申時行雖然號稱謙虛抑讓，但畢竟沒有達到唾面自干的境界。他無意于接受那些在他看來是不中肯的批評，否則，他又何必把過去的事實和自己的看法來回反復地寫入自己的詩文里，而且囑咐兒子們在他身后結集刻印？顯然，他期望后來的讀者稍一思索，就能理解他施政措施的真正意義，并且承認他的成就超過了表面上的平凡。
首輔申時行的執政紀錄相當復雜。他對邊境問題的處理是否全部合適，即令時至今日，也不是易于判斷的。但是有一件事情總應該提到，就在這1587年即萬歷十五年，遼東巡撫注意到一個建州酋長正在逐漸開拓疆土，吞并附近的部落。他覺察到養虎將要貽患，就派兵征討，但是師出不利。他認為失敗的原因，在其部下開原道參政不照命令行事，而堅持其個人改剿為撫的主張。巡撫參劾這參政的奏折一到北京，被參者反而取得到了京中監察官的同情，他們又出來參劾這位主剿的巡撫。申時行認為這完全是一件小事，不值得引起內外文官的不睦；所以他又以和事佬的身份出面調停，建議皇帝視雙方的互相參劾業已彼此對消，也不再作是非可否的追究。于是這位酋長今后得以為所欲為，而且還能夠繼續利用本朝內外官員的不和來發展他自己的千秋大業，此是后話，也不在本書敘述范圍之內。這位酋長并非別人，據當日記錄稱，他名叫努爾哈赤。若干年之后，他的廟號則為清太祖。
日后事態的發展證明首輔的估計并不正確。時間并沒有成為有利因素。他在文淵閣八年半的任期中，接觸過各種復雜的人和事。他的“大事化小，小事化了”的辦事方針，并不能永遠做到彌患補闕，相反，有時造成的嚴重后果，竟會大大超出他的始料所及。
但就在這前后，萬歷已經發現他想做的事情統統不能做到，于是他想勵精圖治的念頭就一天天減退。隨之而來的是臣下的奏疏中指斥他荒怠的字眼也越來越無忌諱。有一本奏折上說，如果皇帝不接受他的意見，天下臣民必將視之為無道，而列祖列宗也必將痛哭于九泉。
