? 沒有了朝鮮水軍的阻礙，日軍于1597年8月分兵兩路向慶尚道和全羅道進軍。左路軍由宇喜多秀吉統帥有藤堂高虎、小西行長、島津義弘、蜂須賀家政、太田一吉、宗義智、脅坂安治、竹中重利、加藤嘉明、毛利吉成、生駒一正等人，大約6萬兵力。右路軍由毛利秀元統帥有吉川廣家、安國寺惠瓊、長宗我部元親、長宗我部盛親（元親四子）、鍋島直茂、鍋島勝茂（直茂長子）、加藤清正、黑田長政、中川秀成等人，大約7萬人馬。左路軍向全羅道之前日朝邊境的南原城開來。
? 明、朝聯軍得知消息，派總兵楊元迅速趕往南原城駐防。楊元趕到后，搶修城墻加高了一丈左右，深挖護城河加深了二丈左右，并對城外的防馬欄鑿出射擊孔，同時還在城門處配備了三門大炮。但是之前朝鮮士兵只有1000人，楊元帶來了3000人，只有4000人守城。8月12日，兵力15倍于明、朝聯軍的日軍將南原城團團圍住。戰斗開始，雙方的鐵炮隊猛烈交鋒，但由于朝鮮裝備落后，使用的是叫勝字火槍的老式火器，對于接近城下的日軍命中率極低。守城士兵盡管占據高處，但接二連三的被日軍鐵炮手擊斃，城池告急。楊元派人突圍向正在全州附近游擊的明朝將領陳愚衷求援，陳愚衷只有3000人馬，以不足抵抗日軍為由對楊元見死不救。終于在8月16日，攻城的第4天，日軍使用箭樓向城內猛射，趁機填平了護城河，架起登城梯開始向城內猛攻。最終，楊元在一名家將的陪伴下終于殺出重圍，而朝鮮將士全部戰死，南原城陷落。楊元回國后被提督麻貴以戰敗之罪斬首。
? 與此同時，日軍右路軍對慶尚道的黃石山城也發動了進攻。黃石山城地處慶尚道、全羅道咽喉，地勢險易守難攻要。守將郭駿得知日軍來襲迅速召集附近安陰、居昌、咸陽3郡的朝鮮軍民千余人前來支援，其中包括武官出身的金海府使白士霖和前咸陽郡守趙宗道。郭駿對白士霖十分倚重，將東面和北面的防御完全交給了他，自己負責西面和南面，趙宗道負責游擊。8月15日，日軍7萬大軍完成了對黃石山城的包圍，并于16日夜間趁著月色開始攻城。戰爭剛一打響，白士霖就不戰而逃。郭駿罵道：“呸，什么東西！”郭駿的兩個兒子郭履常、郭履厚請命去鎮守東面和北面，但等兩人趕到，日軍已經攻上了城來。郭駿堅守南門，最后被加藤清正手下神田對馬殺害。趙宗道、郭履常、郭履厚也全部戰死，日軍收繳首級350多顆，黃石山城陷落。
? 8月19日日軍左右兩路在全州會師，全州城明軍守將不戰而逃，日軍占領全州。之后豐臣秀吉派使者到全州主持軍議，一方面聽取兩路軍的報告，一方面決定之后的作戰計劃。最后決定，由毛利秀元、加藤清正、黑田長政分別率領三隊人馬約4萬兵力，由太田一吉、竹中重利為監軍，北上攻入公州；長宗我部元親父子、鍋島直茂父子、吉川廣家、池田秀氏、中川秀成等劃歸左路軍進攻忠清、全羅兩道。戰端再開，日軍進展依然非常神速，全羅道、忠清道各地旋即為日軍所攻取。
? 日軍北上，明軍本想放棄漢城北撤，但最終還是下定決心南下與日軍決戰。之前從全州不戰而逃的明將陳愚衷在公州遇到了提督麻貴派來增援公州的牛伯英。陳愚衷稱日軍來勢兇猛有10萬之眾，鼓動牛伯英放棄公州，一起逃往漢城。兩人合兵一處沒有迎敵反而倉皇逃跑。之后，陳愚衷因不戰而逃霍亂軍心之罪被斬。9月1日明朝援朝軍務經略楊鎬從平壤到達漢城，催促麻貴出兵，阻止日軍北上。麻貴隨后遣副總兵解生、游擊牛伯英、楊登山、頗貴四將率精騎2000于6日向稷山前進。朝鮮方面亦派出李元翼率兵自竹山方向扼制清州路，為明軍左翼做掩護。
? 9月7日凌晨，黑田長政軍先鋒黑田直之、栗山利安率2000人馬開道，于稷山山野發現了正在迫近的明軍。眾人立刻隱蔽并召開緊急會議決定是戰是退，在這緊要的關頭，黑田二十四騎之一的毛屋武久說道：“如今敵眾我寡。我若退一步，敵必進一步，這樣我軍必被敵軍全滅。如果我軍團結一致，殊死一戰，則敵必為我所破。趁敵混亂之際撤退，則可保全軍。就像武田勝賴于長筱敗戰后，馬場信春殺入敵軍以阻止敵人追擊一樣。”在他說完這番話后，黑田軍諸將都認為很對，且戰意大增。之后，毛屋武久指揮所有鐵炮手向著正在行進的明軍一齊射擊，隨后黑田直之、栗山利安率領全軍高聲吶喊著殺出。明軍頓時陣腳大亂，向后退去。黑田直之馬上收兵撤退，這時黑田長政聽到槍聲，也率領本隊3000人馬前來救援。混亂的明軍恢復后發現日軍沒有追擊，便知是上當了，開始玩了命地追趕日軍。眼看黑田軍前鋒被明軍包圍，已經危在旦夕。黑田一成言道：“先鋒若敗，我軍恐難支撐，如不救援，此地將成為我軍葬身之地！”言罷率軍向明軍側翼發動進攻。這時，后藤基次隊也趕到了戰場，占領附近高地。后藤基次向下觀望見敵眾我寡，遂讓士兵大喊：“一成殿下！不可逞匹夫之勇！快點接應先鋒部隊撤退，等少主到來再做計較！”一成聞之停止了沖鋒，收容先鋒敗退回來的士兵，退守高地。
? 這時黑田長政也到達了戰場，親自來到東面的高地觀察敵情。之后重新部署了部隊，將右路第一隊改由母里友信、栗山利安、黑田利高擔任，第二隊由井上九郎兵衛、野村市右衛門擔任；左路第一隊由后藤基次、黑田一成擔任，第二隊由黑田直之、桐山孫兵衛擔任。長政本人親率余下的2000兵馬作為本隊。而這時明朝將領解生率領的2000援軍也從水原方向趕到，明軍士氣大振，再度對日軍發起猛烈進攻。雙方激戰數次，未分勝負。之后，身在天安的毛利秀元，聽聞稷山戰況緊急，派先鋒穴戶元續、吉見廣行率5000人馬前去支援，自己的2萬大軍隨后就到。元續率領的援軍一路急行，到達戰場后從明軍背后開始突擊。明軍不敵，于下午3點開始向水原方向敗退。黑田軍戰死29人，明軍死亡200余人。日軍由于本隊未到，沒有對明軍展開追擊，休整后退回了天安。
? 另一方面，經過漆川梁海戰的失敗，朝鮮朝廷不得不重新啟用李舜臣。站在港口看著朝鮮水軍僅剩下的12艘大型戰船，李舜臣心中此起彼伏，長嘆了一口氣后，終于再次登上了甲板。而日軍在全羅道的攻勢十分順利，朝鮮僅剩下全羅道南部沿海地區還在抵抗。宇喜多秀家遂命令已經登陸的日本水軍返回海上，呼應從北向南進攻的陸軍，準備完全占領全羅道。李舜臣得知日本水軍行動的消息后，帶領朝鮮水軍從南原南下后，轉向西進。9月7日，由藤堂高虎、加藤嘉明、脅坂安治、來島通總等人率領的日本水軍到達蘭浦沖。停泊在珍島東北端碧波津的李舜臣決定帶領朝鮮水軍發動攻擊。可跟日軍一照面，李舜臣就慌了，面對敵方數百艘戰船，自己的這12只船一陣炮擊就沒了，只能不戰而退。得知日水軍還在不斷集結的消息，李舜臣退回了鳴梁海峽，并于9月15日移師到全羅道右水營駐扎。
? 藤堂高虎發現朝鮮僅剩的船只都是大船，便想全部俘獲。但礙于全羅道右水營地形復雜，所以只選拔出10艘中型關船展開進攻。9月16日，兩軍在鳴梁海峽相遇。李舜臣以自己的旗艦誘敵，將日軍引入了包圍圈。頓時，鑼鼓齊鳴喊殺聲四起，足有100只朝鮮戰船從四周殺出。原來李舜臣為壯聲勢，將百姓的漁船、商船一切能用的船只都偽裝成了戰船。日軍頓時慌了手腳，藤堂高虎掰著手指頭：“不可能啊！朝鮮水軍不可能還有那么多船啊。”之后，朝鮮12只大型戰船在偽裝船的掩護下，對日本水軍發動猛烈的攻擊。戰至傍晚時分，朝鮮12艘戰船只是輕微損傷，而日軍就慘了，來島通總在戰斗中陣亡（唯一一個戰死在朝鮮的日本大名），藤堂高虎負傷，損失了8艘戰船。李舜臣見好就收，率領朝鮮水軍于當日傍晚撤退至新安郡巖泰附近的唐笥島。9月17日藤堂高虎、脅坂安治率大隊返回前來報仇，結果發現朝鮮水軍已經全部離開了戰場，之后又占領了全羅道右水營。終于，豐臣秀吉占領全羅道、忠清道穩固日本在朝鮮南部領地的戰略目的達成。同時北上的日軍，在漢江與明、朝聯軍對峙，漢城里人心惶惶，百姓紛紛開始逃亡。
