2021 第二個(gè)周末，你在哪，還好嗎？
這個(gè)周末的紫金山，雖不似上周那么冷，但是進(jìn)階俯首處見落黃滿地，亦可感受到這深冬的寒意。依舊從鐘靈街經(jīng)體育學(xué)院上山，也許是因?yàn)樘鞖饫洌@周山上的人并不多。但可以看到一個(gè)人的沉靜，兩個(gè)人的溫馨，三五個(gè)人的歡樂。
途中，一個(gè)媽媽對(duì)后面五六歲的孩子說：快點(diǎn)，不然跟不上我們了啊。一旁的爸爸補(bǔ)了一句：一會(huì)小狼聞到你的小鮮肉，就來找你了哦。孩子揮動(dòng)著手中與自己一樣高的樹枝，自信滿滿地回道：我要~ 這鐵棒有何用？我有~這變幻又如何？！真的是暖到了，再后面的爺爺補(bǔ)充的是：咱們家大圣要金猴奮起千鈞棒，玉宇澄清萬里埃了。要不怎么說南京是古都、文都呢？
這次雖然登上了頭陀嶺，依然沒有停留，在上面點(diǎn)了一杯熱姜茶就下山了。一個(gè)人的時(shí)候上山和下山都是比較快的，下山走的是九華山那一條，因?yàn)殡x地鐵近。剛好在路上可以看到文都書店，這是南京獲得文學(xué)之都后，在2020年12月22日揭牌成立的以南京文化為主的主題書店。由于下山較晚，到的時(shí)候，已經(jīng)打烊休息，但是玻璃櫥窗依然可以看到里面陳列的與南京有關(guān)的書籍。有機(jī)會(huì)可以到里面逛逛。
這周主要是讀了Museum of Spatial Transcriptomics，這是一本講空間轉(zhuǎn)錄組發(fā)展的在線書籍，對(duì)我們數(shù)據(jù)分析者來講主要是其中分類列舉了當(dāng)前的分析方法與工具。這基本可以緩解目前空轉(zhuǎn)分析中不知道都可以做什么的尷尬，這本書我覺得還是比較系統(tǒng)的。并寫了：STRbook|| 縱論空間轉(zhuǎn)錄組前世今生作為書評(píng)，其實(shí)主要還是翻譯書中的最后一節(jié)。
然后是寫了
- 讀《受體信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)研究方法》
- 讀《醫(yī)學(xué)微生物組實(shí)戰(zhàn)指南》|| 或一瞥單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析
- 什么樣的組織適合做空間轉(zhuǎn)錄組？
- SpatialExperiment || 空間數(shù)據(jù)管理
- 用ImageJ處理空間成像數(shù)據(jù)
- Seurat Weekly NO.07 || V4 新特性
- 空間轉(zhuǎn)錄組教程||用BayesSpace提高分群和基因分辨率
坦率地說，文章的發(fā)布是沒有控制好的，應(yīng)該留幾篇以防不時(shí)之需。但是關(guān)于空轉(zhuǎn)的內(nèi)容還是有一篇發(fā)表一篇，本著空轉(zhuǎn)研究負(fù)責(zé)的態(tài)度，其他的可以保留一段時(shí)間再發(fā)。如雖然也寫了《m?A 研究一本通》和讀《變量3》就留作補(bǔ)發(fā)材料了。
在地鐵上，這周算是看完了《高級(jí)R語(yǔ)言編程指南》，雖然這不是第一次了。其實(shí)閱讀高級(jí)的東西有一個(gè)不足之處就是，用的很少，所以不容易熟練掌握。就像R語(yǔ)言吧，其實(shí)一般的語(yǔ)法，程序基本就可以用來完成工作中的大部分問題了。進(jìn)階的語(yǔ)法學(xué)習(xí)成本高，應(yīng)用場(chǎng)景少，但是一旦掌握了可以使工作效率翻倍，也可以解決一般人解決不了的問題。有計(jì)劃寫一寫R語(yǔ)言編程的，找本書抄抄。本周也看了一些《數(shù)據(jù)科學(xué)中的并行計(jì)算：以R，C++和CUDA為例》，之前的并行都是小規(guī)模的，這本書可以說擴(kuò)寬了我對(duì)并行的認(rèn)識(shí)。
在長(zhǎng)期的計(jì)劃中是看了《癌生物學(xué)》的第七章<抑癌基因>和第八章<成視網(wǎng)膜母細(xì)胞瘤蛋白與細(xì)胞周期控制時(shí)鐘>。大部分的內(nèi)容可以在《細(xì)胞的分子生物學(xué)》中找到對(duì)應(yīng)的知識(shí)點(diǎn)，這是說：癌細(xì)胞是利用細(xì)胞固有的機(jī)制來實(shí)現(xiàn)其無限增殖的。還有《基因X》，這幾本厚的像磚頭一樣的書，翻看起來還挺有氣勢(shì)的。
然后是購(gòu)買了
- 柳青的《創(chuàng)業(yè)史》
- 地理空間分析原理，技術(shù)與軟件
- 癌癥是代謝病
- 邊緣奇跡：變相和臨界現(xiàn)象
- R語(yǔ)言核心技術(shù)手冊(cè)
- R語(yǔ)言在商務(wù)分析中的應(yīng)用
家太小，買來都不知道放哪，愁。
好物是發(fā)現(xiàn)了一個(gè)分析TCR，BCR的python庫(kù)：scirpy。看這名字就知道它是和scanpy一個(gè)體系的，易用性也是一樣，很好用，就像R里面的scRepertoire可以和RNA數(shù)據(jù)結(jié)合到一起使用。
