用vcf2maf批量把vcf轉(zhuǎn)化成maf文件，使用的是本人寫的pipeline，會自動記錄哪些步驟已run，中斷后重新開始不需要再run。
通過多進程方法，能同時運行多個pipeline，還能提示一個步驟運行了多少時間。
因為掛新硬盤的原因，關(guān)機掛載硬盤，轉(zhuǎn)移數(shù)據(jù)，重新運行腳本，按理說在關(guān)機前被中斷的5個vcf2maf過程會重新開始，然而發(fā)現(xiàn)這5個vcf2maf的時間顯著低于前面樣本同步驟，且生成的maf大小明顯偏低。
關(guān)機，掛硬盤折騰了一番，仍然如此，頭大。
后來想著干脆全部樣本重新跑試試 ，作備份時，把待轉(zhuǎn)的vcf文件目錄下，在vcf2maf過程中由vep生成的vep.vcf文件全部轉(zhuǎn)移掉，再懷著試一試的想法重新運行vcf2maf，發(fā)現(xiàn)時間應(yīng)該正常了！！
猜想：可能是vcf2maf調(diào)用 vep前，如果檢測到同目錄下有vcf文件對應(yīng)的vep.vcf文件，就認為已經(jīng)完成vep注釋過程，vcf2maf會直接從vep.vcf文件轉(zhuǎn)成maf文件。起初被中斷的5個樣本，并沒有完成相應(yīng)的vep注釋就直接進入生成maf過程，從而出現(xiàn)一開始描述的問題。
解決方法:及時把生成的vep.vcf文件轉(zhuǎn)移或刪除
