# 一、翻譯調控：
原核生物：基因表達的調控主要在轉錄水平上進行；
真核生物：由于RNA較為穩定，除了存在轉錄水平的調控以外，在翻譯水平上也進行各種形式的調控。
# 二、控制真核生物的mRNA翻譯調控的因素：
1）mRNA降解速率
2）mRNA的長短、結構、GC含量
3）核糖體的數量及翻譯速率
如：癌癥細胞中，原癌基因的mRNA，翻譯速度較慢，保證了肽端的折疊結構正常；抑癌基因的mRNA，翻譯速度加快，讓肽段折疊異常而失去功能。同時，翻譯的速率，受mRNA的壽命，長度，核糖體拷貝數等影響。
# 三、為什么要研究翻譯組
1，轉錄組與蛋白組的相關性
mRNA的轉錄速度和翻譯速度可能是不相同的，mRNA轉錄后調控是普遍存在的，同時不同蛋白的穩定性是不一樣的
2，轉錄組與翻譯組的區別
轉錄組測序是指，將所有含有ployA尾巴的mRNA進行測序。
翻譯組測序是指，將只結合了一串核糖體的mRNA（正在翻譯中的mRNA）進行測序。
# 四、翻譯組測序的分類
1、核糖體圖譜分析（ribosome profiling）——對核糖體內含的mRNA段進行測序分析
通過RNA酶處理細胞裂解物，把不受核糖體保護的RNA降解掉，然后應用密度梯度離心的方法，分離被核糖體保護的mRNA片段。核糖體圖譜分析（ribosome profiling）可通過核糖體密度來測定翻譯起始位點、或轉錄本中的翻譯暫停，可用于分析mRNA不同區域的密碼子組成的影響。
流程圖示：
2、全長核糖體新生肽鏈復合物 (Ribosome Nascent-chain Complex,RNC)：——對串聯在核糖體上的全長mRNA進行測序分析
細胞進行翻譯時， 核糖體結合在 mRNA 鏈上并移動， 依據 mRNA 上的三聯密碼子信息來逐步合成蛋白質多肽鏈 ( 稱為新生肽鏈， nascent-chain)。主要常用方法為蔗糖密度梯度離心法，也可以通過核糖體免疫沉淀法（TRAP）。
念珠狀多聚體：mRNA在翻譯時總是有一串核糖體結合在上面，形成念珠狀多聚體
結構圖示：
蔗糖密度梯度離心法：
由于翻譯中的mRNA與工作中的一串核糖體緊密結合，根據核糖體的沉降系數，通過蔗糖密度梯度離心,.可以將核糖體和串聯在一起的mRNA沉淀分離出來了，然后，再進一步將起mRNA純化分離出來。直接分離翻譯中的mRNA非常不容易，可以通過分離核糖體間接分離翻譯中的mRNA。
流程圖示：
核糖體免疫沉淀法：
核糖體大亞基的L10a蛋白加上了GFP，這樣便能利用GFP抗體把多聚體免疫分離出來，接著進一步將mRNA分離出來。
流程圖示：
# 五、技術比較
1、核糖體圖譜分析的局限性
（1） 實驗上的局限性
核糖體圖譜分析的主要技術挑戰是需要在一個特定的生理學狀態下，快速抑制翻譯來捕捉核糖體快照。
（2） 需要推斷蛋白合成速度
這一方法準確的前提是所有的核糖體都已經完成了翻譯，通常細胞中不同mRNA的翻譯延伸速率是相似的。
（3） 污染的footprint-sized片段
污染的RNA片段（包括non-codingRNAs或核糖體蛋白復合物）在核糖體的蔗糖梯度中遷移，因此可能會在核糖體圖譜分析的文庫中存在，并且導致翻譯中錯的讀取。
（4）不明確的mappingreads
在基因組測序或mRNA-seq中，較長的reads可以幫助更好地進行mapping到正確的位置，核糖體圖譜分析中產生的約30bp的核苷酸的短序列不容易mapping。
（5） 材料的數量
與mRNA-seq相比，核糖體圖譜分析的主要限制是需要相對大量的樣品。
2、全長RNC測序分析
推薦通過完整提取RNA，對翻譯中的mRNA進行定性定量研究，且推算蛋白質的含量的方法，可以獲得更全面的翻譯調控信息。且可以與普通轉錄組一起測序，可計算出，翻譯速率：TR= RNC-mRNA(rpkM) / mRNA(rpkM)。
獲取完整全長的RNC，將特定時空下的翻譯快照保留下來，需要極為嚴格的實驗環境和連貫的操作。
翻譯組的樣品一般分為三類：
1）動物的培養細胞：在活細胞特定狀態時，讓細胞主動吸收核糖體固定劑，將核糖體快照保留下來，能非常好地，還原翻譯中的mRNA，穩定性最高。
2）動物組織：動物組織容易受組織的類型、極為豐度的內源性RNase酶等，而影響RNC的捕獲。如高脂肪、高鈣化、塊狀較大的、帶血液的的，會降低RNC的捕獲效率。
建議對新鮮組織塊在組織核糖體固定劑下，快速沖洗，切割后才進行保存或分離RNC。
3）植物組織：植物組織容易受多糖多酚多纖維、內源性RNAase酶等，而影響RNC的捕獲。如含高淀粉和糖的果實類、含多酚的粘液的莖，會降低RNC的捕獲效率。
建議對植物的組織類型進行評估，選擇幼嫩、新鮮、多糖多酚含量低的組織類型。直接提取或液氮速凍保存。
