故事的主人公是一個男孩，叫圣地亞哥。16歲之前，他一直待在神學院，學習拉丁文，西班牙文和神學。父母希望他成為神甫，但是，他想云游四方。
父親說：只有牧羊人才四處游走。
那我就去當牧羊人，就這樣，圣地亞哥成為了一個牧羊少年。
一天傍晚，他趕著羊群來到一座廢棄的老教堂，圣器室長著高大無花果樹。夜晚，他做了一個夢，一個重復出現過的夢：到埃及金字塔，那里有一處神秘的寶藏。
圣地亞哥找到吉卜賽老婦人解夢，老婦人告訴他，你應該去金字塔，你會在那里找到寶藏，變成富翁。但是，作為報酬，你要把寶藏的十分之一給我。
圣地亞哥對這次解夢非常失望，夢到寶藏就去尋找寶藏，這根本不是解夢，他決定不再相信夢。就在這時，在廣場上，他遇到一位老人，這位老人，能看透圣地亞哥的心思，那個埃及金字塔的夢。而且還知道圣地亞哥的過往，和他從沒對外人講過的秘密。原來老人是一個神：撒冷之王！
老人說：我可以告訴你怎樣找到寶藏，前提是你要把十分之一的羊給我。
圣地亞哥想了想：把寶藏的十分之一給你，行嗎？就像吉卜賽老婦人那樣。
老人失望地搖頭：如果東西還沒到手，就先許諾與人，就不會積極去爭取了。
圣地亞哥還是把十分之一的羊給了老人，又把剩下十分之九的羊賣掉當做盤纏。老人告訴圣地亞哥寶藏就在埃及金字塔的附近。還送給他兩塊寶石，一塊是烏凌，一塊是圖明。
烏凌代表“是”，圖明代表“否”。當猶豫不決時，就能派上用場。
就這樣，圣地亞哥踏上了尋寶之旅，可是出師不利，他被一個剛認識不久的“朋友”騙走了所有的錢。沒有了錢，怎樣去金字塔？堅持還是放棄，這是一個問題！
圣地亞哥想起老人對他的祝福：當你想要某種東西的時候，整個宇宙會合力助你實現愿望。
他開始為一家水晶店老板打工，憑著努力，使這家經營不善的水晶店生意紅火，而圣地亞哥也在一年后，攢夠了錢，比一開始更多的錢。
圣地亞哥跟隨一支商隊，經過重重險阻，穿過了撒哈拉沙漠，來到了一片綠洲。在這片綠洲，圣地亞哥收獲了金錢和愛情，漸漸地，他已經忘記要去尋找寶藏了，對他來說，愛情似乎比寶藏更珍貴。
這時，煉金術士提醒圣地亞哥，你應該去完成你的天命。在煉金術士的指引下，他穿過處在戰爭中的沙漠邊境，最終到達了金字塔。
煉金術士告訴他：你的心在哪兒，寶藏就在哪兒。
圣地亞哥不斷傾聽自己的內心，終于聽到了那個聲音：你流淚的地方，就是寶藏的所在。
圣地亞哥找到了那個使自己流淚的地方，然后開始往下挖，一直往下挖，最終卻一無所獲。
講到這里，似乎是一個悲傷的結局，意外的是，一個當地人對圣地亞哥說：我也重復做過一個夢，應該到西班牙的田野上，一座廢棄的老教堂，圣器室長著高大無花果樹，無花果樹下有一筆寶藏。
故事的結尾，圣地亞哥又重新回到自己一開始牧羊時的那個教堂，在無花果樹下挖到了寶藏，并且還把寶藏的十分之一送給那個吉卜賽老婦人。
當然，書中還有很多細節，比如圣地亞哥在尋找寶藏過程中，用到烏凌和圖明了嗎？水晶店老板因為沒錢，不能去麥加朝圣。可是當他攢夠了錢，卻遲遲不行動，去麥加朝圣已經成了他生活下去的信念，完成了這個信念，接下來該怎樣生活？水晶店老板的做法你能理解嗎？
圣地亞哥在綠洲怎樣收獲金錢和愛情的？答案需要你自己去讀這本《牧羊少年奇幻之旅》。
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