1. cd
cd：Change directory
$ cd / #進(jìn)入根目錄
$ cd - #返回上次的目錄
$ cd #返回home目錄
$ cd ~ #返回home目錄
$ cd ../ # 返回上一級目錄
2. ls
ls: List files
-a #列出包括.a開頭的隱藏文件的所有文件
-A #通-a，但不列出"."和".."
-l #列出文件的詳細(xì)信息
-c #根據(jù)ctime排序顯示
-t #根據(jù)文件修改時(shí)間排序
3. pwd
pwd: print working directory
$ pwd
/home/licheng
4. bash
運(yùn)行腳本的命令，腳本是包含很多命令的一個(gè)文件。
$ bash hisat2.sh
5. cp
cp: Copy file
$ cp 1.sh 2.sh
?
-b #覆蓋前做備份
-f #如存在不詢問而強(qiáng)制覆蓋
-i #如存在則詢問是否覆蓋
-u #較新才覆蓋
-t #將多個(gè)源文件移動(dòng)到統(tǒng)一目錄下，目錄參數(shù)在前，文件參數(shù)在后
6. mv
mv: Move file 移動(dòng)文件；如果剪切粘貼到同一目錄下，則為重命名。
$ mv 1.sh ../
?
-b #覆蓋前做備份
-f #如存在不詢問而強(qiáng)制覆蓋
-i #如存在則詢問是否覆蓋
-u #較新才覆蓋
-t #將多個(gè)源文件移動(dòng)到統(tǒng)一目錄下，目錄參數(shù)在前，文件參數(shù)在后
7. rm
rm: Remove file
刪除文件不可恢復(fù)。
$ rm -rf *.gz
?
-r #刪除文件夾
-f #刪除不提示
-i #刪除提示
-v #詳細(xì)顯示進(jìn)行步驟
8. ln
ln: Link files 創(chuàng)建連接文件，包括軟連接和硬鏈接，一般軟連接比較常用。
$ ln -s /home/licheng/1.sh ./
?
-s #建立軟連接
-v #顯示詳細(xì)的處理過程
9. mkdir
mkdir：Make directory。
$ mkdir -p chip-seq/01.raw/qc/
?
-p #遞歸創(chuàng)建目錄，若父目錄不存在則依次創(chuàng)建
-m #自定義創(chuàng)建目錄的權(quán)限
-v #顯示創(chuàng)建目錄的詳細(xì)信息
10. cat
cat: concatenate
cat的一個(gè)作用是查看文件，一般是比較小的文件，行數(shù)小于一個(gè)屏幕，最多不要超過兩個(gè)屏幕，否則會(huì)刷屏； cat另一個(gè)作用是合并多個(gè)文件，一般配合重定向合并為一個(gè)新文件或者將一個(gè)文件內(nèi)容追加到另一個(gè)文件結(jié)尾。
$ cat sam2bam.sh
ls *.sam | while read id; do (nohup samtools view -b -S -h -@ 20 $id > $(basename ${id} '.sam').bam &); done
合并文件
$ cat 1.txt 2.txt > all.txt
11. less/more
less和more都是文件查看工具，但是less功能更多一些，在windows系統(tǒng)下打開一個(gè)10G的文件比較困難，但是在Linux下非常方便，less可以打開非常大的文件，壓縮格式也可以直接打開。
$ less -S nt.tar.gz
?
-m #顯示類似于more命令的百分比
-N #顯示行號
-S #格式化顯示
12. head/tail
取一個(gè)文件的頭部和尾部多少行，默認(rèn)10行，可以加-n進(jìn)行設(shè)置，利用管道可以取文件中間行
$ head -40 1.txt | tail -n 20 #取文件第21~40行
13. g(un)zip/ b(un)zip2
gzip和bzip2是文件壓縮工具，默認(rèn)直接對源文件進(jìn)行處理，壓縮比率在2/3左右。
$ gzip 1.txt
$ gunzip 1.txt.gz
$ bzip2 1.txt
$ bunzip2 1.txt.bz2
14. tar
tar：Tape archive （磁帶檔案） tar是一個(gè)比較復(fù)雜的命令，tar主要用于打包，由于tar能調(diào)用gzip或者bzip2進(jìn)行壓縮。
-c是creat，創(chuàng)建，-x是解包，-z對應(yīng)gzip，-j對應(yīng)bzip2即可，所以常用的命令如下：
$ tar -zcvf files.tar.gz file_1 file_2 file_3 #打包壓縮為gz結(jié)尾文件
$ tar -zxvf files.tar.gz #解壓縮.tar.gz 結(jié)尾文件
$ tar -jcvf files.tar.bz2 file_1 file_2 file_3 #打包壓縮為bz2結(jié)尾文件
$ tar -jxvf files.tar.bz2 #解壓縮.tar.bz2結(jié)尾文件
-c #建立打包檔案，可搭配 -v 來察看過程中被打包的檔名(filename)
-t #察看打包檔案的內(nèi)容含有哪些檔名，重點(diǎn)在察看『檔名』就是了；
-x #解打包或解壓縮的功能，可以搭配 -C (大寫) 在特定目錄解開
-j #透過 bzip2 的支持進(jìn)行壓縮/解壓縮：此時(shí)檔名最好為 *.tar.bz2
-z #透過 gzip 的支持進(jìn)行壓縮/解壓縮：此時(shí)檔名最好為 *.tar.gz
-v #在壓縮/解壓縮的過程中，將正在處理的文件名顯示出來！
-f #filename -f 后面要立刻接要被處理的檔名！
15. wc
wc: Word Count 統(tǒng)計(jì)一個(gè)文件中，行數(shù)，單詞數(shù)，字符數(shù)
$ wc -l filename #報(bào)告行數(shù)
$ wc -c filename #報(bào)告字節(jié)數(shù)
$ wc -m filename #報(bào)告字符數(shù)
$ wc -w filename #報(bào)告單詞數(shù)
16. sort
排序，默認(rèn)按第一列排序，可以通過-k進(jìn)行設(shè)置；默認(rèn)排序規(guī)則為按ASCII碼排序，可以通過-n進(jìn)行修改；-r取相反方向； -n 依照數(shù)值的大小排序。 -o 將排序后的結(jié)果存入指定的文件。 -r 以相反的順序來排序。 -t 指定排序時(shí)所用的欄位分隔字符。 -k 選擇以哪個(gè)區(qū)間進(jìn)行排序。
17. df
df: disk free df用于查看磁盤消耗，顯示磁盤可用空間數(shù)目信息及空間結(jié)點(diǎn)信息。一般加一個(gè)-h選項(xiàng)，然后接要查看的磁盤，默認(rèn)所有磁盤。 -a 顯示全部文件系統(tǒng) -h 文件大小友好顯示 -l 只顯示本地文件系統(tǒng) -i 顯示inode信息 -T 顯示文件系統(tǒng)類型
$ df -h
Filesystem Size Used Avail Use% Mounted on
/dev/mapper/centos-root 5.5T 742G 4.7T 14% /
devtmpfs 126G 0 126G 0% /dev
18. du
du: Disk usage df用于查看磁盤大小，du用于查看目錄所占磁盤大小，一般也加-h選項(xiàng) -h 方便閱讀的方式 -s 只顯示總和的大小
$ du -sh wgs/
27G wgs/
19. find
find主要用于查找文件。因?yàn)楫?dāng)文件越來越多的時(shí)候，由于Linux是文本界面，不方便可視化文件，這個(gè)時(shí)候就可以利用find快速找到需要的文件。find支持多種搜索方式。
與時(shí)間有關(guān)的選項(xiàng)：共有 -atime, -ctime 與 -mtime 和-amin,-cmin與-mmin，以 -mtime 說明
與使用者或組名有關(guān)的參數(shù)：
與檔案權(quán)限及名稱有關(guān)的參數(shù)：
額外可進(jìn)行的動(dòng)作。
#1：搜索Data目錄下以點(diǎn)fna結(jié)尾的文件；
$ find ../Data -name *.fna
#2：搜索系統(tǒng)中最近5分鐘內(nèi)編輯過的文件；
$ find / -amin 5
#3：查找大于100M的文件；
$ find ./ -size 100M
#4：按照文件類型搜索；
$ find ./ -type 文件類型
c 的檔案
d: 目錄
b: 區(qū)塊裝置檔案 ，
p: 具名貯列
f: 一般檔案
l: 符號連結(jié)
s: socket
#5：搜索文件，直接處理；
$ find ./temp/ -name *.fna -exec rm '{}' \
20. which
which 可執(zhí)行文件名稱 | 查看可執(zhí)行文件的位置，在PATH變量指定的路徑中查看系統(tǒng)命令是否存在及其位置
$ which hisat2
/home/licheng/anaconda3/bin/hisat2
21. top/htop
top可以動(dòng)態(tài)顯示系統(tǒng)進(jìn)程使用情況，類似于windows系統(tǒng)的任務(wù)管理器。可以顯示當(dāng)前系統(tǒng)正在執(zhí)行的進(jìn)程的相關(guān)信息，包括進(jìn)程ID、內(nèi)存占用率、CPU占用率等。
22. ps
ps: process status ps也是系統(tǒng)進(jìn)程管理工具，與top不同的事，top可以動(dòng)態(tài)顯示，而ps則是靜態(tài)顯示，是某一時(shí)刻的快照，靜態(tài)顯示的好處是便于其他程序捕獲結(jié)果，進(jìn)行處理。 a 顯示所有的進(jìn)程 -a 顯示同一終端下的所有程序 e 顯示環(huán)境變量 f 顯示進(jìn)程間的關(guān)系 -H 顯示樹狀結(jié)構(gòu) r 顯示當(dāng)前終端的程序 T 顯示當(dāng)前終端的所有程序 -au 顯示更詳細(xì)的信息 -aux 顯示所有包含其他使用者的行程 -u 指定用戶的所有進(jìn)程
23. kill
kill的作用是殺死進(jìn)程，給定一個(gè)任務(wù)的ID號，可以通過top或者ps命令獲得，例如當(dāng)前有一個(gè)sleep進(jìn)程，pid號為12000；通過kill -9可以強(qiáng)制殺死。
$ ps | grep 'bowtie2-bulid' | awk '{print $1}' | xargs kill -9
24. chmod
chmod: Change mode 用于修改文件權(quán)限。
#原始權(quán)限
$ ll a1.index.sh
-rwxr-xr-x. 1 root root 287 Oct 16 16:05 a1.index.sh
#421模式修改
$ chmod 644 a1.index.sh
$ ll a1.index.sh
-rw-r--r--. 1 root root 287 Oct 16 16:05 a1.index.sh
#ugo模式修改
$ chmod ug+x a1.index.sh
$ ll a1.index.sh
-rwxr-xr--. 1 root root 287 Oct 16 16:05 a1.index.sh</pre>
與之類似的還有chown與chgrp； chown: Change owner chgrp: Change group
25. passwd
passwd 修改密碼，Linux密碼要求大寫字母開頭，包含字母與數(shù)字組合，不能過于簡單。 -l 使密碼失效 -u 與-l相對，用戶解鎖 -S 列出登陸用戶passwd文件內(nèi)的相關(guān)參數(shù) -n 后面接天數(shù)，shadow 的第 4 字段，多久不可修改密碼天數(shù) -x 后面接天數(shù)，shadow 的第 5 字段，多久內(nèi)必須要更動(dòng)密碼 -w 后面接天數(shù)，shadow 的第 6 字段，密碼過期前的警告天數(shù) -i 后面接『日期』，shadow 的第 7 字段，密碼失效日期。
26. exit
退出登錄t，exit是正確退出
27. vim
vim是Linux系統(tǒng)自帶的文本編輯器，可以理解成為windows系統(tǒng)下的word軟件。
:w filename 將文章以指定的文件名保存起來 :wq 保存并退出 :q! 不保存而強(qiáng)制退出 命令行模式功能鍵 1）插入模式 按「i」切換進(jìn)入插入模式「insert mode」，按"i"進(jìn)入插入模式后是從光標(biāo)當(dāng)前位置開始輸入文件； 按「a」進(jìn)入插入模式后，是從目前光標(biāo)所在位置的下一個(gè)位置開始輸入文字； 按「o」進(jìn)入插入模式后，是插入新的一行，從行首開始輸入文字。
2）從插入模式切換為命令行模式 按「ESC」鍵。 3）移動(dòng)光標(biāo) vi可以直接用鍵盤上的光標(biāo)來上下左右移動(dòng)，但正規(guī)的vi是用小寫英文字母「h」、「j」、「k」、「l」，分別控制光標(biāo)左、下、上、右移一格。 按「ctrl」+「b」：屏幕往"后"移動(dòng)一頁。 按「ctrl」+「f」：屏幕往"前"移動(dòng)一頁。 按「ctrl」+「u」：屏幕往"后"移動(dòng)半頁。 按「ctrl」+「d」：屏幕往"前"移動(dòng)半頁。 按數(shù)字「0」：移到文章的開頭。 按「G」：移動(dòng)到文章的最后。 按「$」：移動(dòng)到光標(biāo)所在行的"行尾"。 按「^」：移動(dòng)到光標(biāo)所在行的"行首" 按「w」：光標(biāo)跳到下個(gè)字的開頭 按「e」：光標(biāo)跳到下個(gè)字的字尾 按「b」：光標(biāo)回到上個(gè)字的開頭 按「#l」：光標(biāo)移到該行的第#個(gè)位置，如：5l,56l。
4）刪除文字 「x」：每按一次，刪除光標(biāo)所在位置的"后面"一個(gè)字符。 「#x」：例如，「6x」表示刪除光標(biāo)所在位置的"后面"6個(gè)字符。 「X」：大寫的X，每按一次，刪除光標(biāo)所在位置的"前面"一個(gè)字符。 「#X」：例如，「20X」表示刪除光標(biāo)所在位置的"前面"20個(gè)字符。 「dd」：刪除光標(biāo)所在行。 「#dd」：從光標(biāo)所在行開始刪除#行
5）復(fù)制 「yw」：將光標(biāo)所在之處到字尾的字符復(fù)制到緩沖區(qū)中。 「#yw」：復(fù)制#個(gè)字到緩沖區(qū) 「yy」：復(fù)制光標(biāo)所在行到緩沖區(qū)。 「#yy」：例如，「6yy」表示拷貝從光標(biāo)所在的該行"往下數(shù)"6行文字。 「p」：將緩沖區(qū)內(nèi)的字符貼到光標(biāo)所在位置。注意：所有與"y"有關(guān)的復(fù)制命令都必須與"p"配合才能完成復(fù)制與粘貼功能。
6）替換 「r」：替換光標(biāo)所在處的字符。 「R」：替換光標(biāo)所到之處的字符，直到按下「ESC」鍵為止。
7）回復(fù)上一次操作 「u」：如果您誤執(zhí)行一個(gè)命令，可以馬上按下「u」，回到上一個(gè)操作。按多次"u"可以執(zhí)行多次回復(fù)。
8）更改 「cw」：更改光標(biāo)所在處的字到字尾處 「c#w」：例如，「c3w」表示更改3個(gè)字
9）跳至指定的行 「ctrl」+「g」列出光標(biāo)所在行的行號。 「#G」：例如，「15G」，表示移動(dòng)光標(biāo)至文章的第15行行首
28. sed
sed = Stream Editor 流處理器。
#1：輸出固定的行
$ sed -n '100p' seq.fasta #輸出文件第100行
$ sed -n '100,200p' seq.fasta #輸出文件第100-200行
?
#2：替換操作
$ sed -e 's/Gh/gh/' seq.fasta #將文件中g(shù)i全部替換為大寫GI；
$ sed -i 's/Gh/gh/g' seq.fasta #在原文件上進(jìn)行替換，并且進(jìn)行全部替換；
$ sed -i.bak 's/Gh/gh/g' seq.fasta #在原文件上進(jìn)行替換，并進(jìn)行備份；
$ sed -e 's/Gh/gh/2；s/ref/REF/2' seq.fasta #只將第二次出現(xiàn)的gi和ref進(jìn)行替換；
$ sed -f sed.list cds.list #根據(jù)文件中的模式進(jìn)行替換，可同時(shí)進(jìn)行多條件替換；
$ sed -n 's/Gh/gh/p' seq.fasta #打印發(fā)生替換的行；
?
#3：刪除空白行；
$ sed -e '/^\s*$/d' seq.fasta #刪除文件中的空白行；
?
$ sed -n '/ref/p' seq.fasta #輸出文件中包含ref關(guān)鍵字的行；
$ sed '100,2000s/Gh/gh/g' seq.fasta #則只替換100行到2000行的內(nèi)容；
$ sed '100,2000!s/Gh/gh/g' seq.fasta #加感嘆號取反，在這個(gè)范圍之外的執(zhí)行操作；
?
#4：刪除操作
$ sed -e '/>/d' seq.fasta #刪除包含 ">" 的行；
$ sed -e 's/:.*//g' seq.fasta #刪除冒號之后的所有內(nèi)容；
?
#5：對應(yīng)替換，類似于tr的功能
$ sed -e 'y/ATCG/atcg/' seq.fasta #修改大小寫
$ sed -e '/\n/!G; s/\(.\)\(.*\n\)/&\2\1/; //D; s/.//' seq.fa #DNA序列反向，并修改大小寫
$ sed -e '/\n/!G; s/\(.\)\(.*\n\)/&\2\1/; //D; s/.//; y/atcg/tagc/' seq.fa #DNA反向互補(bǔ)序列
29. awk
awk也是非常強(qiáng)大的文本處理工具，awk本身也是一門編程語言。
#1：輸出一個(gè)列表任意列；
$ awk '{print $8}' SRR8089970_exp.txt #輸出SRR8089970_exp.txt結(jié)果的第8列
awk -F ":" '{print $1,$NF}' passwd.list #通過-F修改默認(rèn)分隔符為冒號，輸出第1列與最后1列
?
#2：格式轉(zhuǎn)換
$ awk '{print "@" $1 "\n" $10 "\n" "+" "\n" $11}' SRR8089874.hisat2.sam > SRR8089874.hisat2.fastqc #將短序列比對上的reads輸出出來，生成fq文件；
?
#3：過濾blast結(jié)果
$ awk ’{if ($3>=80 && $4>=100) print $0}' blast_m8.out #過濾blast比對結(jié)果，將identity 大于80，并且比對長度大于100bp的結(jié)果輸出；
?
#4：比較
$ awk '$8>$10' input.txt #輸出第8列大于第10列的行。
?
#5：匹配輸出
$ awk '$0~ /licheng/{print $0}' passwd.list #利用正則表達(dá)式，將秘密表中姓licheng的賬戶都輸出出來；
?
#6：格式化輸出
$ awk 'BEGIN{print "The Program Begin\n"}{if ($3>=80 && $4>=100) print $0}END{print " The Program End\n"}' input.txt #利用BEGIN和END關(guān)鍵字生成報(bào)告；
?
#7：修改字段和記錄分隔符
$ awk 'BEGIN{OFS="\t"}{print $2,$4,$5}' input.txt #在BEGIN中設(shè)定字段分隔符和記錄分隔符；
?
#8：awk編程計(jì)算
awk '{x+=$3}END{print x/NR}' input.txt #計(jì)算第三列的平均值，最后在END將其輸出出來。
?
#9：awk編程比較大小
$ awk 'BEGIN { max=100 ;print "max=" max} {max=($1 >max ?$1:max); print $1,"Now max is "max}' input.txt #取得文件最后一個(gè)域的最大值。
?
#10：awk編程求和
$ awk '{print $0,$3+$4}' input.txt #計(jì)算第3列和第4列的和。
?
#11：輸出固定行內(nèi)容
$ awk 'NR>=20 && NR<=80' input.txt #輸出第20到第80行內(nèi)容。
?
#12：合并文件
$ awk 'BEGIN{while((getline<"file1")>0)l[$1]=$0}$1 in l{print $0"\t"l[$1]}' file2 #將兩個(gè)文件按列合并起來，類似jion命令的功能。
?
#13：去重復(fù)
$ awk '!($0 in a) {a[$0];print}' input.txt # 打印不重復(fù)的行，類似uniq的功能;
$ awk '!($2 in l){print;l[$2]=1}' input.txt #計(jì)算第二列內(nèi)容非冗余的次數(shù)，類似于uniq的功能;
?
#14：統(tǒng)計(jì)字符
$ awk '{for(i=1;i!=NF;++i)c[$i]++}END{for (x in c) print x,c[x]}' input.txt 計(jì)算每個(gè)字符出現(xiàn)的次數(shù)，類似wc的功能。
?
#15：替換
$ awk '{sub(/test/, "no", $0);print}' input.txt 進(jìn)行替換，類似sed的功能，
?
#16：fastq轉(zhuǎn)換為fasta
$ awk '{getline seq;getline plus;getline qual;sub("@",">",$0);print $0 "\n" seq}' test.fastq
30. grep
文本搜索工具，類似于正則表達(dá)式搜索，可以在一個(gè)大的文件中快速搜索到滿足一定規(guī)則的內(nèi)容。
#1：統(tǒng)計(jì)fasta文件中序列的條數(shù)；
$ grep -c ">" seq.fa
#2：輸出滿足條件的序列；
$ grep -A 2 "3 gi 29732 34486" lastz.axt
#3：篩選出不滿足條件的內(nèi)容；
$ ps -fx | grep -v "S"
初學(xué)生信，打好基礎(chǔ)，先來總結(jié)一波linux基本操作。
參考來源：
https://mp.weixin.qq.com/s/9q9R1YgRpUK_nLonAq1euw
https://blog.csdn.net/ljianhui/article/details/11100625
http://c.biancheng.net/linux_tutorial/30/
