6、
皇帝親率諸軍出屯南皇堂。七月三日夜，招募壯士，派將軍段秀、中軍司馬曹渾等率甲卒一千人渡過秦淮河，乘叛軍未備，發動突襲。此日黎明，戰于越城，大破叛軍，斬其前鋒將領何康。段秀，是段匹磾的弟弟。
王敦聽說王含戰敗，大怒道：“我這哥哥，簡直是像個糟老太婆！家門衰落。大勢已去矣！”轉頭對參軍呂寶說：“我應該親自去。”于是作勢而起，但困乏難支，又躺下來，對他的舅舅、少府羊鑒及王應說：“我死之后，王應即刻即位，先立朝廷百官，然后再安排葬事。”王敦尋即去世，王應秘不發喪，用席子裹起尸體，外面涂蠟，埋在議事廳中，與諸葛瑤等日夜縱酒淫樂。
皇帝派吳興人沈楨去游說沈充，許諾他為司空。沈充說：“三司是國家瞻望的重臣，豈是我能擔任的！賄賂太厚，說話太甜，這是古人所畏懼的。況且大丈夫與人共事，應該始終如一，豈可中途改變，那誰還能容我呢！”遂舉兵向建康進發。
宗正卿虞潭因病回會稽休養，聽到消息，在馀姚起兵，討伐沈充，皇帝任命虞潭兼任會稽內史。前安東將軍劉超、宣城內史鐘雅也起兵討伐沈充。義興人周蹇殺王敦所任命的太守劉芳，平西將軍祖約驅逐王敦所任命的淮南太守任臺。
沈充率眾一萬余人與王含會師，司馬顧飏對沈充說：“如今舉大事，而天子已扼其咽喉，我軍兵鋒被摧，士氣沮喪，相持日久，必致禍敗。今若將柵塘決堤，引湖水以灌京邑，乘著水勢，以水師進攻，這是上策；憑藉大軍初至之銳氣，并東、西兩軍之力，十道并進，我軍兵力是朝廷兩倍還多，按理必能摧陷他們，這是中策；轉禍為福，召錢鳳來開會商議，乘機將他斬殺，獻出他的首級投降，這是下策。”沈充上中下三策都不能用，顧飏逃回吳國。
七月十七日，兗州刺史劉遐、臨淮太守蘇峻等率精卒一萬人抵達，皇帝當夜接見，勞軍，賞賜將士各有等差。沈充、錢鳳想要乘北軍初到疲困，即刻發動攻擊。二十五日夜，沈充、錢鳳從竹格渚渡過秦淮河。護軍將軍應詹、建威將軍趙胤等迎戰，不利，沈充、錢鳳到了宣陽門，拔掉柵欄，準備進攻，劉遐、蘇峻自南塘橫擊，大破叛軍，赴水淹死者三千人。劉遐乘勝追擊，又擊破沈充于青溪。
尋陽太守周光聽聞王敦舉兵，率領一千余人來追隨。抵達之后，求見王敦。王應推辭說王敦生病。周光退下后說：“我遠來卻不得見，王公是不是已經死了！”立即找到他的哥哥周撫說：“王公已死，兄長為何與錢鳳作賊！”眾皆愕然。
七月二十六日，王含等燒毀大營，乘夜逃走。
七月二十七日，皇帝還宮，大赦，惟獨王敦黨羽不在赦免之列。命庾亮督蘇峻等追沈充于吳興，溫嶠督劉遐等追王含、錢鳳于江寧，分命諸將追捕其黨羽。劉遐的士兵頗為放縱搶掠，溫嶠責罵他說：“天道助順，所以王含被剿絕，豈可乘亂作亂！”劉遐惶恐，下拜謝罪。
王含想要逃亡荊州，王應說：“不如江州。”王含說：“大將軍平素與江州刺史王彬關系怎么樣呢，你想去投奔他？”王應說：“這正是應該投奔他的原因。王彬在大將軍強盛時，能表示不同意見，此不是常人所能趕得上的，如今看到我們困厄，必有同情之心。而荊州刺史王舒小心謹慎，豈能有出人意料的擔當呢！”王含不聽，于是奔荊州。王舒派軍迎接，將王含父子投入長江淹死。王彬聽說王應要來，秘密準備舟船迎接；結果沒來，王彬深感遺憾。
錢鳳走到闔廬洲，周光將他斬殺，到宮門前贖罪。
沈充迷路，誤入老部下吳儒家。吳儒引誘沈充藏進夾墻中，笑瞇瞇地對沈充說：“三千戶侯，我到手了！”沈充說：“你以大義保全我，我家必定厚厚報答你。你如果為利殺我，我死之后，你就會被滅族。”吳儒殺沈充，將首級送到建康。王敦一黨全部平定。沈充的兒子沈勁也應當被連坐處死，鄉人錢舉將他窩藏起來，得以逃生；后來沈勁報仇，將吳儒滅族。
有司挖出王敦尸體，焚燒其衣冠，讓尸體下跪，斬首。與沈充的人頭一起懸掛于南桁。郗鑒對皇帝說：“前朝誅楊駿等，都是先接受國家法律制裁，然后允許家人安葬。臣以為，王誅加于上，私義行于下，應該允許王敦家收葬，這才是大義。”皇帝批準。
司徒王導等都以討伐王敦的功勞受封賞。
周撫與鄧岳一起逃亡，周光想要幫助哥哥，取鄧岳人頭。周撫怒道：“我與伯山（鄧岳字伯山）同亡，何不先斬我！”正好鄧岳來，周撫出門，遠遠的對他呼喊說：“何不速去！如今骨肉之親，尚且互相殘殺，何況他人！”鄧岳回舟而走，與周撫一起進入西陽蠻中。第二年，朝廷下詔赦免王敦黨羽，周撫、鄧岳出來自首，得以免死，剝奪政治權利終身。
前吳國內史張茂的妻子陸氏，傾盡家產，率張茂部曲，率先起兵以討伐沈充，報其夫仇。沈充敗亡，陸氏到宮門前上書，為張茂不能克制叛逆請罪；皇帝下詔，追贈張茂為太仆。
有司上奏：“王彬等人，是王敦親族，都應當罷黜。”皇帝下詔說：“司徒王導以大義滅親，猶將就算是再過一百世，也應當寬恕，更何況王彬等，都是王導的近親呢！”一概不問。
皇帝下詔：“王敦的助理官員，全部罷黜，帳下參佐，終身剝奪政治權利。”溫嶠上疏說：“王敦剛愎不仁，殘忍兇暴，隨意殺戮，朝廷不能制服他，骨肉親人不能諫止他；在他的統治下，都陷于死亡恐懼，所以人們不敢開口講話，道路上遇見熟人，都只能目視而過，就是賢人君子，也陷入窮途末路，束手無策，只能遵循韜光養晦之道，假裝糊涂。探究他們的本心，豈是愿意這樣嗎！比如陸玩、劉胤、郭璞等人，時常與臣說到他們的痛苦，所以我非常了解。如果說他們是王敦的幫兇，自當明正典刑；如果只是身不由己，陷身于奸黨，那就應該寬大處理。我認為，像陸玩等人那樣的忠誠，陛下自己也知道，卻要他們承擔逆賊的責任。如果我默而不言，不替他們說話，實在是辜負了他們的忠心，希望陛下以仁圣裁決！”郗鑒認為，先王立君臣之教，貴在伏節死義。王敦的佐吏，雖然都是被逼，但是，進不能止其逆謀，退不能脫身遠遁，按照古訓，也應受到大義責備。皇帝最終聽了溫嶠的意見。
華杉曰：
王含、王應父子兵敗逃亡，該投奔誰？王彬還是王舒？王應認為應該投奔王彬，可見他有一定見識。王敦立他為繼承人，是有道理的。
為什么呢？王彬這樣的人，行得正，有浩然之氣，敢自己做主，他之前昂著腦袋頂撞王敦，王敦威脅要殺他，他還能罵回去，今天他就能反過來保護王敦的人。而且他之前對王敦的激烈態度，也能讓朝廷容忍他今日對王含、王應的保護。反過來，王舒呢，他跟你關系好，要有多好的關系，才能冒著殺頭危險保護你呢？沒好到那個地步！
政治斗爭，江湖來往，都是博弈，王彬這樣的人，活得坦蕩，活得透明，人人都知道他的心，他反而安全。因為殺戮，都是因為不知道對方怎么想，不知道他會怎么做，所以殺掉他才能保證自己安全。寧可錯殺一千，不可放過一個，就是這個道理。
透明是一種力量，我稱之為“透明力”。就是現在，處理好多問題也是“一刀切”，因為搞不清楚，領導就劃一條自己最安全的邊界切一刀，他自己也知道肯定切錯了好多人，但是把這當“正常成本”了。還有“理論”，叫做“哪個廟里沒有冤死的鬼！”你如果一直建立了“透明力”，誰都知道你怎么回事，你那一刀，就可以自己切。
坦蕩、透明地生活，是一種幸福，但是你必須放棄一些東西，處理任何事情，任何情況，始終按自己的原則辦，不會有任何選擇性，不為任何眼前利益所動，這樣堅持二十年，全天下都會認你的原則，而且都欣賞你的原則，遇到你的事，就按你的原則辦。因為你真正把每一次無論大小的博弈，都當成終身重復博弈，而不是一次博弈，絕不“具體情況具體分析”，不出權宜之計。
危難時刻該投奔誰，再講一個故事：
二戰時期，有一家猶太人，四兄妹，爸爸媽媽都被抓緊集中營了，接下來就是他們，該去投奔誰。兄妹四人分為兩個意見，一個認為應該去投奔之前爸爸媽媽幫助過的朋友，因為他們應該回報我們。一個認為應該去投奔之前幫助過我們的朋友，因為他們會繼續幫助我們。
哪個對？
后一個對！
你幫助過的人，只是你記得你幫助過他罷了，他可不一定記得。再說，多大人情，能讓人家冒生命危險來回報呢？而幫助過你的人，你放心，他一定記得！而且他會繼續幫助你。這是一個心理學問題，人們會在他已經下注的地方繼續下注，跟打德州撲克一樣，繼續跟！他這次如果不幫你，之前就白幫了。
兄妹四人不能達成一致意見，于是分頭行動。結果呢，投奔之前幫助過他家的，得到保護，活下來了。投奔之前他家幫助過的人，被送進了集中營，上了煙囪。
以這猶太兄妹的故事再看王彬。他如果殺了王含父子，他和王敦就是私仇。他若保護王含父子，他就是大義凜然。王應看到了這一點，王含沒看到。
7、
冬，十月，任命司徒王導為太保、仍兼司徒，加殊禮，西陽王司馬羕兼任太尉，應詹為江州刺史，劉遐為徐州刺史，替代王邃，鎮守淮陰，蘇峻為歷陽內史，加授庾亮為護軍將軍，溫嶠為前將軍。王導堅決推辭不受。應詹到了江州，吏民人心尚未安定，應詹撫慰懷柔，吏民莫不悅服。
8、
十二月，涼州將領辛晏據守枹罕，不服從命令，張駿將要討伐。從事劉慶進諫說：“霸王之師，必須天時、人事相得，然后發動。辛晏兇暴狂妄，殘忍好殺，必定會自取滅亡；何必在饑年大舉興兵，在酷寒季節去攻城呢！”張駿于是停止。
張駿派參軍王騭出使前趙報聘，趙主劉曜對他說：“貴州和好的誠意，你能保證嗎？”王騭說：“不能。”侍中徐邈曰：“你來結好，又說不能保證，什么意思呢？”王騭說：“齊桓公貫澤之盟，憂心忡忡，諸侯不召自至；葵丘之會，沾沾自喜，立即有九國叛離。趙國的教化，如果一直能保持像今天這樣，就可以保證；如果政治敗壞，教化墮落，就是自己眼前的變化都看不見，何況鄙州呢！”劉曜曰：“這真是涼州的君子啊，選擇使臣，可以說是選對人了！”送上厚禮，遣返他回去。
9、
這一年，代王賀傉開始親政，因為諸部落很多還沒有臣服，于是筑城于東木根山，搬進去居住。
