運行環境：
conda 4.10.3
conda create -n chipseq python=3.6
conda install -c bioconda parallel-fastq-dump
conda install -y trim-galore
數據文件：從NCBI上下載
wget https://sra-pub-run-odp.s3.amazonaws.com/sra/SRR8557351/SRR8557351
將該數據下載后，經過parallel-fastq-dump轉化成fastq.gz
mv SRR8557351 IP_H33K
mkdir fastq
parallel-fastq-dump --sra-id IP_H33K --threads 10 --outdir fastq/ --split-files --gzip
進行fastqc質控
mkdir fastqc
fastqc -o fastqc/ -t 10 IP_H33K_1.fastq.gz
出現了如下報錯：
/home/miniconda3/envs/chipseq/bin/java: 8: Syntax error: Unterminated quoted string
咨詢大佬后表示可能是java編譯環境出問題，軟件與java環境不兼容
卸載java和miniconda后重新安裝最新版本java和anaconda，報錯依舊存在
仔細查看下parallel-fastq-dump和trim-galore軟件中的java相應依賴包的文件，發現版本原來是之前清華鏡像源上的，盡管能下載，但是下載下來的版本沖突，更換channels
conda config --add channels conda-forge
conda config --add channels defaults
conda config --add channels r
conda config --add channels bioconda
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
更換后重新走一遍上面的流程，盡管fastqc可以運行，但是同樣報錯：undefined symbol：FT_Done_MM_Var
這個問題就好解決了，應該是libfontconfig.so.1版本的問題，具體解決方式簡書上可以輕松搜索到，
更換軟連接為libfontconfig.so.1.9后解決。
再次嘗試fastqc
Started analysis of IP_H33K_1.fastq.gz
Approx 5% complete for IP_H33K_1.fastq.gz
Approx 10% complete for IP_H33K_1.fastq.gz
Approx 15% complete for IP_H33K_1.fastq.gz
Approx 20% complete for IP_H33K_1.fastq.gz
Approx 25% complete for IP_H33K_1.fastq.gz
Approx 30% complete for IP_H33K_1.fastq.gz
Approx 35% complete for IP_H33K_1.fastq.gz
Approx 40% complete for IP_H33K_1.fastq.gz
Approx 45% complete for IP_H33K_1.fastq.gz
Approx 50% complete for IP_H33K_1.fastq.gz
Approx 55% complete for IP_H33K_1.fastq.gz
Approx 60% complete for IP_H33K_1.fastq.gz
Approx 65% complete for IP_H33K_1.fastq.gz
Approx 70% complete for IP_H33K_1.fastq.gz
Approx 75% complete for IP_H33K_1.fastq.gz
Approx 80% complete for IP_H33K_1.fastq.gz
Approx 85% complete for IP_H33K_1.fastq.gz
Approx 90% complete for IP_H33K_1.fastq.gz
Approx 95% complete for IP_H33K_1.fastq.gz
Analysis complete for IP_H33K_1.fastq.gz
(chipseq) root@ubuntu:/test/fastq#
搞定！
（補充：這類問題后來詢問了個做linux的大佬，大佬的回應是虛擬機太菜了，因為本人是之前用的閹割版虛擬機，后來裝了VMware，用的ubuntu18.4版本，anaconda也安裝了一個比較穩定的4.8.4版本，運行起來更為流暢，不得不說閹割版虛擬機害人不淺呀！）
