一、準備工具
兩個基因組文件： fs32.fa? ? r498.fa (作為參考基因組)
minimap2的安裝：
1.conda 直接安裝
conda install -c bioconda minimap2
2. 下載安裝
wget https://github.com/lh3/minimap2/releases/download/v2.17/minimap2-2.17_x64-linux.tar.bz2
tar -jxvf minimap2-2.17_x64-linux.tar.bz2
cd minimap2-2.17_x64-linux/
二、基因組比較
minimap2 -ax asm5 --eqx? r498.fa? fs32.fa?>fs32.sam
最終得到sam格式文件
三、使用syri 從sam文件中鑒定sv和snp
1.安裝軟件
conda install -c bioconda syri?
或者：
cd? /home/lsh/biosoft/
git clone https://github.com/schneebergerlab/syri.git
python setup.py install
chmod+x syri/bin/syri syri/bin/chroder syri/bin/plotsr
2.python3 /home/lsh/biosoft/syri-master/syri/bin/syri -c fs32.sam -r r498.fa -q fs32.fa -k -F S
最終得到結果文件,其中
syri.out 可以用來畫共線性圖
syri.vcf 包含了SNP
3.畫圖
python? /home/lsh/biosoft/syri-master/syri/bin/plotsr? syri.out? r498.fa? ?fs32.fa
schneebergerlab/syri： Synteny and Rerangement Identifier (github.com)
