pre: 盡量寫詳細點，方便理解
1：
illumia機器測序的方向是3---->5,附上一張圖：
image.png
我是PE150測序，測序的adapter ：GATCG GAAGA
拿到數據的第一眼，先看一下測序的情況，我先打開一個fq的文件先看看：
cat XXX_R1.fq | grep GATCGGAAGA
illumia機器測序的方向是3-5，從這個情況來看，trim之后的有些reads長度會短一些。
但是因為在加接頭之前需要加A,再加接頭，我們把這個堿基往前挪去A去看，然后就可以發現都序列特征是AG
這個是DamID-seq的數據
我們需要知道，DamID是利用Dam和DpnI來工作的，DpnI的位點是G(me)ATC :
結合3--->5的illumia的測序，我們知道，有AG開頭的reads是我們要的reads.
(PS:記得在Adapter 后面加個A)
數據處理思路
1：先用cutadapt去掉接頭
然后跑一個fastqc看一些結果，如果堿基質量很好的話，可以不用trim，如果堿基質量不夠好還是需要trim的
cutadapt -a ADAPTER_FWD -o out.1.fastq -p out.2.fastq reads.1.fastq reads.2.fastq
2（可選）：trimmomatic
java -jar /asnas/sunyl_group/liull/software/Trimmomatic-0.36/trimmomatic-0.36. jar PE Reads_R1. fq.gz Reads_R2.fq.gz reads_R1.trimmo.fq unpair_1.trimo.fq reads_R2.trimmo.fq unpair_2.trimo.fq LEADING:3 TRAILING:3 SLIDINGWINDOW:4:15 MINLEN:51
那么好，接下來把接頭給去了，并且去掉一些低質量的數據：
接下來就是mapping 到基因組上
總結一下：
利用cutadapter去了接頭
trimmomatic去了低質量數據（可選）
fastqc看結果
下一步：mapping
