頁面，可以看到整個網絡的連線數（邊），節點、GO KEGG等信息
在clusters可以做聚類，這里我們用K值聚類展示一下：
也可以用more/less按鈕增加或者減少網絡中的蛋白。（像我這個網絡中，離散的蛋白（沒有任何連線）比較多，證明這些蛋白與其他蛋白之間的互作關系不太大）
OK，string制作PPI網絡圖就完成了，下一章是Cytoscape軟件繼續做美化以及根據各種算法選擇hub基因/蛋白。
