例如有Zeamays B73 V3的vcf想 轉為V4版本的vcf,就可以使用liftover進行。
如果有Zeamays B73 V4版本的基因，想轉為Zemays Mo17 的基因ID.
解決思路有以下幾種方案：
- 直接使用B73的V4的基因的蛋白文件和Mo17的蛋白文件比對。使用blast或InParanoid 都可以。
- 使用Liftoff進行比對，它是基于Minimap2比對的。
Liftoff: An accurate GFF3/GTF lift over pipeline
liftoff是一款基于基因組比對，進行基因組編碼基因注釋的工具。通過提供一個已知物種的基因組序列和基因組gff3文件，再提供一個近緣物種的基因組序列，即可預測這個近緣物種的編碼基因。輸出是gff3格式。
這種特別適合沒有基因組注釋的基因組，通過與近緣種比對即可獲得編碼基因信息。
