暑假中，盧修斯·馬爾福的家養(yǎng)小精靈多比警告哈利波特說若哈利回學(xué)校上課那么會處于非常危險的境地，不過哈利沒有理睬這個警告，并努力懇請多比不要使用魔法。
德思禮一家把哈利當(dāng)作罪犯，把他鎖起，直到韋斯萊一家用飛天汽車把他解救出來。哈利和他的好朋友羅恩·韋斯萊度過了一個愉快的暑假。返校的日子到了，韋斯萊一家來到車站，但是哈利和羅恩無論如何都無法進(jìn)入停靠著霍格沃茨特快火車的九又四分之三站臺，無奈之下，他們只好駕駛飛天汽車去學(xué)校。不過，他們在學(xué)校著陸時墜毀，人員沒有傷亡，汽車卻報廢了，羅恩的魔杖也被折斷，損壞了。
有三個人引起了哈利的注意：新的喜歡虛榮的黑魔法防御術(shù)老師吉德羅·洛哈特、一直仰慕哈利的科林·克里維、喜歡攝影的可愛女孩——羅恩的妹妹金妮·韋斯萊。
但是，當(dāng)密室打開之后，學(xué)校里面變得一團(tuán)糟，襲擊事件接連發(fā)生，有些學(xué)生竟被變成了石頭，兇手是誰一直無法查出。相傳，學(xué)校創(chuàng)辦人之一薩拉查·斯萊特林曾經(jīng)在學(xué)校里面建造了一個隱藏的密室，只有他或者斯萊特林的繼承人才知道如何并可以進(jìn)入，這個密室是為了清除學(xué)校中血統(tǒng)不純的學(xué)生而建造的。一時間，人們紛紛認(rèn)為哈利波特是斯萊特林繼承人，是兇手，尤其是哈利是一個蛇佬腔(可以和蛇說話，而蛇正是斯萊特林的象征)之后，大家更是這么認(rèn)為。而整個故事的主線就是，哈利、羅恩、赫敏三個人尋找密室的入口和真正的斯萊特林人。
襲擊事件接連發(fā)生，包括赫敏在內(nèi)的有一些學(xué)生被石化，送往醫(yī)院。一天，金妮被抓進(jìn)了密室——學(xué)校里面的一段墻上留下了“她的尸骨將永遠(yuǎn)留在密室”字樣，危急的時刻到了。
在羅恩的幫助下，哈利終于發(fā)現(xiàn)了密室的入口，并且成功進(jìn)入了密室，而他發(fā)現(xiàn)，打開密室造成襲擊的人是金妮，不過金妮是被控制了而做出這種事情的，是伏地魔(斯萊特林的繼承人，史上最為邪惡的巫師)控制了她。伏地魔在上學(xué)的時候名字叫做湯姆·里德爾，他的一個魂器HP6湯姆·里德爾的日記使金妮受到了控制。
湯姆·里德爾存在日記中的靈魂由于偷去了金妮的生命而強(qiáng)大起來，他放出了蛇怪(能夠使人石化的怪物)對抗哈利，千鈞一發(fā)之時，阿不思·鄧布利多的鳳凰福克斯為哈利送來了戈德里克·格蘭芬多(學(xué)校創(chuàng)始人之一)的劍，福克斯啄瞎了蛇怪，使它無法石化哈利，哈利用劍殺死了蛇怪。湯姆·里德爾敗陣下來，金妮恢復(fù)了生命，魂器HP6-日記被哈里毀掉。
這本日記是盧修斯·馬爾福在開學(xué)之前偷偷藏在金妮的書袋中的，但是哈利不掌握能證明這一點(diǎn)的證據(jù)，不能指控盧修斯·馬爾福，哈利把一只舊襪夾在殘破的日記中交給盧修斯·馬爾福，盧修斯非常生氣，順手把裝有日記連同其中的舊襪子拋給了他的家養(yǎng)小精靈多比，按照傳統(tǒng)慣例，主人把衣物送給家養(yǎng)小精靈代表給予它們自由，因?yàn)橐m子好歹也算做衣物，所以多比就自由了，它非常感激哈利。
吉德羅·洛哈特其實(shí)只會吹噓、沒有真正本領(lǐng)這一點(diǎn)被哈利和羅恩發(fā)現(xiàn)，當(dāng)吉德羅想要加害于他們時卻因?yàn)檎`使了羅恩的損壞了的、會回火的魔杖而令自己失憶，后來一直生活在醫(yī)院中。顯然，他不能繼續(xù)擔(dān)任黑魔法防御術(shù)老師。
學(xué)期快結(jié)束了，斯普勞特教授培育的曼德拉草成熟了，救活了所有被石化的同學(xué)，海格也被釋放了。哈利在霍格沃茨度過的第二年在驚險中度過了。
雖然一開始哈利就很有名，但是他并沒有依靠自己的特殊能力保護(hù)自己，這一點(diǎn)給人留下了深刻的印象。哈利把每一刻都當(dāng)作是下一次對他意志和勇氣考驗(yàn)的推動力，他為塑造自己的生活做出選擇，而不是甘心接受命運(yùn)的擺布。
